Data/hora: 20/06/2024 20:03:38

Biblioteca(s): | Embrapa Café.
Tipo da produção científica: | Artigo em Anais de Congresso
Data corrente: | 18/11/2011
Data da última atualização: | 18/11/2011
Autoria: | ANDRADE, F. T.; CAIXETA, E. T.; MACIEL, B. H.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S.
Afiliação: | FLÁVIA THIEBAUT ANDRADE, UFV/BIOAGRO; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; BÁRBARA HUFNAGEL MACIEL, UFV/BIOAGRO; SAMUEL MAZZINGHY ALVARENGA, UFV/BIOAGRO; EUNIZE MACIEL ZAMBOLIM, UFV; NEY SUSSUMU SAKIYAMA, UFV.
Título: | Obtenção de ESTs potencialmente relacionadas à resistência do cafeeiro à ferrugem por meio de análise in silico.
Ano de publicação: | 2007
Fonte/Imprenta: | In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.
Idioma: | Português
Conteúdo: | A partir das informações geradas no Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) foram identificadas, por meio de análise in silico, seqüências potencialmente envolvidas na resistência a Hemileia vastatrix Berk. et Br. presentes nos cafeeiros. Foram usadas diferentes estratégias para minerar as seqüências de interesse. Inicialmente, palavras-chave que correspondem a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram obtidas da literatura e utilizadas como ?iscas? para mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, criaram-se projetos englobando as ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças já publicadas com as seqüências do PBGC, por meio do algoritmo BLAST. Utilizou-se, também, o ?Electronic Northern?, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 8.968 seqüências do PBGC. O envolvimento ou ligação destas seqüências com genes de resistência à ferrugem do cafeeiro será confirmado, em trabalhos futuros, utilizando marcadores moleculares e técnicas de genômica funcional.
Palavras-Chave: | Bioinformática; Genômica; Mineração de dados.
Thesagro: | Café.
Categoria do assunto: | --
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/46995/1/Obtencao-de-ESTs.pdf
Registro original: | Embrapa Café (CNPCa)
Exemplares: | CNPCa - (474-1) - UPC - AA - DD -  -  -  - DIS