Data/hora: 01/06/2024 01:59:03

Biblioteca(s): | Embrapa Mandioca e Fruticultura.
Tipo da produção científica: | Artigo em Periódico Indexado
Circulação/Nível: | Nacional - A
Data corrente: | 27/10/2008
Data da última atualização: | 28/06/2023
Autoria: | OLIVEIRA, E. J. de; DANTAS, J. L. L.; CASTELLEN, M. da S.; MACHADO, M. D.
Afiliação: | Eder Jorge de Oliveira, CNPMF; Jorge Luiz Loyola Dantas, CNPMF; Milene da Silva Castellen, CNPMF; Marlos Dourado Machado, UFRB.
Título: | Identificação de microsatélites para o mamoeio por meio da exploração do banco de dados de DNA.
Ano de publicação: | 2008
Fonte/Imprenta: | Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 30, n. 3, p. 841-845, set. 2008.
ISSN: | 0100-2945
Idioma: | Português
Conteúdo: | Os marcadores microssatélites são ferramentas úteis em diversas análises genéticas em plantas. No caso do mamoeiro (Carica papya L.), poucos locos de microssatélites foram descritos até o momento. Assim, o objetivo deste trabalho foi explorar a base de dados do GenBank/NCBI (National Center of Biotechnology Information) à procura de microssatélites de mamoeiro, visando a seu futuro uso em estudos genéticos e moleculares aplicados ao melhoramento genético. As sequências foram obtidas no GenBank/NCBI, no formato FASTA, e analisadas para a presença de microssatélites com um mínimo de 20; 7 e 5 repetições dos motivos de mono-, di- e trinucleotídeos, respectivamente, e acima de 4 repetições para tetra- e pentanucleotídeos. Sequências com mais de 90% de similaridade foram consideradas redundantes e, portanto, eliminadas das análises. Foram analisadas 44.591 sequências, das quais 3.180 foram não-redundantes e apresentaram 3.947 microssatélites. Desse total, 3.587 foram classificados como microssatélites perfeitos, 8 imperfeitos, 65 interrompidos, 239 compostos-perfeitos, 8 compstos-imperfeitos e 40 compostos-interrompidos. As repetições de di- e trinucleotídeos representaram 65,7 e 14,4% do total de sequências analisadas, respectivamente. Somente os motivos do tipo AT/TA representaram 44,1% dos microssatélites encontrados. Os motivos mais comuns de tri-, tetra- e pentanucleotídeos foram AAT, AATT e TTTAA, respectivamente. Observou-se que, nas sequências disponíveis, o genoma do mamoeiro apresenta, me média, um microssatélite a cada 5,65 Kb.
Palavras-Chave: | Carica papaya L; GenBank; SSR.
Thesagro: | Marcador Molecular.
Categoria do assunto: | --
Registro original: | Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF)
Exemplares: | CNPMF - (24979-1) - UPC - AP - DD - Publicação digital -  -  - DIS