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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
19/01/2022 |
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Data da última atualização: |
19/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. |
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Afiliação: |
JAQUICELE APARECIDA DA COSTA, UFV; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UFV. |
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Título: |
Determination of optimal number of independent components in yield traits in rice. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 79, n. 6, p. 1-8, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1590/1678-992X-2020-0397 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The principal component regression (PCR) and the independent component regression (ICR) are dimensionality reduction methods and extremely important in genomic prediction. These methods require the choice of the number of components to be inserted into the model. For PCR, there are formal criteria; however, for ICR, the adopted criterion chooses the number of independent components (ICs) associated to greater accuracy and requires high computational time. In this study, seven criteria based on the number of principal components (PCs) and methods of variable selection to guide this choice in ICR are proposed and evaluated in simulated and real data. For both datasets, the most efficient criterion and that drastically reduced computational time determined that the number of ICs should be equal to the number of PCs to reach a higher accuracy value. In addition, the criteria did not recover the simulated heritability and generated biased genomic values. |
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Thesagro: |
Arroz; Melhoramento Genético Vegetal; Produtividade. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Plant breeding; Rice; Yields. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230385/1/determination-of-optimal-number.pdf
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Marc: |
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520 $aThe principal component regression (PCR) and the independent component regression (ICR) are dimensionality reduction methods and extremely important in genomic prediction. These methods require the choice of the number of components to be inserted into the model. For PCR, there are formal criteria; however, for ICR, the adopted criterion chooses the number of independent components (ICs) associated to greater accuracy and requires high computational time. In this study, seven criteria based on the number of principal components (PCs) and methods of variable selection to guide this choice in ICR are proposed and evaluated in simulated and real data. For both datasets, the most efficient criterion and that drastically reduced computational time determined that the number of ICs should be equal to the number of PCs to reach a higher accuracy value. In addition, the criteria did not recover the simulated heritability and generated biased genomic values.
650 $aGenomics
650 $aPlant breeding
650 $aRice
650 $aYields
650 $aArroz
650 $aMelhoramento Genético Vegetal
650 $aProdutividade
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700 1 $aNASCIMENTO, M.
700 1 $aSILVA, F. F.
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aNASCIMENTO, A. C. C.
773 $tScientia Agricola$gv. 79, n. 6, p. 1-8, 2022.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 5 | |
| 3. |  | COSTA, N. de L.; THUNG, M.; TOWNSEND, C. R.; MOREIRA, P.; LEONIDAS, F. C. Quantificação das características físico-químicas do solo sob pastagens degradadas. Pasturas Tropicales, Cali, v. 21, n. 2, p. 74-77, ago. 1999.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - B |
| Biblioteca(s): Embrapa Amapá. |
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| 4. | | TOWNSEND, C. R.; PEREIRA, R. G. A.; MAGALHÃES, J. A.; COSTA, N. L.; SILVA NETTO, F. G.; LEÔNIDAS, F. C.; RODRIGUES, V. G. S. Condições térmicas ambientais sob diferentes sistemas silvipastoris na Amazônia Ocidental. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA E EXTENSÃO RURAL, 2., 2008, Porto Velho. Anais... Porto Velho: UNIR, 2008. 6 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 5. | | TOWNSEND, C. R.; PEREIRA, R. G. A.; MAGALHÃES, J. A.; COSTA, N. L.; SILVA NETTO, F. G.; LEÔNIDAS, F. C.; RODRIGUES, V. G. S. Condições térmicas ambientais sob diferentes sistemas silvipastoris na Amazônia Ocidental. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA E EXTENSÃO RURAL, 2., 2008, Rolim de Moura, Rondônia. Anais... Porto Velho : UNIR, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| Registros recuperados : 5 | |
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| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
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