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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
06/09/2012 |
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Data da última atualização: |
23/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F. |
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Afiliação: |
FERNANDA C. P. PEREIRA, PUC Campinas, Bolsista PIBIC/CNPq; FABIANA B. MOKRY, UFSCar; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA. |
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Título: |
Identificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. |
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Páginas: |
p. 1-10. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
CIIC 2012. No 12604. |
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Conteúdo: |
A tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários. MenosA tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genotipagem de marcadores SNP; Software. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/65690/1/RE12604.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
11/07/2013 |
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Data da última atualização: |
04/04/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 1 |
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Autoria: |
YAMANAKA, N.; LEMOS, N. G.; UNO, M.; AKAMATSU, H.; YAMAOKA, Y.; ABDELNOOR, R. V.; BRACCINI, A. L. e; SUENAGA, K. |
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Afiliação: |
NAOKI YAMANAKA, JIRCAS; NOELLE G. LEMOS, JIRCAS; MIORI UNO, Fundacion Nikkei-Cetapar; HAJIME AKAMATSU, JIRCAS; YUICHI YAMAOKA, University of Tsukuba; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; ALEXXANDRO DE LUCCA E BRACINI, UEM; KAZUHIRO SUENAGA, JIRCAS. |
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Título: |
Resistance to Asian Soybean Rust in soybean lines with the pyramided three Rpp genes. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Crop Breeding and Applied Biotechnology, Viçosa, v. 13, n. 1, p. 75-82, Mar. 2013. |
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DOI: |
10.1590/S1984-70332013000100009 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
In this study, the influence of genetic background on the resistance level of a soybean line carrying Rpp2, Rpp4, and Rpp5 was evaluated by backcrossing it with a susceptible variety. It was also evaluated eight lines which carry these Rpp genes against five Asian soybean rust (ASR) isolates, in order to determine the likely range of resistance against ASR isolates differing in pathogenicity. The results indicated that a high level of resistance against various ASR isolates could be retained in lines carrying the three Rpp genes in susceptible genetic backgrounds, although minor influences of plant genetic background and ASR pathogenicity to the ASR resistance could occur. Thus, lines with the pyramided three Rpp genes should be effective against a complex pathogen population consisting of diverse Phakopsora pachyrhizi isolates. Neste estudo, foi avaliada a influência da composição genética no nível de resistência de uma linhagem de soja com genes Rpp2, Rpp4 e Rpp5, gerada através de retrocruzamentos com um cultivar suscetível. Também foram avaliadas oito linhagens carregando esses genes Rpp contra cinco isolados de ferrugem asiática da soja (FAS) para determinar a provável faixa de resistência contra isolados que diferem em patogenicidade. Os resultados indicam que um alto nível de resistência pode ser obtido em linhagens contendo os três genes Rpp inseridos em base genética suscetível, embora pequenas influências da base genética e da patogenicidade da FAS na resistência à ferrugem possam também ocorrer. Assim, linhagens com os genes Rpp2, Rpp4 e Rpp5 piramidados devem ser efetivas contra uma população complexa que consiste de vários isolados de Phakopsora pachyrhizi. MenosIn this study, the influence of genetic background on the resistance level of a soybean line carrying Rpp2, Rpp4, and Rpp5 was evaluated by backcrossing it with a susceptible variety. It was also evaluated eight lines which carry these Rpp genes against five Asian soybean rust (ASR) isolates, in order to determine the likely range of resistance against ASR isolates differing in pathogenicity. The results indicated that a high level of resistance against various ASR isolates could be retained in lines carrying the three Rpp genes in susceptible genetic backgrounds, although minor influences of plant genetic background and ASR pathogenicity to the ASR resistance could occur. Thus, lines with the pyramided three Rpp genes should be effective against a complex pathogen population consisting of diverse Phakopsora pachyrhizi isolates. Neste estudo, foi avaliada a influência da composição genética no nível de resistência de uma linhagem de soja com genes Rpp2, Rpp4 e Rpp5, gerada através de retrocruzamentos com um cultivar suscetível. Também foram avaliadas oito linhagens carregando esses genes Rpp contra cinco isolados de ferrugem asiática da soja (FAS) para determinar a provável faixa de resistência contra isolados que diferem em patogenicidade. Os resultados indicam que um alto nível de resistência pode ser obtido em linhagens contendo os três genes Rpp inseridos em base genética suscetível, embora pequenas influências da base genética e da patogenicidade da FAS na resistência à... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Soja. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/85842/1/Resistance-to-Asian-soybean-rust-in-soybean-lines-with-the-pyramided-three-Rpp-genes.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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