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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
09/11/2021 |
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Data da última atualização: |
09/11/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOARES, I. C.; PACHECO, R. S.; SILVA, C. G. N. da; SANTOS, R. S.; BALDANI, J. I.; URQUIAGA, S.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. |
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Afiliação: |
ISIS CAPELLA SOARES, UFRRJ; RAFAEL SANCHES PACHECO, UFRRJ; CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFLA; RAFAEL SALAZAR SANTOS, UFRRJ; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB. |
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Título: |
Real-time PCR method to quantify Sp245 strain of Azospirillum baldaniorum on Brachiaria grasses under field conditions. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant and Soil, 06 September 2021 |
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ISSN: |
0032-079X |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11104-021-05137-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Bacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find potential application in field experiments. MenosBacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find pot... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Azospirillum baldanioru; Plant growth promoting bacteria; Quantification; Signal grass. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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Biblioteca |
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Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
04/01/2000 |
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Data da última atualização: |
09/06/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MUSSEL, W. N.; FABRIS, J. D.; COEY, J. M. D.; SANS, L. M. A.; LELIS, M. F. F. |
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Afiliação: |
EMBRAPA-CNPMS. |
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Título: |
Compositional and structural variabilities of MG-rich iron oxide spinels from tuffite. |
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Ano de publicação: |
1999 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Ciência do Solo, Campinas, v. 23, n. 4, p. 791-798, 1999. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
A maghemita (yFe2O3) de tufito e, excepcionalmente, rica em magnesio, se comparada as comumente encontradas em outros litossistemas maficos. Na tentativa de investigar em detalhes a variabilidade composicional e estrutural desses oxidos naturais de ferro, alguns conjuntos de cristais foram separados de amostras coletadas a diferentes posicoes de um manto de intemperismo de tufito. Esses conjuntos de cristais foram, individualmente, estudados por difracao de raios-X, espectroscopia Mossbauer, medidas de magnetizacao e analise quimica. Da difratometria de raios-X, observou-se que o parametro da celula cubica (ao) varia de 0,834(1) a 0,8412(1) nm. Os valores mais baixos de ao sao caracteristicos de maghemita; os mais altos sao atribuidos a magnetita, mineral magnetico precursor. Os teores de Fe0 alcancam 17 mass % e os valaores de magnetizacao espontanea variam de 8 a 32 J T1 kg1. Os espectros Mossbauer, obtidos com a amostra mantida a temperatura do ambiente, na ausencia de campo magnetico aplicado, sao bastante complexos, om indicacoes de ocorrencia de superposicao de distribuicoes de campo hiperfino, devidas ao Fe3+ e ao ion de valencia mista Fe3+12+. A variabilidade estrutural dos oxidos de ferro, isoestruturais ao espinelio e ricos em Mg e Ti, e, essencialmente, relacionada com os graus variaveis de oxidacao do mineral precursor, a magnetita rica em Mg e Ti. |
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Palavras-Chave: |
Magnetic soil; Magnetizacao; Magnetization; Mossbauer; Solo magnetico. |
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Categoria do assunto: |
W Química e Física |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/41611/1/Compositional-structural.pdf
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Marc: |
LEADER 02065naa a2200229 a 4500
001 1483392
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260 $c1999
520 $aA maghemita (yFe2O3) de tufito e, excepcionalmente, rica em magnesio, se comparada as comumente encontradas em outros litossistemas maficos. Na tentativa de investigar em detalhes a variabilidade composicional e estrutural desses oxidos naturais de ferro, alguns conjuntos de cristais foram separados de amostras coletadas a diferentes posicoes de um manto de intemperismo de tufito. Esses conjuntos de cristais foram, individualmente, estudados por difracao de raios-X, espectroscopia Mossbauer, medidas de magnetizacao e analise quimica. Da difratometria de raios-X, observou-se que o parametro da celula cubica (ao) varia de 0,834(1) a 0,8412(1) nm. Os valores mais baixos de ao sao caracteristicos de maghemita; os mais altos sao atribuidos a magnetita, mineral magnetico precursor. Os teores de Fe0 alcancam 17 mass % e os valaores de magnetizacao espontanea variam de 8 a 32 J T1 kg1. Os espectros Mossbauer, obtidos com a amostra mantida a temperatura do ambiente, na ausencia de campo magnetico aplicado, sao bastante complexos, om indicacoes de ocorrencia de superposicao de distribuicoes de campo hiperfino, devidas ao Fe3+ e ao ion de valencia mista Fe3+12+. A variabilidade estrutural dos oxidos de ferro, isoestruturais ao espinelio e ricos em Mg e Ti, e, essencialmente, relacionada com os graus variaveis de oxidacao do mineral precursor, a magnetita rica em Mg e Ti.
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773 $tRevista Brasileira de Ciência do Solo, Campinas$gv. 23, n. 4, p. 791-798, 1999.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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