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2. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. 2D maps of protein surface. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster B-63. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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3. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MARTINS, N. F. Bioinformática como instrumento de apoio aos programas de melhoramento genético. In: FIGUEIREDO, M. do V. B.; BURITY, H. A.; OLIVEIRA, J. de P.; SANTOS, C. E. de R. e S.; STAMFORD, N. P. (Ed.). Biotecnologia aplicada à agricultura: textos de apoio e protocolos experimentais. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica; Recife: Instituto Agronômico de Pernambuco, 2010. p. 313-332. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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4. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | NAGAI, L. A. E.; GIACHETTO, P. F.; CARDOSO, F. F.; ZERLOTINI, A.; KUSER-FALCÃO, P. R. Preliminary analysis of differentially expressed genes involved in meat tenderness in Angus and Nelore beef cattle. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY LATIN AMERICA X-MEETING ON BIOINFORMATICS, 3., THE BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS; SOIBIO, 2014, Belo Horizonte. Program... [S.l.]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISCB-Latin America 2014. Pôster O10. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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7. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P.; SILVA, F. R. da; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos. Laboratório avançado multiusuário de bioinformática da Embrapa. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., Brasília, DF, 2010. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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8. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | GHELFI, A.; GAZIOLA, S. A.; CIA, M. C.; CHABREGAS, S. M.; FALCO, M. C.; KUSER-FALCÃO, P. R.; AZEVEDO, R. A. Cloning, expression, molecular modelling and docking analysis of glutathione transferase from Saccharum officinarum. Annals of Applied Biology, Cambridge, v. 159, n. 2, p. 267-280, 2011. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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9. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., Brasília, DF, 2010. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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10. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 1017. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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11. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; HIGA, R.; VIEIRA, F. Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory - LMB. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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12. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; MARTINELLI, J. A.; KUSER-FALCAO, P. R.; ZERLOTINI, A.; GRANDO, M. F.; STEFANATO, F.; BOYD, L. Genética da resistência de planta adulta à ferrugem da folha em trigo - cultivar Toropi. In: MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 9.; MOSTRA DE PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA TRIGO, 6., 2014, Passo Fundo. A construção de um cientista!: resumos. Brasília, DF: Embrapa, 2015. p. 53. Orientadora: Sandra Patussi Brammer. Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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13. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CASASSOLA, A.; BRAMMER, S. P.; CHAVES, M. S.; NHANI JUNIOR, A.; KUSER-FALCÃO, P. R.; ZERLOTINI, A.; STEFANATO, F.; BOYD, L. Wheat transcriptome analysis targeting leaf rust resistance-related genes. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY LATIN AMERICA X-MEETING ON BIOINFORMATICS, 3., THE BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS; SOIBIO, 2014, Belo Horizonte. Program... [S.l.]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISCB-Latin America 2014. Pôster D03. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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14. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; BORRO, L. C.; SANTOS, E. H.; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; KUSER-FALCÃO, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structural parameters and bagging predictors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-13. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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15. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | OLIVEIRA, S. R. de M.; ALMEIDA, G. V.; SOUZA, K. R. R.; RODRIGUES, D. N.; KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Sting_RDB: a relational database of structural parameters for protein analysis with support for data warehousing and data mining. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 911-922, 2007. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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16. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. Sequencing and de novo genome assembly of a nelore (Bos indicus) bull. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster 0522. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte. |
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17. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M. The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 4, p. 717-722, 2006. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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18. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R. De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P554. Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
05/10/2011 |
Data da última atualização: |
06/01/2012 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 2 |
Autoria: |
GHELFI, A.; GAZIOLA, S. A.; CIA, M. C.; CHABREGAS, S. M.; FALCO, M. C.; KUSER-FALCÃO, P. R.; AZEVEDO, R. A. |
Afiliação: |
A. GHELFI, Universidade Federal do Amazonas; S. A. GAZIOLA, ESALQ/USP; MARIANA CICARELLA CIA, ESALQ/USP; SABRINA M. CHABREGAS, Centro de Tecnologia Canavieira; M. C. FALCO, Centro de Tecnologia Canavieira; PAULA REGINA KUSER-FALCÃO, CNPTIA; R. A. AZEVEDO, ESALQ/USP. |
Título: |
Cloning, expression, molecular modelling and docking analysis of glutathione transferase from Saccharum officinarum. |
Ano de publicação: |
2011 |
Fonte/Imprenta: |
Annals of Applied Biology, Cambridge, v. 159, n. 2, p. 267-280, 2011. |
DOI: |
10.1111/j.1744-7348.2011.00491.x |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Sugarcane yield and quality are affected by a number of biotic and abiotic stresses. In response to such stresses, plants may increase the activities of some enzymes such as glutathione transferase (GST), which are involved in the detoxification of xenobiotics. Thus, a sugarcane GST was modelled and molecular docked using the program LIGIN to investigate the contributions of the active site residues towards the binding of reduced glutathione (GSH) and 1-chloro-2,4-dinitrobenzene (CDNB). As a result, W13 and I119 were identified as key residues for the specificity of sugarcane GSTF1 (SoGSTF1) towards CDNB. To obtain a better understanding of the catalytic specificity of sugarcane GST (SoGSTF1), two mutants were designed, W13L and I119F. Tertiary structure models and the same docking procedure were performed to explain the interactions between sugarcane GSTs with GSH and CDNB. An electron-sharing network for GSH interaction was also proposed. The SoGSTF1 and the mutated gene constructions were cloned and expressed in Escherichia coli and the expressed protein purified. Kinetic analyses revealed different Km values not only for CDNB, but also for GSH. The Km values were 0.2, 1.3 and 0.3 mM for GSH, and 0.9, 1.2 and 0.5 mM for CDNB, for the wild type, W13L mutant and I119F mutant, respectively. The Vmax values were 297.6, 224.5 and 171.8 umol min-1 mg-1 protein for GSH, and 372.3, 170.6 and 160.4 umol min-1 mg-1 protein for CDNB. |
Palavras-Chave: |
Cana-de-açúcar; Clonagem molecular; Modelagem molecular. |
Thesagro: |
Saccharum Officinarum. |
Thesaurus NAL: |
Glutathione transferase; Molecular cloning; Molecular models; Sugarcane. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02395naa a2200301 a 4500 001 1902430 005 2012-01-06 008 2011 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1111/j.1744-7348.2011.00491.x$2DOI 100 1 $aGHELFI, A. 245 $aCloning, expression, molecular modelling and docking analysis of glutathione transferase from Saccharum officinarum.$h[electronic resource] 260 $c2011 520 $aSugarcane yield and quality are affected by a number of biotic and abiotic stresses. In response to such stresses, plants may increase the activities of some enzymes such as glutathione transferase (GST), which are involved in the detoxification of xenobiotics. Thus, a sugarcane GST was modelled and molecular docked using the program LIGIN to investigate the contributions of the active site residues towards the binding of reduced glutathione (GSH) and 1-chloro-2,4-dinitrobenzene (CDNB). As a result, W13 and I119 were identified as key residues for the specificity of sugarcane GSTF1 (SoGSTF1) towards CDNB. To obtain a better understanding of the catalytic specificity of sugarcane GST (SoGSTF1), two mutants were designed, W13L and I119F. Tertiary structure models and the same docking procedure were performed to explain the interactions between sugarcane GSTs with GSH and CDNB. An electron-sharing network for GSH interaction was also proposed. The SoGSTF1 and the mutated gene constructions were cloned and expressed in Escherichia coli and the expressed protein purified. Kinetic analyses revealed different Km values not only for CDNB, but also for GSH. The Km values were 0.2, 1.3 and 0.3 mM for GSH, and 0.9, 1.2 and 0.5 mM for CDNB, for the wild type, W13L mutant and I119F mutant, respectively. The Vmax values were 297.6, 224.5 and 171.8 umol min-1 mg-1 protein for GSH, and 372.3, 170.6 and 160.4 umol min-1 mg-1 protein for CDNB. 650 $aGlutathione transferase 650 $aMolecular cloning 650 $aMolecular models 650 $aSugarcane 650 $aSaccharum Officinarum 653 $aCana-de-açúcar 653 $aClonagem molecular 653 $aModelagem molecular 700 1 $aGAZIOLA, S. A. 700 1 $aCIA, M. C. 700 1 $aCHABREGAS, S. M. 700 1 $aFALCO, M. C. 700 1 $aKUSER-FALCÃO, P. R. 700 1 $aAZEVEDO, R. A. 773 $tAnnals of Applied Biology, Cambridge$gv. 159, n. 2, p. 267-280, 2011.
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