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| Registros recuperados : 17 | |
| 4. |  | KUSER, P.; HALL, D. R.; HAW, M. L.; NEU, M.; EVANS, R. W.; LINDLEY, P. F. The mechanism of iron uptake by transferrins: the X-ray structures of the 18 kDa NII domain fragment of duck ovotransferrin and its nitrilotriacetate complex. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, D58, part 5, p. 777-783, May 2002.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 5. | | SIMÕES, M.; BAHIA, D.; ZERLOTINI, A.; TORRES, K.; ARTIGUENAVE, F.; NESHICH, G.; KUSER, P.; OLIVEIRA, G. Single nucleotide polymorphisms identification in expressed genes of Schistosoma mansoni. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 154, p. 134-140, 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 6. | | KUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-22. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 7. | | MAZONI, I.; KUSER, P.; YAMAGISHI, M.; BORRO, L.; JARDINE, J.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. MSSP: simultaneous comparison of the same structure descriptor for different protein structures. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-50. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 8. | | BAHIA, D.; MORTARA, R. A.; KUSEL, J. R.; ANDRADE, L. F.; LUDOLF, F.; KUSER, P. R.; AVELAR, L.; TROLET, J.; DISSOUS, C.; PIERCE, R. J.; OLIVEIRA, G. Schistosoma mansoni: expression of Fes-like tyrosine kinase SmFes in the tegument and terebratorium suggests its involvement in host penetration. Experimental Parasitology, v. 116, n. 3, p. 225-232, July 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 9. | | HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 127-137, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 193-202, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | OLIVEIRA, S. R. de M.; PAVANELLI, D. S.; ALMEIDA, G. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B. da; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. STING_DB: a relational database of structural parameters for protein analysis. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 132. Na publicação: Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 12. | | HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting millennium suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, n. 107, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 14. | | YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 15. | | NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond STING Server. Nucleic Acids Research, v. 33, n. 2, p. W29-W35, July 2005. Supplement.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond Sting server. Nucleic Acids Research, v. 33, W29-W35, 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 17. | | FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G. PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 2, p. 333-341, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Registros recuperados : 17 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
20/04/2006 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. |
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Afiliação: |
MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; GEORGE B. P. BEZERRA; THIAGO QUINALIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; JOSÉ GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; SÉRGIO APARECIDO BRAGA DA CRUZ, CNPTIA; STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA; NICHOLAS RAY, Inria Lorraine; BERNARD MAIGRET, Universite Henri Poincare. |
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Título: |
An interative protein interface surface Java Viewer. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
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Páginas: |
p. 17. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2005. Presented posters. |
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Conteúdo: |
More than 50% of protein structures deposited in the PDB database have two or more chains according to the PDB Metrics1 software. Therefore, there are a plenty of protein complexes in the PDB database. It is important to understand the physical-chemical forces that are involved in protein complexes aggregation. In order to facilitate this analyze, it would be desirable to get two protein chains and visualize their contact interface surfaces separately, and paint over each one of them a common physical-chemical property that could be important in the complex formation. Using weighted Delaunay triangulation and marching tetrahedra algorithms from the CGAL library these contact interface surfaces were generated and rendered in an Interactive Java Viewer based on JavaView2 library. The surfaces can be rotated, translated, scaled and it is possible to identify from which amino acid a given vertice came from, among other useful features. All the physical-chemical parameters available in Java Protein Dossier - JPD can be used to paint the surfaces facilitating the analyses. |
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Palavras-Chave: |
Interface; Java. |
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Thesagro: |
Proteína. |
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Thesaurus NAL: |
Proteins. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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