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1.Imagem marcado/desmarcadoJESUS, K. R. E. de; KUSER, P.; NESHICH, G. The Cry 1Ac protein from Bacillus thuringiensis and its structure stability centers. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14., 2006, Fortaleza, CE. [Anais...]. Fortaleza, CE: ISMB, 2006.

Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente.

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2.Imagem marcado/desmarcadoKUSER, P.; CUPRI, F.; BLEICHER, L.; POLIKARPOV, I. Crystal structure of yeast hexokinase PI in complex with glucose: a classical "induced fit" example revised. Proteins, v. 72, n. 2, p. 731-740, 2008.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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3.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2003. 7 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado Técnico, 48).

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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4.Imagem marcado/desmarcadoKUSER, P.; HALL, D. R.; HAW, M. L.; NEU, M.; EVANS, R. W.; LINDLEY, P. F. The mechanism of iron uptake by transferrins: the X-ray structures of the 18 kDa NII domain fragment of duck ovotransferrin and its nitrilotriacetate complex. Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, D58, part 5, p. 777-783, May 2002.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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5.Imagem marcado/desmarcadoSIMÕES, M.; BAHIA, D.; ZERLOTINI, A.; TORRES, K.; ARTIGUENAVE, F.; NESHICH, G.; KUSER, P.; OLIVEIRA, G. Single nucleotide polymorphisms identification in expressed genes of Schistosoma mansoni. Molecular and Biochemical Parasitology, v. 154, p. 134-140, 2007.

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6.Imagem marcado/desmarcadoKUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-22. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos.

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7.Imagem marcado/desmarcadoMAZONI, I.; KUSER, P.; YAMAGISHI, M.; BORRO, L.; JARDINE, J.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. MSSP: simultaneous comparison of the same structure descriptor for different protein structures. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-50. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira.

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8.Imagem marcado/desmarcadoBAHIA, D.; MORTARA, R. A.; KUSEL, J. R.; ANDRADE, L. F.; LUDOLF, F.; KUSER, P. R.; AVELAR, L.; TROLET, J.; DISSOUS, C.; PIERCE, R. J.; OLIVEIRA, G. Schistosoma mansoni: expression of Fes-like tyrosine kinase SmFes in the tegument and terebratorium suggests its involvement in host penetration. Experimental Parasitology, v. 116, n. 3, p. 225-232, July 2007.

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9.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 127-137, 2006.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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10.Imagem marcado/desmarcadoBORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 193-202, 2006.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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11.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, S. R. de M.; PAVANELLI, D. S.; ALMEIDA, G. V.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B. da; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. STING_DB: a relational database of structural parameters for protein analysis. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 132. Na publicação: Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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12.Imagem marcado/desmarcadoHIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Sting millennium suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. BMC Bioinformatics, v. 5, n. 107, 2006.

Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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13.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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14.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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15.Imagem marcado/desmarcadoNESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond STING Server. Nucleic Acids Research, v. 33, n. 2, p. W29-W35, July 2005. Supplement.

Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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16.Imagem marcado/desmarcadoNESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond Sting server. Nucleic Acids Research, v. 33, W29-W35, 2005.

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17.Imagem marcado/desmarcadoFILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G. PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 2, p. 333-341, 2006.

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Registro Completo

Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  28/08/2007
Data da última atualização:  17/01/2020
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Circulação/Nível:  Internacional - A
Autoria:  SIMÕES, M.; BAHIA, D.; ZERLOTINI, A.; TORRES, K.; ARTIGUENAVE, F.; NESHICH, G.; KUSER, P.; OLIVEIRA, G.
Afiliação:  MARIANA SIMÕES, Fiocruz; DIANA BAHIA, Fiocruz; ADHEMAR ZERLOTINI, Fiocruz; KLEIDER TORRES, Fiocruz; FRANÇOIS ARTIGUENAVE, Inra; GORAN NESHICH, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; GUILHERME OLIVEIRA, Fiocruz, Santa Casa de Belo Horizonte.
Título:  Single nucleotide polymorphisms identification in expressed genes of Schistosoma mansoni.
Ano de publicação:  2007
Fonte/Imprenta:  Molecular and Biochemical Parasitology, v. 154, p. 134-140, 2007.
DOI:  10.1016/j.molbiopara.2007.04.003
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Single nucleotide polymorphism (SNP) markers have been shown to be useful in genetic investigations of medically important parasites and their hosts. In this paper, we describe the prediction and validation of SNPs in ESTs of Schistosoma mansoni. We used 107,417 public sequences of S. mansoni and identified 15,614 high-quality candidate SNPs in 12,184 contigs. The presence of predicted SNPs was observed in well characterized antigens and vaccine candidates such as those coding for myosin; Sm14 and Sm23; cathepsin B and triosephosphate isomerase (TPI). Additionally, SNPs were experimentally validated for the cathepsin B. A comparative model of the S. mansoni cathepsin B was built for predicting the possible consequences of amino acid substitutions on the protein structure. An analysis of the substitutions indicated that the amino acids were mostly located on the surface of the molecule, and we found no evidence for a significant conformational change of the enzyme. However, at least one of the substitutions could result in a structural modification of an epitope
Palavras-Chave:  Bioinformática; Comparative modeling; Computational biology; Polimorfismo de nucleotídeo único.
Thesagro:  Schistosoma Mansoni.
Thesaurus NAL:  Bioinformatics; Cathepsin B; Models; Single nucleotide polymorphism.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
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CNPTIA11570 - 2UPCAP - DD
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