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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
30/03/2012 |
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Data da última atualização: |
30/03/2012 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SAWAZAKI, H. E.; SÁ, L. A. N. de; ALCÂNTARA, M. Q.; POLEZ, V. L. P.; GONÇALVES, C. R. N. C. B.; VEIGA, R. F. A.; COLOMBO, C. A. |
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Afiliação: |
HAIKO ENOK SAWAZAKI, IAC; LUIZ ALEXANDRE NOGUEIRA DE SA, CNPMA; MAILA Q. ALCÂNTARA, CNPq. |
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Título: |
Otimização da diagnose molecular de vírus, bactéria e fungo em cana-de-açúcar. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
Biológico, São Paulo, v. 73, n. 2, p. 282-287, 2011. Anais da 24ª Reunião Anual do Instituto Biológico, São Paulo, nov. 2011. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
RESUMO: Visando à otimização da diagnose molecular de plântulas de cana-de-açúcar, tentou-se desenvolver iniciadores específicos para escaldadura e ferrugem alaranjada, assim como a comparação da PCR comum e a PCR em Tempo Real (PCR/TR) de maior resolução, importante para doenças com grande período de latência, como as causadas por: 1- Bactérias, (a) raquitismo-da-soqueira (Leifsonina xyli subsp. Xyli) e (b) escaldadura (Xanthomonas aibilineans); 2- Vírus, (a) amarelinho (Sugarcane Yellow Leaf Vírus); (b) mosaico (Sugarcane Mosaic Vírus) e (c) fijivirus (Fiji disease vírus); 3- fungo, (a) carvão (Sporisorium scitamineum) e (b) ferrugem alaranjada (Puccinia kuehnii). As plântulas foram obtidas do quarentenário do IAC. Os iniciadores da literatura para cana-de-açúcar detectaram especificamente o raquitismo, amarelinho, mosaico e fijivirus, enquanto os desenvolvidos para PCR/TR para as mesmas doenças, incluindo a escaldadura e ferrugem alaranjada, possibilitaram a detecção com maior diluição das amostras. Os iniciadores da ferrugem alaranjada, além de não detectarem a ferrugem marrom, também diferenciaram a ferrugem branca do milho. Os da escaldadura não foram específicos somente para o gênero Erwinia, enquanto que os da literatura não diferenciaram também outras espécies dos gêneros Kanthomonas, Pseudomonas, Enwinia, Stenotrophomona e Pantoea. A otimização das diluições para PCR/TR a partir de cDNA foi de apenas lOX. Porém, para extratos de DNA de planta, foi maior, de lOOX a lOOOX,indicando a maior sensibilidade do método. Dos 28 pares de iniciadores testados, os melhores para o agente causal de cada doença e curvas de diluições (com eficiência de PCR de 1,05 a 1,28) são apresentados. MenosRESUMO: Visando à otimização da diagnose molecular de plântulas de cana-de-açúcar, tentou-se desenvolver iniciadores específicos para escaldadura e ferrugem alaranjada, assim como a comparação da PCR comum e a PCR em Tempo Real (PCR/TR) de maior resolução, importante para doenças com grande período de latência, como as causadas por: 1- Bactérias, (a) raquitismo-da-soqueira (Leifsonina xyli subsp. Xyli) e (b) escaldadura (Xanthomonas aibilineans); 2- Vírus, (a) amarelinho (Sugarcane Yellow Leaf Vírus); (b) mosaico (Sugarcane Mosaic Vírus) e (c) fijivirus (Fiji disease vírus); 3- fungo, (a) carvão (Sporisorium scitamineum) e (b) ferrugem alaranjada (Puccinia kuehnii). As plântulas foram obtidas do quarentenário do IAC. Os iniciadores da literatura para cana-de-açúcar detectaram especificamente o raquitismo, amarelinho, mosaico e fijivirus, enquanto os desenvolvidos para PCR/TR para as mesmas doenças, incluindo a escaldadura e ferrugem alaranjada, possibilitaram a detecção com maior diluição das amostras. Os iniciadores da ferrugem alaranjada, além de não detectarem a ferrugem marrom, também diferenciaram a ferrugem branca do milho. Os da escaldadura não foram específicos somente para o gênero Erwinia, enquanto que os da literatura não diferenciaram também outras espécies dos gêneros Kanthomonas, Pseudomonas, Enwinia, Stenotrophomona e Pantoea. A otimização das diluições para PCR/TR a partir de cDNA foi de apenas lOX. Porém, para extratos de DNA de planta, foi maior, de lOOX a ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análises moleculares; Cana-de-açúcar; Raquitismo-da-soqueira. |
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Thesagro: |
Amarelinho; Bactéria; Carvão; Escaldadura; Ferrugem Alaranjada; Mosaico; Vírus. |
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Thesaurus Nal: |
Fijivirus; Plant diseases and disorders; Sugarcane. |
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Categoria do assunto: |
H Saúde e Patologia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/56756/1/2011AA106.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
14/11/2022 |
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Data da última atualização: |
14/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
RAMOS-GONZÁLEZ, P. L.; CHABI-JESUS, C.; TASSI, A. D.; CALEGARIO, R. F.; HARAKAVA, R.; NOME, C F.; KITAJIMA, E. W.; ASTUA, J. de F. |
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Afiliação: |
PEDRO L. RAMOS-GONZÁLEZ, Instituto Biológico de São Paulo; CAMILA CHABI-JESUS, Instituto Biológico de São Paulo; ALINE D. TASSI, Instituto Biológico de São Paulo; RENATA FAIER CALEGARIO, Universidade Federal do Paraná; RICARDO HARAKAVA, Instituto Biológico de São Paulo; CLAUDIA F. NOME, Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria; ELLIOT W. KITAJIMA, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; JULIANA DE FREITAS ASTUA, CNPMF. |
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Título: |
A Novel Lineage of Cile-Like Viruses Discloses the Phylogenetic Continuum Across the Family Kitaviridae. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Microbiology, v.28, n.13, 836076, March 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.836076 |
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Idioma: |
Francês |
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Conteúdo: |
An increasing number of plant species have been recognized or considered likely reservoirs of viruses transmitted by Brevipalpus mites. A tiny fraction of these viruses, primarily those causing severe economic burden to prominent crops, have been fully characterized. In this study, based on high-throughput sequencing, transmission electron microscopy analyses of virions in plant-infected tissues, viral transmission experiments, and the morphoanatomical identification of the involved Brevipalpus mites, we describe molecular and biological features of viruses representing three new tentative species of the family Kitaviridae. The genomes of Solanum violifolium ringspot virus (SvRSV, previously partially characterized), Ligustrum chlorotic spot virus (LigCSV), and Ligustrum leprosis virus (LigLV) have five open reading frames (ORFs) > 500 nts, two distributed in RNA1 and three in RNA2. RNA1 of these three viruses display the same genomic organization found in RNA1 of typical cileviruses, while their RNA2 are shorter, possessing only orthologs of genes p61, p32, and p24. LigCSV and LigLV are more closely related to each other than to SvRSV, but the identities between their genomic RNAs were lower than 70%. In gene-by-gene comparisons, ORFs from LigCSV and LigLV had the highest sequence identity values (nt sequences: 70?76% and deduced amino acid sequences: 74?83%). The next higher identity values were with ORFs from typical cileviruses, with values below 66%. Virions of LigLV (? 40 nm × 55 nm) and LigCSV (? 54 nm × 66 nm) appear almost spherical, contrasting with the bacilliform shape of SvRSV virions (? 47 nm × 101 nm). Mites collected from the virus-infected plants were identified as Brevipalpus papayensis, B. tucuman, and B. obovatus. Viruliferous B. papayensis mites successfully transmitted LigCSV to Arabidopsis thaliana. SvRSV, LigCSV, and LigLV seem to represent novel sub-lineages of kitaviruses that descent on parallel evolutionary branches from a common ancestor shared with the tentative cile-like virus hibiscus yellow blotch virus and typical cileviruses. Biological and molecular data, notably, the phylogenetic reconstruction based on the RdRp proteins in which strong support for monophyly of the family Kitaviridae is observed, mark an advance in the understanding of kitavirids. MenosAn increasing number of plant species have been recognized or considered likely reservoirs of viruses transmitted by Brevipalpus mites. A tiny fraction of these viruses, primarily those causing severe economic burden to prominent crops, have been fully characterized. In this study, based on high-throughput sequencing, transmission electron microscopy analyses of virions in plant-infected tissues, viral transmission experiments, and the morphoanatomical identification of the involved Brevipalpus mites, we describe molecular and biological features of viruses representing three new tentative species of the family Kitaviridae. The genomes of Solanum violifolium ringspot virus (SvRSV, previously partially characterized), Ligustrum chlorotic spot virus (LigCSV), and Ligustrum leprosis virus (LigLV) have five open reading frames (ORFs) > 500 nts, two distributed in RNA1 and three in RNA2. RNA1 of these three viruses display the same genomic organization found in RNA1 of typical cileviruses, while their RNA2 are shorter, possessing only orthologs of genes p61, p32, and p24. LigCSV and LigLV are more closely related to each other than to SvRSV, but the identities between their genomic RNAs were lower than 70%. In gene-by-gene comparisons, ORFs from LigCSV and LigLV had the highest sequence identity values (nt sequences: 70?76% and deduced amino acid sequences: 74?83%). The next higher identity values were with ORFs from typical cileviruses, with values below 66%. Virions of LigLV (?... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Planta Ornamental; Vírus. |
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Thesaurus NAL: |
Brevipalpus; Ornamental plants; Virion. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1148258/1/fmicb-13-836076.pdf
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Marc: |
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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