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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
21/11/2012 |
Data da última atualização: |
14/04/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Autoria: |
PROTASIO, A. V.; TSAI, I. J.; BABBAGE, A.; NICHOL, S.; HUNT, M.; ASLETT, M. A.; SILVA, N. de; VELARDE, G. S.; ANDERSON, T. J. C.; CLARK, R. C.; DAVIDSON, C.; DILLON, G. P.; HOLROYD, N. E.; LOVERDE, P. T.; LLOYD, C.; MCQUILLAN, J.; OLIVEIRA, G.; OTTO, T. D.; PARKER-MANUEL, S. J.; QUAIL, M. A.; WILSON, R. A.; ZERLOTINI, A.; DUNNE, D. W.; BERRIMAN, M. |
Afiliação: |
ANNA V. PROTASIO, Wellcome Trust Sanger Institute; ISHENG J. TSAI, Wellcome Trust Sanger Institute; ANNE BABBAGE, Wellcome Trust Sanger Institute; SARAH NICHOL, Wellcome Trust Sanger Institute; MARTIN HUNT, Wellcome Trust Sanger Institute; MARTIN A. ASLETT, Wellcome Trust Sanger Institute; NISHADI DE SILVA, Wellcome Trust Sanger Institute; GILES S. VELARDE, Wellcome Trust Sanger Institute; TIM J. C. ANDERSON, Texas Biomedical Research Institute; RICHARD C. CLARK, Wellcome Trust Sanger Institute; CLAIRE DAVIDSON, Wellcome Trust Sanger Institute; GARY P. DILLON, Wellcome Trust Sanger Institute; NANCY E. HOLROYD, Wellcome Trust Sanger Institute; PHILIP T. LOVERDE, University of Texas Health Science Center; CHRISTINE LLOYD, Wellcome Trust Sanger Institute; JACQUELLINE MCQUILLAN, Wellcome Trust Sanger Institute; GUILHERME OLIVEIRA, Centro de Pesquisas René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz; THOMAS D. OTTO, Wellcome Trust Sanger Institute; SOPHIA J. PARKER-MANUEL, University of York; MICHAEL A. QUAIL, Wellcome Trust Sanger Institute; R. ALAN WILSON, University of York; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; DAVID W. DUNNE, University of Cambridge; MATTHEW BERRIMAN, Wellcome Trust Sanger Institute. |
Título: |
A systematically improved high quality genome and transcriptome of the human blood fluke Schistosoma mansoni. |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
PLOS Neglected Tropical Diseases, v. 6, n. 1, p. 1-13, Jan. 2012. |
DOI: |
10.1371/journal.pntd.0001455 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Schistosomiasis is one of the most prevalent parasitic diseases, affecting millions of people in developing countries. Amongst the human-infective species, Schistosoma mansoni is also the most commonly used in the laboratory and here we present the systematic improvement of its draft genome. We used Sanger capillary and deep-coverage Illumina sequencing from clonal worms to upgrade the highly fragmented draft 380 Mb genome to one with only 885 scaffolds and more than 81% of the bases organised into chromosomes. We have also used transcriptome sequencing (RNA-seq) from four time points in the parasite?s life cycle to refine gene predictions and profile their expression. More than 45% of predicted genes have been extensively modified and the total number has been reduced from 11,807 to 10,852. Using the new version of the genome, we identified trans-splicing events occurring in at least 11% of genes and identified clear cases where it is used to resolve polycistronic transcripts. We have produced a high-resolution map of temporal changes in expression for 9,535 genes, covering an unprecedented dynamic range for this organism. All of these data have been consolidated into a searchable format within the GeneDB (www.genedb.org) and SchistoDB (www.schistodb.net) databases. With further transcriptional profiling and genome sequencing increasingly accessible, the upgraded genome will form a fundamental dataset to underpin further advances in schistosome research. |
Thesaurus Nal: |
Schistosoma. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/70531/1/journal.pntd.0001455.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Volume |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Florestas. Para informações adicionais entre em contato com cnpf.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
Data corrente: |
13/12/2018 |
Data da última atualização: |
13/12/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
B - 1 |
Autoria: |
CAGLIONI, E.; UHLMANN, A.; CURCIO, G. R.; RAMOS, M. R.; BONNET, A.; JUNCKES, A. R. |
Afiliação: |
Eder Caglioni, Pós-graduando da UFPR; ALEXANDRE UHLMANN, CNPF; GUSTAVO RIBAS CURCIO, CNPF; Michele Ribeiro Ramos, Universidade Estadual do Tocantins; ANNETE BONNET, CNPF; Anilton Ricardo Junckes, Defesa Civil - Prefeitura Municipal de Ilhota/SC. |
Título: |
Altitude e solos determinam variações abruptas da vegetação em gradiente altitudinal de Mata Atlântica. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Rodriguésia, v. 69, n. 4, p. 2055-2068, out./dez. 2018. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
A variação da vegetação em gradientes altitudinais geralmente é condicionada pelo gradiente térmico. Neste estudo, hipotetizamos que a estrutura da vegetação varie abruptamente como resultado de ambientes muito distintos cuja formação não está relacionada somente com a altitude e o clima. Definimos três áreas no Parque Botânico Morro do Baú, Ilhota, SC. Em cada, alocamos 50 parcelas de 100 m2 (Área 1 - 340 m; Área 2 - 540 m; Área 3 - 810 m s.n.m.). Medimos os espécimes com PAP ≥ 15 cm. Elaboramos diagrama de Venn e comparamos as Áreas por meio de curvas de rarefação. Aplicamos DCA e ordenação por NMDS para identificar o grau de variação na vegetação. Devido à forte distinção das demais, comparamos a Área 3 com outros levantamentos. A estrutura arbórea varia abruptamente entre as Áreas 1/2 e a 3, sendo esta última uma verdadeira floresta altomontana determinada pelos efeitos conjuntos de altitude, clima, solos e geomorfologia. Regionalmente, entretanto, as similaridades não são maiores com outras florestas altomontanas, mas sim com áreas próximas e de altitude aproximada. |
Palavras-Chave: |
Cloud forests; Floresta Ombrófila Densa Altomontana; Inselberg; Morro Testemunho; Vale do Itajaí. |
Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
Marc: |
LEADER 01863naa a2200241 a 4500 001 2101380 005 2018-12-13 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aCAGLIONI, E. 245 $aAltitude e solos determinam variações abruptas da vegetação em gradiente altitudinal de Mata Atlântica.$h[electronic resource] 260 $c2018 520 $aA variação da vegetação em gradientes altitudinais geralmente é condicionada pelo gradiente térmico. Neste estudo, hipotetizamos que a estrutura da vegetação varie abruptamente como resultado de ambientes muito distintos cuja formação não está relacionada somente com a altitude e o clima. Definimos três áreas no Parque Botânico Morro do Baú, Ilhota, SC. Em cada, alocamos 50 parcelas de 100 m2 (Área 1 - 340 m; Área 2 - 540 m; Área 3 - 810 m s.n.m.). Medimos os espécimes com PAP ≥ 15 cm. Elaboramos diagrama de Venn e comparamos as Áreas por meio de curvas de rarefação. Aplicamos DCA e ordenação por NMDS para identificar o grau de variação na vegetação. Devido à forte distinção das demais, comparamos a Área 3 com outros levantamentos. A estrutura arbórea varia abruptamente entre as Áreas 1/2 e a 3, sendo esta última uma verdadeira floresta altomontana determinada pelos efeitos conjuntos de altitude, clima, solos e geomorfologia. Regionalmente, entretanto, as similaridades não são maiores com outras florestas altomontanas, mas sim com áreas próximas e de altitude aproximada. 653 $aCloud forests 653 $aFloresta Ombrófila Densa Altomontana 653 $aInselberg 653 $aMorro Testemunho 653 $aVale do Itajaí 700 1 $aUHLMANN, A. 700 1 $aCURCIO, G. R. 700 1 $aRAMOS, M. R. 700 1 $aBONNET, A. 700 1 $aJUNCKES, A. R. 773 $tRodriguésia$gv. 69, n. 4, p. 2055-2068, out./dez. 2018.
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