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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
12/12/2018 |
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Data da última atualização: |
12/12/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
ELISA PERIPOLLI, UNESP; JULIA METZGER, University of Veterinary Medicine Hannover; MARCOS VINICIUS ANTUNES DE LEMOS, UNESP; NEDENIA BONVINOSTAFUZZA, UNESP; SABRINA KLUSKA, UNESP; BIANCA FERREIRA OLIVIERI, UNESP; FABIELI LOUISE BRAGA FEITOSA, UNESP; MARIANA PIATTO BERTON, UNESP; FERNANDO BRITO LOPES, UNESP; DANISIO PRADO MUNARI, UNESP; RAYSILDO BARBOSA LOBO, Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; FERNANDO DI CROCE, Zoetis; JASON OSTERSTOCK, Zoetis; SUE DENISE, Zoetis; ANGELICA SIMONE CRAVO PEREIRA, USP; FERNANDO BALDI, UNESP. |
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Título: |
Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 19, 680, 2018. |
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DOI: |
https://dx.doi.org/10.1186%2Fs12864-018-5060-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pregnancy-associated glycoproteins genes (GO:0030163), and organism growth (GO:0040014) were described within the autozygotic islands. Conclusions Low FPED-FROH correlation estimates indicate that FPED is not the most suitable method for capturing ancient inbreeding when the pedigree does not extend back many generations and FROH should be used instead. Enriched terms (p < 0.01) suggest a strong selection for immune response. Non-overlapping islands within the lineages greatly explain the mechanism underlying selection for functionally important traits in Nellore cattle. MenosAbstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pr... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Padroes ROH. |
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Thesagro: |
Endogamia; Gado Nelore; Genética Animal; Genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Homozygosity. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188276/1/12864-2018-Article-5060-APAGAR.pdf
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Marc: |
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| Registros recuperados : 24 | |
| 6. |  | PORTILHO, I. I. R.; PAREDES JUNIOR, F. P.; PADOVAN, M. P.; MERCANTE, F. M. Biomassa microbiana em cultivos de milho associados a diferentes coberturas vegetais. In: SEMINÁRIO DE AGROECOLOGIA DE MATO GROSSO DO SUL, 3.; ENCONTRO DE PRODUTORES AGROECOLÓGICOS DE MS, 2., 2010, Corumbá. Construindo um futuro sustentável e solidário: anais. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste; Corumbá: Embrapa Pantanal; Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2010. Editado por: Milton Parron Padovan, Ivo de Sá Motta, Hamilton Kikuti, Aurélio V. Borsato, Rogério Ferreira da Silva, Adalgiza Inês Campolim, Alzira Salet Menegat, Alberto Faiden. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
|    |
| 8. | | MASCARENHAS JUNIOR, F. P.; LUCENA, C. C. de; COELHO FILHO, M. A.; AMORIM, E. P. Fluorescência da clorofila em bananeiras submetidas a estresse hídrico em condições de casa de vegetação. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 8., 2014, Cruz das Almas, Ba. Pesquisa: despertando mentes para a inovação e transformando o futuro: [anais]. Cruz das Almas, BA, Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 9. | | PORTILHO, I. I. R.; PIEREZAN, L.; PAREDES JUNIOR, F. P.; MERCANTE, F. M. Efeito da queima de palhada da cana-de-açúcar em atributos microbiológicos do solo, em Mato Grosso do Sul. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2010. 1 CD-ROM. FERTBIO 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 13. | | ITO, M. A.; PAREDES JUNIOR, F. P.; COELHO JUNIOR, J. U.; GEISENHOFF, L. O. Soluções tecnológicas, PD&I e extensão rural na cadeia produtiva da olericultura. In: OFICINA DE CONSERTAÇÃO EM OLERICULTURA DE MATO GROSSO DO SUL, 1., 2017, Dourados. Cadeia da olericultura: prospecção de demandas em Mato Grosso do Sul. Dourados: Embrapa, 2019. p. 27-37Editado por: Carmen Regina Pezarico, Marcio Akira Ito, Auro Akio Otsubo| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 14. | | PORTILHO, I. I. R.; SILVA, A. O. da; PAREDES JUNIOR, F. P.; SILVA, C. J. da; MERCANTE, F. M. Atributos microbiológicos do solo em cultivos de pinhão-manso consorciados com diferentes espécies vegetais. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa: SBCS, 2012. Fertbio. Organizado por Leila Cruz da Silva, Gilson Moura Filho, Adriano Barboza Moura, Abel Washington de Albuquerque. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 17. | | COSTA JÚNIOR, F. P. da; SANTOS, D. P. dos; SILVA, M. N. B. da; BRITO NETO, J. F. Efeito de compostos orgânicos sob as características fenológicas do feijão faveta cultivado em anos subsequentes em Remígio-PB. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28., REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12., SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10., REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina, PR. Desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais... Londrina: SBCS: Embrapa Soja, 2008. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 18. | | AGUIAR, S. A.; FANCELLI, M.; MASCARENHAS JUNIOR, F. P.; COELHO FILHO, M. A.; MICHELI, F. F. L.; GESTEIRA, A. da S.; SOARES FILHO, W. dos S. Análise proteômica de folhas de genótipos de citros infestadas por Diaphorina citri. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 8., 2014, Cruz das Almas, Ba. Pesquisa: despertando mentes para a inovação e transformando o futuro : [anais]. Cruz das Almas, BA, Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 19. | | CASTRO JUNIOR, F. P. de; MARTINS, W. F. S.; LUCENA FILHO, M. L. de; ALMEIDA, R. P. de; BESERRA, E. B. Ciclos de vida comparados de Aedes aegypti (Diptera, Culicidae) do semiárido da Paraíba. Iheringia, Série Zoologia, Porto Alegre, v.103, n. 2, p.118-123, jun. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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| 20. | | SANTOS, D. P. dos; COSTA JÚNIOR, F. P. da; SILVA, M. N. B. da; BRITO NETO, J. F. de; SANTOS, J. B. dos. Características produtivas do feijoeiro cultivado em função de diferentes compostos orgânicos. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28., REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12., SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10., REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina, PR. Desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais... Londrina: SBCS: Embrapa Soja, 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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