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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
16/01/2014 |
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Data da última atualização: |
09/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PORTO-NETO, L. R.; SONSTEGARD, T. S.; LIU, G. E.; BICKHART, D. M.; SILVA, M. V. G. B.; MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; GARCIA, J. F.; GONDRO, C.; VAN TASSELL, C. P. |
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Afiliação: |
LAERCIO R. PORTO-NETO, UNIVERSITY OF QUEENSLAND; TAD S. SONSTEGARD, USDA; GEORGE E. LIU, USDA; DEREK M. BICKHART, USDA; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; YURI T. UTSUNOMIYA, UNESP; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; CEDRIC GONDRO, UNIVERSITY OF NEW ENGLAND; CURTIS P. VAN TASSELL, USDA. |
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Título: |
Genomic divergence of zebu and taurine cattle identified through high-density SNP genotyping. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 14, article 876, 2013. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-876 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Disponível em: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/876 |
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Conteúdo: |
Background - Natural selection has molded evolution across all taxa. At an arguable date of around 330,000 years ago there were already at least two different types of cattle that became ancestors of nearly all modern cattle, the Bos taurus taurus more adapted to temperate climates and the tropically adapted Bos taurus indicus. After domestication, human selection exponentially intensified these differences. To better understand the genetic differences between these subspecies and detect genomic regions potentially under divergent selection, animals from the International Bovine HapMap Experiment were genotyped for over 770,000 SNP across the genome and compared using smoothed FST. The taurine sample was represented by ten breeds and the contrasting zebu cohort by three breeds. Results - Each cattle group evidenced similar numbers of polymorphic markers well distributed across the genome. Principal components analyses and unsupervised clustering confirmed the well-characterized main division of domestic cattle. The top 1% smoothed FST, potentially associated to positive selection, contained 48 genomic regions across 17 chromosomes. Nearly half of the top FST signals (n = 22) were previously detected using a lower density SNP assay. Amongst the strongest signals were the BTA7:~50 Mb and BTA14:~25 Mb; both regions harboring candidate genes and different patterns of linkage disequilibrium that potentially represent intrinsic differences between cattle types. The bottom 1% of the smoothed FST values, potentially associated to balancing selection, included 24 regions across 13 chromosomes. These regions often overlap with copy number variants, including the highly variable region at BTA23:~24 Mb that harbors a large number of MHC genes. Under these regions, 318 unique Ensembl genes are annotated with a significant overrepresentation of immune related pathways. Conclusions - Genomic regions that are potentially linked to purifying or balancing selection processes in domestic cattle were identified. These regions are of particular interest to understand the natural and human selective pressures to which these subspecies were exposed to and how the genetic background of these populations evolved in response to environmental challenges and human manipulation. MenosBackground - Natural selection has molded evolution across all taxa. At an arguable date of around 330,000 years ago there were already at least two different types of cattle that became ancestors of nearly all modern cattle, the Bos taurus taurus more adapted to temperate climates and the tropically adapted Bos taurus indicus. After domestication, human selection exponentially intensified these differences. To better understand the genetic differences between these subspecies and detect genomic regions potentially under divergent selection, animals from the International Bovine HapMap Experiment were genotyped for over 770,000 SNP across the genome and compared using smoothed FST. The taurine sample was represented by ten breeds and the contrasting zebu cohort by three breeds. Results - Each cattle group evidenced similar numbers of polymorphic markers well distributed across the genome. Principal components analyses and unsupervised clustering confirmed the well-characterized main division of domestic cattle. The top 1% smoothed FST, potentially associated to positive selection, contained 48 genomic regions across 17 chromosomes. Nearly half of the top FST signals (n = 22) were previously detected using a lower density SNP assay. Amongst the strongest signals were the BTA7:~50 Mb and BTA14:~25 Mb; both regions harboring candidate genes and different patterns of linkage disequilibrium that potentially represent intrinsic differences between cattle types. The bottom 1% of th... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bovinos; FST. |
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Thesagro: |
Seleção. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/976438/1/Genomic-divergence-of-zebu-and-taurine-cattle.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| 241. |  | GUSMAO, M. R.; ALVES, T. C.; LEMES, A. P.; COARACY, G. M. B.; PEDROSO, A. de F.; BARIONI JUNIOR, W.; OLIVEIRA, P. P. A.; GREGO, C. R. Sodium fluorescein as an internal tracer on the location of bovine urine patches in pastures. Grass and Forage Science, v.29, p. 1-10, april 2015. 10p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 242. | | SOUZA, G. N. de; GREGO, C. R.; CARVALHO, G. L. O. DE; HOTT, M. C.; SILVA, M. R.; BRUNO, A. F.; OZORIO, R. S. Spatial evaluation of milk quality indicators in the micro region of Ji-Paraná, Rondonia, 2011. In: Simpósio Embrapa LabEx EUA de Sanidade Animal, 2., 2012, Brasília. Proceedings... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012 p. 18| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 243. | | SOUZA, G. N. de; GREGO, C. R.; CARVALHO, G. L. O. DE; HOTT, M. C.; SILVA, M. R.; BRUNO, A. F.; OZORIO, R. S.; HYLARIO, S. M. Spatial evaluation of milk quality indicators in the micro region of Ji-Paraná, Rondonia, 2011. In: Simpósio Embrapa LabEx EUA de Sanidade Animal, 2., 2012, Brasília. Proceedings... Brasília: Embrapa Estudos e Capacitação, 2012 p. 19| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 244. | | ANDRADE, R. G.; BERNARDI, A. C. de C.; GREGO, C. R.; INAMASU, R. Y.; RABELLO, L. M.; VAZ, C. M. P. Spatial variability of crop and soil properties in a crop-livestock integrated system. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON PRECISION AGRICULTURE, 10., 2010. Denver, CO. Anais... Denver, CO: Colorado State: IPNI: FAR, 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 245. | | ABREU, U. G. P. de; FASIABEN, M. do C. R.; GREGO, C. R.; GOMES, E. G.; ALMEIDA, M. M. T. B.; OLIVEIRA, O. C. Typology of stocking rate to grazing systems for beef cattle in the Brazilian biomes. In: JORNADA NESPRO, 8.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE SISTEMAS DE PRODUÇÃO DE BOVINOS DE CORTE, 1., 2013, Porto Alegre. A vez da inovação na pecuária de corte: livro de resumos. Rio de Janeiro: IBGE, 2013. p. 47. Resumo n. 40. Nespro.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 246. | | ABREU, U. G. P. de; FASIABEN, M. do C. R.; GREGO, C. R.; GOMES, E. G.; ALMEIDA, M. M. T. B.; OLIVEIRA, O. C. Typology of stocking rate to grazing systems for beef cattle in the Brazilian biomes. In: JORNADA NESPRO, 8.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL SOBRE SISTEMAS DE PRODUÇÃO DE BOVINOS DE CORTE, 1., 2013, Porto Alegre. A vez da inovação na pecuária de corte: livro de resumos. Rio de Janeiro: IBGE, 2013. p. 47. Resumo n. 40. Nespro.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 248. | | SANTOS, F. M.; SILVA, R. B. da; CAVALINI, R. M.; SILVA, I. K. S. da; GREGO, C. R.; TURETTA, A. P.; BALIEIRO, F. de C.; CHAER, G. M. Variabilidade espacial da densidade do solo e dos estoques de carbono em um planossolo submetido a arações e gradagens sucessivas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32.; 2 a 7 da agosto de 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bionergia: perspectivas e desafios: trabalhos científicos.... Fortaleza: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2009. 05p| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 249. | | MANJOLIN, R. C.; GREGO, C. R.; NOGUEIRA, S. F.; BARIONI, L. G.; SILVA, G. B. S. da; SANTOS, P. M.; PEZZOPANE, J. R. M. Variabilidade espacial da disponibilidade de forragem em sistemas de pastejo nas estações chuvosa e seca. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 14., 2018, Campinas. Resumos expandidos... Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 88-93. (Embrapa Informática Agropecuária. Eventos técnicos & científicos, 1). Editores técnicos: Carla Geovana do Nascimento Macário, Carla Cristiane Osawa, Flávia Bussaglia Fiorini, Maria Fernanda Moura, Poliana Fernanda Giachetto.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 250. | | GREGO, C. R.; SANTOS, F. M.; SILVA, R. B. da; CAVALINI, R. M.; SILVA, I. K. S. da; TURETTA, A. P.; BALIEIRO, F. de C.; CHAER, G. M. Variablilidade espacial da densidade do solo e dos estoques de carbono em Planossolo submetido a arações e gradagens sucessivas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 32., 2009, Fortaleza. O solo e a produção de bioenergia: perspectivas e desafios. Fortaleza: UFC: SBCS, 2009. 5 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 251. | | DIAS, J. A.; PACHECO, I. F.; GREGO, C. R.; CRUZ, P. G. da; MARTINS, D. N.; SILVA, J. das D. B. da; OLIVEIRA, A. M. de; RODRIGUES, K. C. L. Avaliação espacial da composição química do leite cru refrigerado de três microrregiões do estado de Rondônia. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE PECUÁRIA LEITEIRA DA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 1., 2019, Rio Branco, AC. Anais... Rio Branco, AC: Edufac, 2019. p. 34-35.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 252. | | DIAS, J. A.; PACHECO, I. F.; GREGO, C. R.; CRUZ, P. G. da; MARTINS, D. N.; SILVA, J. das D. B. da; OLIVEIRA, A. M. de; RODRIGUES, K. C. L. Avaliação espacial da composição química do leite cru refrigerado de três microrregiões do estado de Rondônia. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE PECUÁRIA LEITEIRA DA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 1., 2019, Rio Branco, AC. Anais... Rio Branco, AC: Edufac, 2019. p. 34-35.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| Biblioteca(s): Embrapa Instrumentação. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 260. | | NOGUEIRA, S. F.; SILVA, G. B. S. da; ADAMI, M.; SANTOS, P. M.; PEZZOPANE, J. R. M.; NUÑEZ, D.; GREGO, C. R.; TEIXEIRA, A. H.; SKAKUN, S.; ROLISOLA, I. Estimating forage mass of a crop-livestock system (icl) using satellite images and climate data. In: WORLD CONGRESS ON INTEGRATED CROP-LIVESTOCK-FORESTRY SYSTEMS: 100% DIGITAL, 2., 2021. WCCLF 2021 proceedings. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2021. p.804-809.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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