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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com rosangela.lacerda@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
19/12/2018 |
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Data da última atualização: |
24/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FONSECA, P. A. S.; LEAL, T. P.; SANTOS, F. C.; GOUVEIA, M. H.; ID-LAHOUCINE, S.; ROSSE, I. C.; VENTURA, R. V.; BRUNELI, F. A. T.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; TARAZONA-SANTOS, E.; CARVALHO, M. R. S. |
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Afiliação: |
PABLO A. S. FONSECA, UFMG; THIAGO P. LEAL, UFMG; FERNANDA C. SANTOS, UFMG; MATEUS H. GOUVEIA, UFMG; SAMIR ID-LAHOUCINE, University of Guelph, Guelph, Canada; IZINARA C. ROSSE, UFMG; RICARDO V. VENTURA, University of Guelph, Guelph, Canada; Beef Improvement Opportunities, Guelph, Canada; FRANK ANGELO TOMITA BRUNELI, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARIA GABRIELA CAMPOLINA D PEIXOTO, CNPGL; EDUARDO TARAZONA?SANTOS, UFMG; MARIA RAQUEL S. CARVALHO, UFMG. |
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Título: |
Reducing cryptic relatedness in genomic data sets via a central node exclusion algorithm. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Ecology Resources, v. 18, n. 3, 2018. |
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DOI: |
10.1111/1755-0998.12746 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact the genomic inflation values in genomewide association studies. The use of the node selection algorithm also implies better selection of the most central individuals to be removed, providing a more representative sample. MenosAbstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact t... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bovine; Cryptic relatedness; Genetic diversity; Population genetic structure. |
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Thesaurus Nal: |
Inbreeding. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
LEADER 02671naa a2200325 a 4500
001 2102041
005 2023-01-24
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520 $aAbstract Cryptic relatedness is a confounding factor in genetic diversity and genetic association studies. Development of strategies to reduce cryptic relatedness in a sample is a crucial step for downstream genetic analyses. This study uses a node selection algorithm, based on network degrees of centrality, to evaluate its applicability and impact on evaluation of genetic diversity and population stratification. 1,036 Guzerá (Bos indicus) females were genotyped using Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip. Four strategies were compared. The first and second strategies consist on a iterative exclusion of most related individuals based on PLINK kinship coefficient (φij) and VanRaden's φij, respectively. The third and fourth strategies were based on a node selection algorithm. The fourth strategy, Network G matrix, preserved the larger number of individuals with a better diversity and representation from the initial sample. Determining the most probable number of populations was directly affected by the kinship metric. Network G matrix was the better strategy for reducing relatedness due to producing a larger sample, with more distant individuals, a more similar distribution when compared with the full data set in the MDS plots and keeping a better representation of the population structure. Resampling strategies using VanRaden's φij as a relationship metric was better to infer the relationships among individuals. Moreover, the resampling strategies directly impact the genomic inflation values in genomewide association studies. The use of the node selection algorithm also implies better selection of the most central individuals to be removed, providing a more representative sample.
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773 $tMolecular Ecology Resources$gv. 18, n. 3, 2018.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 48 | |
| 1. |  | GUIMARÃES, M. J. M.; SIMÕES, W. L.; COELHO FILHO, M. A.; GOMES JUNIOR, F. de A. Análise biométrica do pinhão manso (Jatropha curcas L.) consorciado com girassol e amendoim. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DO RECÔNCAVO DA BAHIA, 3.; SEMINÁRIO ESTUDANTIL DE PESQUISA DA UFRB, 3.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA UFRB, 3., 2009, Cruz das Almas. Evolução do conhecimento e o desenvolvimento social: [resumos...]. Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 5. | | GUIMARÃES, M. J. M.; GOMES JUNIOR, F. de A.; OLIVEIRA, U. da S.; XAVIER, C. S.; COELHO FILHO, M. A. Área foliar de bananeira (MUSA SPP): uma comparação de métodos. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECONCITEC, 2., 2012, Cruz das Almas. Energias Renováveis, Educação, Tecnologia e Sociedade. Cruz das Almas, BA: UFRB, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 7. | | RIBEIRO, R. N. da S.; COELHO FILHO, M. A.; ROCHA, J. da S.; GOMES JUNIOR, F. de A. Avaliação dos teores de matéria seca e amido em aipim irrigado pelo método da balança hidrostática. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECONCITEC, 2., 2012, Cruz das Almas. Energias Renováveis, Educação, Tecnologia e Sociedade. Cruz das Almas, BA: UFRB, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 9. | | GOMES JUNIOR, F. de A.; COUTO, J. P. C.; SILVA, N. D. da; COELHO FILHO, M. A. Estimativa do Índice de Área Foliar (IAF) em diferentes variedades de mandioca a partir de modelos matemáticos, ceptômetro (ACU-PAR LP-80) e software de tratamento de imagens (Image J). In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 9., 2015: Cruz das Almas, BA. Pesquisa: para quê? para quem? : resumos. Brasília, DF : Embrapa, 2015.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 10. | | GUIMARÃES, M. J. M.; COELHO FILHO, M. A.; GOMES JUNIOR, F. de A.; SILVA, A. O.; OLIVEIRA, U. da S. Estimativa do índice de área foliar em pomar de mamoeiro pelo método Iaf Lux. In: CONGRESSO NACIONAL DE IRRIGAÇÃO E DRENAGEM, 23., 2013, Luís Eduardo Magalhães, BA. Evolução e Tecnologia na Irrigação: anais... Luís Eduardo Magalhães: ABID, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 11. | | ROCHA, J. da S.; COELHO FILHO, M. A.; LEDO, C. A. da S.; SANTOS, V. da S.; RIBEIRO, R. N. da S.; GOMES JUNIOR, F. de A. Avaliação de clones de mandioca mansa sob condições de sequeiro e irrigado. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 14.; FEIRA BRASILEIRA DA MANDIOCA, 1., 2011, Maceió. Mandioca: fonte de alimento e energia: anais. Maceió: ABAM: SBM, 2011. 1 CD ROM. Melhoramento genético. Resumo 119.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 13. | | ROCHA, J. da S.; SANTOS, V. da S.; COELHO FILHO, M. A.; GOMES JUNIOR, F. de A.; RIBEIRO, R. N. da S. Avaliação de clones de mandioca de mesa sob irrigação e em condições de sequeiro. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECONCITEC, 2., 2012, Cruz das Almas. Energias Renováveis, Educação, Tecnologia e Sociedade. Cruz das Almas, BA: UFRB, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 14. | | GOMES JUNIOR, F. de A.; COELHO FILHO, M. A.; SILVA, T. S. M. da; COELHO, E. F.; OLIVEIRA, V. V. M. de; MACHADO, E. S. Avaliação de dados de clorofila em mandioca utilizando lâminas de irrigação. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DO RECÔNCAVO DA BAHIA, 2.; SEMINÁRIO ESTUDANTIL DE PESQUISA DA UFRB, 2.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA UFRB, 2., 2008, Cruz das Almas, BA. Sustentabilidade ambiental e qualidade de vida. Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 15. | | GOMES JUNIOR, F. de A.; COELHO FILHO, M. A.; SILVA, T. S. M. da; COELHO, E. F.; OLIVEIRA, V. V. M. de; MACHADO, E. S. Avaliação de dados porométricos em mandioca em condições irrigadas. In: SEMINÁRIO DE PESQUISA DO RECÔNCAVO DA BAHIA, 2.; SEMINÁRIO ESTUDANTIL DE PESQUISA DA UFRB, 2.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO DA UFRB, 2., 2008, Cruz das Almas, BA. Sustentabilidade ambiental e qualidade de vida. Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 16. | | GOMES JUNIOR, F. de A.; OLIVEIRA, V. V. M. de; COELHO FILHO, M. A.; GUIMARÃES, M. L J. M.; COELHO, E. F.; SAMPAIO, A. H. R. Análise de modelo simplificado para estimar fluxo de seiva de plantas de Lima ácida 'Tahiti' no Semiárido Baiano. In: REUNIÃO ANUAL DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA, INOVAÇÃO E CULTURA NO RECÔNCAVO DA BAHIA - RECITEC RECÔNCAVO. 1., 2011, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, 2011. 1 CD-ROM. 2 p. Em paralelo aconteceram também os seguintes eventos: V Seminário de Pesquisa do Recôncavo da Bahia; V Seminário Estudantil de Pesquisa da UFRB; V Seminário da Pós-Graduação da UFRB; II Seminário Regional de Pesquisa da EBDA; 5ª Jornada...| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 17. | | GOMES JÚNIOR, F. de A.; COELHO FILHO, M. A.; NASCIMENTO, J. M. O. do; OLIVEIRA, V. V. M. de; SILVA, T. S. M. da. Avaliação de produtividade clorofila e porometria de três variedades de mandioca em condições distintas de déficit hídrico. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENGENHARIA AGRÍCOLA, 29.; CONGRESSO LATINOAMERICANO Y DEL CARIBE DE INGENIERÍA AGRÍCOLA, 9, 2010, Vitória, ES. A engenharia agrícola e o desenvolvimento das pequenas propriedades rurais. Anais... Vitória: CONBEA, 2010. 1 CD ROM. pdf TC0796.3| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 18. | | GOMES JUNIOR, F. de A.; COELHO FILHO, M. A.; NASCIMENTO, J. M. O. do; OLIVEIRA, V. V. M. de; GUIMARÃES, M. J. M.; SILVA, T. S. M. da. Avaliação de produtividade massa seca e área foliar de três variedades de mandioca em condições distintas de déficit hídrico. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 4., 2010, Cruz das Almas. [Anais...]. Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2010. (Embrapa Mandioca e Fruticultura. Documentos, 190). 1 CD-ROM. PDF. 073.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | OLIVEIRA, V. V. M. de; COELHO FILHO, M. A.; SILVA, T. S. M. da; COELHO, E. F.; GOMES JÚNIOR, F. de A.; MACHADO, E. S. Avaliação do manejo de irrigação com irrigação parcial e alternada de sistema radicular de mangueira em semi-árido baiano. In: SIMPÓSIO BAIANO DE EDUCAÇÃO AMBIENTAL, 2., 2008, Cruz das Almas. Em busca do consumo racional e sustentável. Cruz das Almas: [SBEA], 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 20. | | GUIMARÃES, M. J. M.; COELHO FILHO, M. A.; OLIVEIRA, V. V. M. de; GOMES JUNIOR, F. de A.; XAVIER, C. S.; OLIVEIRA, U. da S. Avaliação de métodos destrutivos e não-destrutivos para a estimativa da área foliar de variedades de mandioca. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA, 4., 2010, Cruz das Almas. [Anais...]. Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura, 2010. (Embrapa Mandioca e Fruticultura. Documentos, 190). 1 CD-ROM. PDF. 032| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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