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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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Data corrente: |
06/03/2023 |
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Data da última atualização: |
01/09/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CASTRO, G. S.; SOUZA, T. F.; SILVA, G. F. da; PEDROSO, R. C. N.; MENEZES, K. S.; SOARES, M. A.; DIAS, G. M.; SANTOS, A. O.; YAMAGISHI, M. E. B.; FARIA, J. V.; JANUÁRIO, A. H.; KOOLEN, H. H. F. |
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Afiliação: |
GLEUCINEI S. CASTRO, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS; THIAGO F. SOUSA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS; GILVAN FERREIRA DA SILVA, CPAA; RITA C. N. PEDROSO, UNIVERSIDADE DE FRANCA; KELLY S. MENEZES, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS; MARCOS A. SOARES, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MATO GROSSO; GUSTAVO M. DIAS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ABC; ALINE O. SANTOS, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; JÉSSICA V. FARIA, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS; ANA H. JANUÁRIO, UNIVERSIDADE DE FRANCA; HECTOR H. F. KOOLEN, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS. |
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Título: |
Characterization of peptaibols produced by a marine strain of the fungus Trichoderma endophyticum via Mass Spectrometry, genome mining and phylogeny-based prediction. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Metabolites, v. 13, n. 2, 221, Feb. 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3390/metabo13020221 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract. Trichoderma is recognized as a prolific producer of nonribosomal peptides (NRPs) known as peptaibols, which have remarkable biological properties, such as antimicrobial and anticancer activities, as well as the ability to promote systemic resistance in plants against pathogens. In this study, the sequencing of 11-, 14- and 15-res peptaibols produced by a marine strain of Trichoderma isolated from the ascidian Botrylloides giganteus was performed via liquid chromatography coupled to high-resolution tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Identification, based on multilocus phylogeny, revealed that our isolate belongs to the species T. endophyticum, which has never been reported in marine environments. Through genome sequencing and genome mining, 53 biosynthetic gene clusters (BGCs) were identified as being related to bioactive natural products, including two NRP-synthetases: one responsible for the biosynthesis of 11- and 14-res peptaibols, and another for the biosynthesis of 15-res. Substrate prediction, based on phylogeny of the adenylation domains in combination with molecular networking, permitted extensive annotation of the mass spectra related to two new series of 15-res peptaibols, which are referred to herein as "endophytins". The analyses of synteny revealed that the origin of the 15-module peptaibol synthetase is related to 18, 19 and 20-module peptaibol synthetases, and suggests that the loss of modules may be a mechanism used by Trichoderma species for peptaibol diversification. This study demonstrates the importance of combining genome mining techniques, mass spectrometry analysis and molecular networks for the discovery of new natural products. MenosAbstract. Trichoderma is recognized as a prolific producer of nonribosomal peptides (NRPs) known as peptaibols, which have remarkable biological properties, such as antimicrobial and anticancer activities, as well as the ability to promote systemic resistance in plants against pathogens. In this study, the sequencing of 11-, 14- and 15-res peptaibols produced by a marine strain of Trichoderma isolated from the ascidian Botrylloides giganteus was performed via liquid chromatography coupled to high-resolution tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Identification, based on multilocus phylogeny, revealed that our isolate belongs to the species T. endophyticum, which has never been reported in marine environments. Through genome sequencing and genome mining, 53 biosynthetic gene clusters (BGCs) were identified as being related to bioactive natural products, including two NRP-synthetases: one responsible for the biosynthesis of 11- and 14-res peptaibols, and another for the biosynthesis of 15-res. Substrate prediction, based on phylogeny of the adenylation domains in combination with molecular networking, permitted extensive annotation of the mass spectra related to two new series of 15-res peptaibols, which are referred to herein as "endophytins". The analyses of synteny revealed that the origin of the 15-module peptaibol synthetase is related to 18, 19 and 20-module peptaibol synthetases, and suggests that the loss of modules may be a mechanism used by Trichoderma species for pept... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
De novo sequencing; Fungo marinho; Marine fungus; Molecular networking; Nonribosomal peptides; Peptídeos não ribossomais; Rede molecular; Synteny analysis; Tricoderma. |
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Thesagro: |
Peptídeo. |
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Thesaurus Nal: |
Hypocreaceae. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1152102/1/metabolites-13-00221-v2.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Ocidental (CPAA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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Data corrente: |
30/01/2013 |
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Data da última atualização: |
30/01/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SANTOS, T. A.; GOMES, T. C. de A.; LIMA, C. C. de. |
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Afiliação: |
TAMARA CLAUDIA DE ARAUJO GOMES, CPATC. |
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Título: |
Alterações em características químicas de amostras de compostos de bagaço de coco-verde resultantes do método de estocagem. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. Fertbio 2012. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Para fins de pesquisa científica, por vezes o armazenamento de amostras de composto orgânico se faz necessária. Para tanto, o conhecimento da eficiência do método de estocagem utilizado, quanto à preservação das características iniciais da amostra, é imprescindível. O presente trabalho teve por objetivo avaliar os efeitos de duas formas de estocagem, sobre suas características químicas originais de amostras de compostos de resíduos agroindustriais do coco-verde estocadas há seis anos. Os compostos utilizados foram obtidos a partir da mistura de bagaço de coco-verde com torta de filtro, esterco bovino e fosfato natural de Gafsa, umedecidas com soluções com concentrações crescentes de vinhaça (0, 50 e 75%). As amostras foram coletadas após 131 dias de compostagem e analisadas após seis anos de armazenamento em potes herméticos (secas a 65ºC) ou sob congelamento em freezer (a -20ºC). Foram determinadas o pH em CaCl2, carbono orgânico (CO), nitrogênio total, relação C:N e teor de cinzas das amostras. Os métodos de estocagem distintamente influenciaram as variáveis consideradas, embora não tenham mostrado efeito sobre o pH. Significativos efeitos foram observados sobre os teores de carbono orgânico erelação C:N e, em menor grau, sobre os de nitrogênio total e cinzas. Em amostras conservadas por seis anos, as duas formas de estocagem podem produzir resultados os quais sugerem a maior ou menor maturidade dos compostos (respectivamente, para amostras secas e congeladas) que aquela observada por ocasião da coleta das amostras. Os resultados deste estudo revelam a necessidade da avaliação temporal da eficiência dos métodos de forma a evitar os problemas detectados decorrentes da estocagem prolongada de amostras de composto orgânico. MenosPara fins de pesquisa científica, por vezes o armazenamento de amostras de composto orgânico se faz necessária. Para tanto, o conhecimento da eficiência do método de estocagem utilizado, quanto à preservação das características iniciais da amostra, é imprescindível. O presente trabalho teve por objetivo avaliar os efeitos de duas formas de estocagem, sobre suas características químicas originais de amostras de compostos de resíduos agroindustriais do coco-verde estocadas há seis anos. Os compostos utilizados foram obtidos a partir da mistura de bagaço de coco-verde com torta de filtro, esterco bovino e fosfato natural de Gafsa, umedecidas com soluções com concentrações crescentes de vinhaça (0, 50 e 75%). As amostras foram coletadas após 131 dias de compostagem e analisadas após seis anos de armazenamento em potes herméticos (secas a 65ºC) ou sob congelamento em freezer (a -20ºC). Foram determinadas o pH em CaCl2, carbono orgânico (CO), nitrogênio total, relação C:N e teor de cinzas das amostras. Os métodos de estocagem distintamente influenciaram as variáveis consideradas, embora não tenham mostrado efeito sobre o pH. Significativos efeitos foram observados sobre os teores de carbono orgânico erelação C:N e, em menor grau, sobre os de nitrogênio total e cinzas. Em amostras conservadas por seis anos, as duas formas de estocagem podem produzir resultados os quais sugerem a maior ou menor maturidade dos compostos (respectivamente, para amostras secas e congeladas) que aquela o... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Coconut. |
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Thesagro: |
Coco; Estocagem. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/75558/1/Alteracoes-em-caracteristicas.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. Fertbio 2012.$c2012
520 $aPara fins de pesquisa científica, por vezes o armazenamento de amostras de composto orgânico se faz necessária. Para tanto, o conhecimento da eficiência do método de estocagem utilizado, quanto à preservação das características iniciais da amostra, é imprescindível. O presente trabalho teve por objetivo avaliar os efeitos de duas formas de estocagem, sobre suas características químicas originais de amostras de compostos de resíduos agroindustriais do coco-verde estocadas há seis anos. Os compostos utilizados foram obtidos a partir da mistura de bagaço de coco-verde com torta de filtro, esterco bovino e fosfato natural de Gafsa, umedecidas com soluções com concentrações crescentes de vinhaça (0, 50 e 75%). As amostras foram coletadas após 131 dias de compostagem e analisadas após seis anos de armazenamento em potes herméticos (secas a 65ºC) ou sob congelamento em freezer (a -20ºC). Foram determinadas o pH em CaCl2, carbono orgânico (CO), nitrogênio total, relação C:N e teor de cinzas das amostras. Os métodos de estocagem distintamente influenciaram as variáveis consideradas, embora não tenham mostrado efeito sobre o pH. Significativos efeitos foram observados sobre os teores de carbono orgânico erelação C:N e, em menor grau, sobre os de nitrogênio total e cinzas. Em amostras conservadas por seis anos, as duas formas de estocagem podem produzir resultados os quais sugerem a maior ou menor maturidade dos compostos (respectivamente, para amostras secas e congeladas) que aquela observada por ocasião da coleta das amostras. Os resultados deste estudo revelam a necessidade da avaliação temporal da eficiência dos métodos de forma a evitar os problemas detectados decorrentes da estocagem prolongada de amostras de composto orgânico.
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650 $aEstocagem
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