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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
06/08/2008 |
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Data da última atualização: |
24/10/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, C.; MAZONI, I.; PELLIGRINELLI, T.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
Roberto Coiti Togawa, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Cristina Ribeiro, UFMG; Ivan Mazoni, Embrapa Informação Tecnógica; Thais Vital Pelligrinelli, Embrapa Informação Tecnógica; José Gilberto Jardine, Embrapa Informação Tecnógica; Goran Neshich, Embrapa Informação Tecnógica. |
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Título: |
The table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
BIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08 |
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Conteúdo: |
We propose a novel method for defining the exclusive and exhaustive table of serine proteases specificity determining interface forming residues (IFR). The IFR are obtained by "hard body docking" among 73 structurally aligned, sequence wise non redundant, serine protease structures, with 3 inhibitors: ecotine, ovomucoid third domain inhibitor and basic pancreatic trypsin inhibitors. In silico constructed complexes offered a condition for determining which residues are participating, from both enzyme and inhibitor side, in the ensemble of amino acids that upon biding loose contact with a solvent. Our focus is on offering a thorough study on how the specificity is achieved among serine proteases even though they have very little difference in their tertiary structure (specifically if the position of catalytic triad residues is considered). Presented table of serine protease specificity based on IFR position occupation show clear variations among sub families such as: trypsines, chymotrypsines, elastases and thrombines. |
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Palavras-Chave: |
Aminoácidos; Enzyme specificity; Especificidade enzimática; Hard body docking; Interface formando resíduos; Interface forming residues; Proteases de serina. |
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Thesagro: |
Enzima. |
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Thesaurus Nal: |
Enzymes; Serine proteinases. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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005 2022-10-24
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245 $aThe table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors.$h[electronic resource]
260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817.$c2008
500 $aBIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08
520 $aWe propose a novel method for defining the exclusive and exhaustive table of serine proteases specificity determining interface forming residues (IFR). The IFR are obtained by "hard body docking" among 73 structurally aligned, sequence wise non redundant, serine protease structures, with 3 inhibitors: ecotine, ovomucoid third domain inhibitor and basic pancreatic trypsin inhibitors. In silico constructed complexes offered a condition for determining which residues are participating, from both enzyme and inhibitor side, in the ensemble of amino acids that upon biding loose contact with a solvent. Our focus is on offering a thorough study on how the specificity is achieved among serine proteases even though they have very little difference in their tertiary structure (specifically if the position of catalytic triad residues is considered). Presented table of serine protease specificity based on IFR position occupation show clear variations among sub families such as: trypsines, chymotrypsines, elastases and thrombines.
650 $aEnzymes
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653 $aInterface forming residues
653 $aProteases de serina
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700 1 $aPELLIGRINELLI, T.
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700 1 $aNESHICH, G.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 12 | |
| 2. |  | ZAGANINI, R. L.; HASHIMOTO, D. T.; PEREIRA, L. H. G.; OLIVEIRA, C.; FORESTI, F.; BORTOLOZZI, J.; PORTO-FORESTI, F. Variabilidade genética de duas populações de Astyanax altiparanae da bacia do alto rio Paraná. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 5., 2012, Palmas. Unir, consolidar e avançar: anais. Palmas: AQUABIO, 2012. 1 CD-ROM. Organizado por: Sílvio Ricardo Maurano; AQUACIÊNCIA 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 3. | | SENHORINI, J. A.; ROCHA, R. de C. G. de A.; OLIVEIRA, D. J. de; PONZETTO, J. M.; FORESTI, F.; HASHIMOTO, D. T.; PORTO-FORESTI, F. Reprodução induzida e criação de larvas de híbridos interespecíficos e intragenérico da ordem siluriforme (Pisces). In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 5., 2012, Palmas. Unir, consolidar e avançar: anais. Palmas: AQUABIO, 2012. 1 CD-ROM. Organizado por: Sílvio Ricardo Maurano; AQUACIÊNCIA 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 4. | | MARTINEZ, E. R. M.; ALVES, A. L.; SILVEIRA, S. M.; FORESTI, F.; OLIVEIRA, C. Cytogenetic analysis in the incertae sedis species Astyanax altiparanae Garutti and Britzki, 2000 and Hyphessobrycon eques Steindachner, 1882 (Characiformes, Characidae) from the upper Paraná river basin. Comparative Cytogenetics, Sofia, v. 6, n. 1, p. 41-51, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 5. | | ALVES, A. L.; BORBA, R. S. de; OLIVEIRA, C.; NIRCHIO, M.; GRANADO, A.; FORESTI, F. Karyotypic diversity and evolutionary trends in the Neotropical catfish genus Hypostomus Lacépède, 1803 (Teleostei, Siluriformes, Loricariidae). Comparative Cytogenetics, Sofia, v. 6, n. 4, p. 443-452, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 6. | | ALVES, A. L.; BORBA, R. S. de; POZZOBON, A. P.; OLIVEIRA, C.; NIRCHIO, M.; FORESTI, F. Localization of 18S ribosomal genes in suckermouth armoured catfishes Loricariidae (Teleostei, Siluriformes) with discussion on the Ag-NOR evolution. Comparative Cytogenetics, Sofia, v. 6, n. 3, p. 315-321, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 7. | | HASHIMOTO, D. T.; TARDIVO, T. F.; VARELA, E. S.; GANECO, L. N.; ALVES, A. L.; PORTO-FORESTI, F. Monitoramento genético dos estoques de reprodutores de peixes cultivados em uma piscicultura do Tocantins. In: CONGRESSO DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 5., 2012, Palmas. Unir, consolidar e avançar: anais. Palmas: AQUABIO, 2012. 1 CD-ROM. Organizado por: Sílvio Ricardo Maurano; AQUACIÊNCIA 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 8. | | LOBO, C. M. de O.; PORTO-FORESTI, F.; MOURÃO, A. A. de F.; TORREZAN, R.; FURTADO, A. A. L.; MÁRSICO, E. T. Avaliação da técnica de PCR-Multiplex para detecção de peixes híbridos do gênero Pseudoplatystoma em conservas de pescado. In: SIMPÓSIO EM CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 4., 2012, João Pessoa. Trabalhos... João Pessoa: SBCTA-PB, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 9. | | PORTO-FORESTI, F.; LOBO, C. M. de O.; PRADO, F. D. do; TORREZAN, R.; FURTADO, A. A. L. de; CONTE JUNIOR, C. A.; MÁRSICO, E. T. Molecular identification of pseudoplatystoma sp. fish fillets by multiplex PCR. Vigilância Sanitária em Debate: sociedade, ciência e tecnologia, v. 2, n. 3, p. 64-70, 2014. título em português: Identificação molecular de filés de peixe pseudoplatystoma sp. por PCR multiplex.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 10. | | LOBO, C. M. de O.; PORTO-FORESTI, F.; PRADO, F. D. do; TORREZAN, R.; FURTADO, A. A. L.; MÁRSICO, E. T. Identificação molecular de filés de pescado do gênero Pseudoplatystoma baseada na técnica de PCR-Multiplex. In: SIMPÓSIO EM CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 4., 2012, João Pessoa. Trabalhos... João Pessoa: SBCTA-PB, 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 11. | | TABATA, Y. A.; FORESTI, F.; HATTORI, R. S.; YOSHINAGA, T. T.; BUTZGE, A. J.; ARAÚJO JÚNIOR, N. T. de; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Generation and genetic analysis of a rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) clonal line produced by gynogenesis. Aquaculture Reports, v. 36, 102032, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | NASCIMENTO, F. L.; OLIVEIRA, M. D. de; LARA, J. A. F. de; FORESTI, F.; VENTURA, A. S.; SATAKE, F.; PÁDUA, S. B. de; JERÔNIMO, G. T.; ISHIKAWA, M. M. Avaliação da produtividade do cultivo de cachara (Pseudoplatystoma fasciatum) em tanques-rede no Pantanal. Corumbá : Embrapa Pantanal, 2013. 21 p. (Embrapa Pantanal. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 122).| Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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