| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|
Data corrente: |
04/05/2021 |
|
Data da última atualização: |
25/04/2024 |
|
Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
|
Autoria: |
LEMOS, V. N. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; RECH FILHO, E. L.; GRYNBERG, P. |
|
Afiliação: |
VINÍCIUS NATTAN SILVA LEMOS; ROBERTO COITI TOGAWA, CENARGEN; MARCOS MOTA DO CARMO COSTA, CENARGEN; ELIBIO LEOPOLDO RECH FILHO, CENARGEN; PRISCILA GRYNBERG, CENARGEN. |
|
Título: |
Combinação de abordagens de análises de novo e guiadas pelo genoma para explorar dados de RNA-Seq de sementes oleaginosas para anotação de vias de ácidos graxos. |
|
Título original: |
Analysis of the de novo and genome-guided approaches in combination to explore RNA-Seq data from oilseeds for fatty acid pathways annotation. |
|
Ano de publicação: |
2021 |
|
Fonte/Imprenta: |
Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2021. |
|
Páginas: |
33 p. |
|
Série: |
(Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletem de Pesquisa e Desenvolvimento, 369.) |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Elaeis guineensis (dendê), Jatropha curcas (pinhão-manso) e Ricinus communis (mamona) produzem ácidos graxos que podem ser utilizados como fonte renovável na matriz energética, apresentando um grande potencial biotecnológico para as indústrias da área. O objetivo deste trabalho foi identificar transcritos relacionados com a síntese de ácidos graxos e inferir a sua presença em vias metabólicas. Para isso, o RNA total de sementes destas três espécies foi extraído e sequenciado. Os transcritomas foram montados utilizando abordagens de novo e guiados pelo genoma e filtrados com o programa Evidential Gene para a obtenção de resultados robustos. Uma base de dados contendo 527 sequências de 170 códigos de enzimas únicos de 12 vias de metabolismo de ácidos graxos foi gerada. Um total de 152, 156 e 150 transcritos de E. guineensis, J. curcas e R. communis referentes às proteínas pertencentes à 12 vias de metabolismo de ácidos graxos foram encontradas respectivamente, sendo 135 em comum. Os resultados ainda sugerem que há proteínas com expressão tecido-específicos pois 23, 6 e 11 proteínas de interesse de E. guineensis, J. curcas e R. communis não foram encontradas nos transcritomas, respectivamente. A estratégia desenvolvida neste trabalho mostrou ser eficiente para a mineração de dados de interesse em dados de RNA-Seq com baixa cobertura pois o uso de diferentes programas de montagem potencializou a identificação das proteínas. |
|
Palavras-Chave: |
Pinhão-manso; RNA-Seq; Vias metabólicas. |
|
Thesagro: |
Dendê; Elaeis Guineensis; Jatropha Curcas; Mamona; Ricinus Communis. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/223039/1/Boletim-rnaseq-369-finalabril1.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02587nam a2200289 a 4500
001 2131672
005 2024-04-25
008 2021 bl uuuu u0uu1 u #d
100 1 $aLEMOS, V. N. S.
240 $aAnalysis of the de novo and genome-guided approaches in combination to explore RNA-Seq data from oilseeds for fatty acid pathways annotation.
245 $aCombinação de abordagens de análises de novo e guiadas pelo genoma para explorar dados de RNA-Seq de sementes oleaginosas para anotação de vias de ácidos graxos.$h[electronic resource]
260 $aBrasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia$c2021
300 $a33 p.
490 $a(Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletem de Pesquisa e Desenvolvimento, 369.)
520 $aElaeis guineensis (dendê), Jatropha curcas (pinhão-manso) e Ricinus communis (mamona) produzem ácidos graxos que podem ser utilizados como fonte renovável na matriz energética, apresentando um grande potencial biotecnológico para as indústrias da área. O objetivo deste trabalho foi identificar transcritos relacionados com a síntese de ácidos graxos e inferir a sua presença em vias metabólicas. Para isso, o RNA total de sementes destas três espécies foi extraído e sequenciado. Os transcritomas foram montados utilizando abordagens de novo e guiados pelo genoma e filtrados com o programa Evidential Gene para a obtenção de resultados robustos. Uma base de dados contendo 527 sequências de 170 códigos de enzimas únicos de 12 vias de metabolismo de ácidos graxos foi gerada. Um total de 152, 156 e 150 transcritos de E. guineensis, J. curcas e R. communis referentes às proteínas pertencentes à 12 vias de metabolismo de ácidos graxos foram encontradas respectivamente, sendo 135 em comum. Os resultados ainda sugerem que há proteínas com expressão tecido-específicos pois 23, 6 e 11 proteínas de interesse de E. guineensis, J. curcas e R. communis não foram encontradas nos transcritomas, respectivamente. A estratégia desenvolvida neste trabalho mostrou ser eficiente para a mineração de dados de interesse em dados de RNA-Seq com baixa cobertura pois o uso de diferentes programas de montagem potencializou a identificação das proteínas.
650 $aDendê
650 $aElaeis Guineensis
650 $aJatropha Curcas
650 $aMamona
650 $aRicinus Communis
653 $aPinhão-manso
653 $aRNA-Seq
653 $aVias metabólicas
700 1 $aTOGAWA, R. C.
700 1 $aCOSTA, M. M. do C.
700 1 $aRECH FILHO, E. L.
700 1 $aGRYNBERG, P.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
|
Data corrente: |
06/03/2017 |
|
Data da última atualização: |
27/04/2023 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
BARCELOS, R. A.; BARBOSA, E. T.; FERRO, D. D. X.; GERALDINE, A. M.; GOMES, K. G.; FERREIRA, E. P. de B.; LOBO JUNIOR, M. |
|
Afiliação: |
RILDANIA ABADIA BARCELOS, pós-graduação UFG; ELDER TADEU BARBOSA, CNPAF; DANIELA DAMASCENO XAVIER FERRO; ALAERSON MAIA GERALDINE, INSTITUTO FEDERAL GOIANO, Rio Verde-GO; KARLA GUEDES GOMES, UNI-ANHANGUERA; ENDERSON PETRONIO DE BRITO FERREIRA, CNPAF; MURILLO LOBO JUNIOR, CNPAF. |
|
Título: |
Diversidade funcional da microbiota do solo e populações de Fusarium spp., Trichoderma spp. e Rhizoctonia solani na produção de feijão-comum. |
|
Ano de publicação: |
2016 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 10., 2016, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão, 2016. |
|
Páginas: |
p. 94. |
|
Série: |
(Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 311). |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi analisar os efeitos de sistemas de produção e de plantas de cobertura sobre a diversidade funcional da comunidade bacteriana do solo, populações de Fusarium oxysporum, F. solani, Trichoderma spp. e Rhizoctonia solani e relações entre estas variáveis, em cultivo orgânico de feijão-comum (Phaseolus vulgaris L.) cv. Pérola. |
|
Thesagro: |
Feijão; Fusarium; Phaseolus vulgaris; Rhizoctonia solani; Trichoderma. |
|
Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/157143/1/p94.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 01322nam a2200265 a 4500
001 2066217
005 2023-04-27
008 2016 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aBARCELOS, R. A.
245 $aDiversidade funcional da microbiota do solo e populações de Fusarium spp., Trichoderma spp. e Rhizoctonia solani na produção de feijão-comum.$h[electronic resource]
260 $aIn: SEMINÁRIO JOVENS TALENTOS, 10., 2016, Santo Antônio de Goiás. Coletânea dos resumos apresentados. Santo Antônio de Goiás: Embrapa Arroz e Feijão$c2016
300 $ap. 94.
490 $a(Embrapa Arroz e Feijão. Documentos, 311).
520 $aO objetivo deste trabalho foi analisar os efeitos de sistemas de produção e de plantas de cobertura sobre a diversidade funcional da comunidade bacteriana do solo, populações de Fusarium oxysporum, F. solani, Trichoderma spp. e Rhizoctonia solani e relações entre estas variáveis, em cultivo orgânico de feijão-comum (Phaseolus vulgaris L.) cv. Pérola.
650 $aFeijão
650 $aFusarium
650 $aPhaseolus vulgaris
650 $aRhizoctonia solani
650 $aTrichoderma
700 1 $aBARBOSA, E. T.
700 1 $aFERRO, D. D. X.
700 1 $aGERALDINE, A. M.
700 1 $aGOMES, K. G.
700 1 $aFERREIRA, E. P. de B.
700 1 $aLOBO JUNIOR, M.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
