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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
20/10/2023 |
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Data da última atualização: |
20/10/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, C. G. N. da; MONTEIRO, E. de C.; DINIZ, P. P.; TERRA, L. A.; SCHWAB, S.; REIS, V. M.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. |
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Afiliação: |
CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFRRJ; EDEVALDO DE CASTRO MONTEIRO, UFRRJ; PRISCILA PEREIRA DINIZ, UFRRJ; LEONARDO ARAUJO TERRA, UFRRJ; STEFAN SCHWAB, CNPAB; VERONICA MASSENA REIS, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB. |
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Título: |
Designing and validation of specific primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Brazilian Journal of Microbiology,, Published: 16 October 2023 |
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ISSN: |
1678-4405 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Endophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8 T ), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5 T ), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specific primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specificity was confirmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the five target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specified in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplified target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their differentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantified using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes influence the endophytic population and the bacterial number decreases with plant age MenosEndophytic diazotrophic plant growth-promoting bacteria Herbaspirillum rubrisubalbicans (HCC103), Herbaspirillum seropedicae (HRC54), Paraburkholderia tropica (Ppe8 T ), Gluconacetobacter diazotrophicus (Pal5 T ), and Nitrospirillum amazonense (CBAmC) have been used as inoculants for sugarcane. The genome sequences of these strains were used to design a set of specific primers for the real-time PCR (qPCR) assay. Primer specificity was confirmed by conventional PCR using the genomic DNAs of 25 related bacterial species and the five target strains. The qPCR assays were conducted using root and shoot samples from two sugarcane varieties (RB867515 and RB92579). These samples were collected both with and without inoculation, using the target strains specified in this study. The sugarcane plants were grown in a greenhouse, utilizing a substrate composed of sterile sand and vermiculite in a 2:1 ratio, for a duration of 55 days. The primers designed for this study successfully amplified target DNA fragments from each of the bacterial species, enabling their differentiation at the species level. The total bacterial population present in the sugarcane quantified using qPCR was on average 105.2 cells g−1 of fresh tissue. Across both evaluated varieties, it was observed that the population of inoculated bacteria tended to decrease over time and became more concentrated in the sugarcane roots compared to the aerial parts. The qPCR results suggest that both the host and the microbes... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Diazotrophic bacteria; DPGPB quantification; Primers; Real Time PCR. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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773 $tBrazilian Journal of Microbiology,, Published: 16 October 2023
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
20/02/2013 |
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Data da última atualização: |
20/02/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ALVES, R. M.; OLIVEIRA, C. C. de; FERNANDES, J. R. Q.; OLIVEIRA, H. O. de. |
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Afiliação: |
RAFAEL MOYSES ALVES, CPATU; CHARLES COSTA DE OLIVEIRA, UFPA; JOSE RAIMUNDO QUADROS FERNANDES, CPATU; HELLEN OLIVEIRA DE OLIVEIRA, ESTAGIÁRIA CPATU. |
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Título: |
Estudo fenológico do taperebazeiro, Spondias mombin L., em sistema agroflorestal, no município de Santa Bárbara, Pará. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O taperebazeiro, Spondias mombin L., que pertence à família Anacardiaceae, tem uma vasta distribuição tropical e ocorre em diversas regiões do Brasil. A polpa do fruto é amplamente utilizada na preparação de sucos, sorvetes, licores e doces. É rico em fósforo, cálcio, beta caroteno e vitamina C. Em razão das boas perspectivas mercadológica interna e externa, alguns estudos já foram desenvolvidos para a domesticação da espécie. O objetivo deste trabalho foi analisar os períodos de floração e frutificação de uma coleção de clones de S. mombin, bem como, verificar a relação das fenofases com a variável climática precipitação pluviométrica. Além do taperebazeiro compunham o SAF as espécies: cupuaçuzeiro, cumaruzeiro e bananeira. Os dados fenológicos foram coletados mensalmente, no período de 2007 a 2010. Verificou-se que as plantas da população não tiveram um comportamento padronizado de eventos fenológicos, em razão da variabilidade genética inter-plantas. Algumas começaram a florescer com dois anos e meio de campo, sendo que, quase 45% das plantas frutificaram no sexto ano, último ano da pesquisa. A floração apresentou correlação linear negativa moderada com a variável climática, sendo que esta fenofase é mais intensa no período de agosto a novembro. Por outro lado a frutificação não sofreu influência da precipitação pluviométrica, e foi mais concentrada no período de novembro a fevereiro, apesar de que, foram observadas plantas frutificando na maioria dos meses do estudo. |
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Thesagro: |
Fenologia; Flor; Fruto. |
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Thesaurus NAL: |
clones. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/76840/1/115.pdf
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Marc: |
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245 $aEstudo fenológico do taperebazeiro, Spondias mombin L., em sistema agroflorestal, no município de Santa Bárbara, Pará.
260 $aIn: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos$c2012
300 $c1 CD-ROM.
520 $aO taperebazeiro, Spondias mombin L., que pertence à família Anacardiaceae, tem uma vasta distribuição tropical e ocorre em diversas regiões do Brasil. A polpa do fruto é amplamente utilizada na preparação de sucos, sorvetes, licores e doces. É rico em fósforo, cálcio, beta caroteno e vitamina C. Em razão das boas perspectivas mercadológica interna e externa, alguns estudos já foram desenvolvidos para a domesticação da espécie. O objetivo deste trabalho foi analisar os períodos de floração e frutificação de uma coleção de clones de S. mombin, bem como, verificar a relação das fenofases com a variável climática precipitação pluviométrica. Além do taperebazeiro compunham o SAF as espécies: cupuaçuzeiro, cumaruzeiro e bananeira. Os dados fenológicos foram coletados mensalmente, no período de 2007 a 2010. Verificou-se que as plantas da população não tiveram um comportamento padronizado de eventos fenológicos, em razão da variabilidade genética inter-plantas. Algumas começaram a florescer com dois anos e meio de campo, sendo que, quase 45% das plantas frutificaram no sexto ano, último ano da pesquisa. A floração apresentou correlação linear negativa moderada com a variável climática, sendo que esta fenofase é mais intensa no período de agosto a novembro. Por outro lado a frutificação não sofreu influência da precipitação pluviométrica, e foi mais concentrada no período de novembro a fevereiro, apesar de que, foram observadas plantas frutificando na maioria dos meses do estudo.
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650 $aFlor
650 $aFruto
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700 1 $aOLIVEIRA, H. O. de
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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