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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
20/06/2022 |
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Data da última atualização: |
27/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K. |
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Afiliação: |
MARCIA IZABEL FUGISAWA SOUZA, CNPTIA; MARCOS CEZAR VISOLI, CNPTIA; TERCIA ZAVAGLIA TORRES, CNPTIA; CARLA CRISTIANE OSAWA, CNPTIA; ALESSANDRA RODRIGUES DA SILVA, SGE; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; ANTONIO NHANI JUNIOR, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA. |
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Título: |
Catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Biblioteconomia e Documentação, v. 18, p. 1-28, 2022. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
RESUMO. O estudo teve o objetivo de definir e estabelecer regras mínimas para a catalogação de datasets ômicos, oriundos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB), no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Foram adotados os seguintes procedimentos metodológicos: i) revisão bibliográfica; ii) construção do estado do conhecimento sobre catalogação; iii) identificação de regras mínimas para descrição de datasets; iv) exploração dos elementos metadados do software Dataverse; v) identificação de atributos para descrever elementos metadados; vi) estabelecimento de regras para orientar a descrição de elementos, campos e subcampos dos esquemas Metadados de Citação e Metadados Ciência da Vida. Como resultados foram definidas e estabelecidas: i) regras mínimas de catalogação e descrição de metadados, contemplando aspectos da representação descritiva e temática; ii) instruções para o preenchimento do formulário de catalogação no Redape, uma instância do software Dataverse; iii) orientações para o uso de vocabulários controlados FAIR; iv) recomendações para revisão na catalogação de datasets. O artigo relata a experiência de catalogação de datasets ômicos no Redape, descrevendo as orientações estabelecidas para a geração de metadados qualificados, descritos de acordo com padrões internacionais de representação descritiva, e em aderência aos princípios FAIR. A aderência aos princípios FAIR assegura a interoperabilidade e o compartilhamento, bem como o uso e o reúso dos dados de pesquisa, aspectos preconizados nas diretrizes e estratégias da Política de Governança de Dados, Informação e Conhecimento da Embrapa. MenosRESUMO. O estudo teve o objetivo de definir e estabelecer regras mínimas para a catalogação de datasets ômicos, oriundos do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa (LMB), no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa (Redape). Foram adotados os seguintes procedimentos metodológicos: i) revisão bibliográfica; ii) construção do estado do conhecimento sobre catalogação; iii) identificação de regras mínimas para descrição de datasets; iv) exploração dos elementos metadados do software Dataverse; v) identificação de atributos para descrever elementos metadados; vi) estabelecimento de regras para orientar a descrição de elementos, campos e subcampos dos esquemas Metadados de Citação e Metadados Ciência da Vida. Como resultados foram definidas e estabelecidas: i) regras mínimas de catalogação e descrição de metadados, contemplando aspectos da representação descritiva e temática; ii) instruções para o preenchimento do formulário de catalogação no Redape, uma instância do software Dataverse; iii) orientações para o uso de vocabulários controlados FAIR; iv) recomendações para revisão na catalogação de datasets. O artigo relata a experiência de catalogação de datasets ômicos no Redape, descrevendo as orientações estabelecidas para a geração de metadados qualificados, descritos de acordo com padrões internacionais de representação descritiva, e em aderência aos princípios FAIR. A aderência aos princípios FAIR assegura a interoperabilidade e o compartilhamento, bem como o ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Biological data; Catalogação; Dados biológicos; Datasets; Datasets ômicos; Descriptive representation; Gestão de dados de pesquisa; Representação descritiva; Representação temática; Research data management; Thematic representation. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/236568/1/AP-Catalogacao-datasets-omicos-2022.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Cerrados. Para informações adicionais entre em contato com cpac.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
17/02/2003 |
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Data da última atualização: |
17/02/2003 |
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Autoria: |
CHAKRABORTY, S.; FERNANDES, C. D.; CHARCHAR, M. J. d'A.; THOMAS, M. R. |
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Título: |
Pathogenic variation in Colletotrichum gloeosporioides infecting stylosanthes spp. in a center of diversity in Brazil. |
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Ano de publicação: |
2002 |
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Fonte/Imprenta: |
Ecology and Population Biology, v. 92, n. 5, p. 553-562, 2002. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Pathogenic variation in Colletotrichum gloeosporioides infecting species of the tropical pasture legume Stylosanthes at its center of diversity was determined from 296 isolates collected from wild host population and selected germ plasm of S. capitata, S. guianensis, S. scabra, and S. macrocephala in Brazil. A putative host differential set comprising 11 accessions was selected from a biossay of 18 isolates on 19 host accessions using principal component analysis. A similar analysis of anthracnose severity data for a subset of 195 isolates on the 11 differentials indicated that an adequate summary of pathogenic variation could be obtained using only five of these differentials. Of the five differentials. S- seabrana "Primar" was resistant and S. scabra "Fitzroy" was susceptible to most isolates. A cluster analysis was used to determine eight natural race clusters using the 195 isolates. Linear discriminant functions were developed of eight race clusters using the 195 isolates as the training data set, and these were applied tio classify a test data set of the remaining 101 isolates. All except 11 isolates of the test data set were classified into one of the eight race clusters. Over 10% of the 296 isolates were weakly pathogenic to all differentials and another 40% were virulent on just one differential. The unclassified isolates represent six new races with unique virulence combinations, of which one isolate is virulent on all five differentials. The majority of isolates came frm six field sites, and Shannon's index of diversity indicated considerable variation between sites. Pathogenic diversity was extensive at there sites where selected germ plasm were under evaluation, and complex race clusters and unclassified isolates representig new races were more prevalent at these sites compared with sites containing wild Stylosanthes populations. MenosPathogenic variation in Colletotrichum gloeosporioides infecting species of the tropical pasture legume Stylosanthes at its center of diversity was determined from 296 isolates collected from wild host population and selected germ plasm of S. capitata, S. guianensis, S. scabra, and S. macrocephala in Brazil. A putative host differential set comprising 11 accessions was selected from a biossay of 18 isolates on 19 host accessions using principal component analysis. A similar analysis of anthracnose severity data for a subset of 195 isolates on the 11 differentials indicated that an adequate summary of pathogenic variation could be obtained using only five of these differentials. Of the five differentials. S- seabrana "Primar" was resistant and S. scabra "Fitzroy" was susceptible to most isolates. A cluster analysis was used to determine eight natural race clusters using the 195 isolates. Linear discriminant functions were developed of eight race clusters using the 195 isolates as the training data set, and these were applied tio classify a test data set of the remaining 101 isolates. All except 11 isolates of the test data set were classified into one of the eight race clusters. Over 10% of the 296 isolates were weakly pathogenic to all differentials and another 40% were virulent on just one differential. The unclassified isolates represent six new races with unique virulence combinations, of which one isolate is virulent on all five differentials. The majority of isolates ca... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Brasil; Patologia vegetal; Stilosante. |
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Thesagro: |
Cerrado; Colletotrichum Gloeosporioides; Distribuição Geográfica; Variação Genética. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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245 $aPathogenic variation in Colletotrichum gloeosporioides infecting stylosanthes spp. in a center of diversity in Brazil.
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520 $aPathogenic variation in Colletotrichum gloeosporioides infecting species of the tropical pasture legume Stylosanthes at its center of diversity was determined from 296 isolates collected from wild host population and selected germ plasm of S. capitata, S. guianensis, S. scabra, and S. macrocephala in Brazil. A putative host differential set comprising 11 accessions was selected from a biossay of 18 isolates on 19 host accessions using principal component analysis. A similar analysis of anthracnose severity data for a subset of 195 isolates on the 11 differentials indicated that an adequate summary of pathogenic variation could be obtained using only five of these differentials. Of the five differentials. S- seabrana "Primar" was resistant and S. scabra "Fitzroy" was susceptible to most isolates. A cluster analysis was used to determine eight natural race clusters using the 195 isolates. Linear discriminant functions were developed of eight race clusters using the 195 isolates as the training data set, and these were applied tio classify a test data set of the remaining 101 isolates. All except 11 isolates of the test data set were classified into one of the eight race clusters. Over 10% of the 296 isolates were weakly pathogenic to all differentials and another 40% were virulent on just one differential. The unclassified isolates represent six new races with unique virulence combinations, of which one isolate is virulent on all five differentials. The majority of isolates came frm six field sites, and Shannon's index of diversity indicated considerable variation between sites. Pathogenic diversity was extensive at there sites where selected germ plasm were under evaluation, and complex race clusters and unclassified isolates representig new races were more prevalent at these sites compared with sites containing wild Stylosanthes populations.
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650 $aColletotrichum Gloeosporioides
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700 1 $aCHARCHAR, M. J. d'A.
700 1 $aTHOMAS, M. R.
773 $tEcology and Population Biology$gv. 92, n. 5, p. 553-562, 2002.
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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