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| Registros recuperados : 79 | |
| 25. |  | SANTOS, M. T.; FERRAZ, L. F. C.; REIS, F. C.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G.; OTTOBONI, L. M. M. Análise estrutural e funcional da proteína CMP quinase de Acidithiobacillus ferrooxidans. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóias: SBG, 2005. p. 1075. Na publicação: Falcão, PK.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 27. | | SIMÕES, M.; BAHIA, D.; TORRES, K.; ZERLOTINI NETO, A.; ARTIGUENAVE, F.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; OLIVEIRA, G. SNP identification in Schistosoma mansoni expressed genes. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 131. X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 28. | | GUELFI, A.; CHABREGAS, S. M.; FALCO, M. C.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; AZEVEDO, R. A. Molecular dynamics analysis of glutathione transferases sugarcane mutants and their interactions with atrazine. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 94. X-meeting 2005. Presented posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 29. | | FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; NESHICH, G. Identification of folding essential residues by looking at an extensive DB of the structure descriptors in Diamond STING. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 13., 2005, Detroit. Program... Detroit: ISCB, 2005. p. 71. Na publicação: Paula Kuser; Michel Yamagishi; Adauto Mancini; Roberto Higa; Goran Neshich. ISMB 2005. Poster A-47.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 30. | | ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Aplicações da bioinformática na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (Ed.). Agricultura digital: pesquisa, desenvolvimento e inovação nas cadeias produtivas. Brasília, DF: Embrapa, 2020. cap. 10, p. 234-257.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 31. | | ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Applications of bioinformatics in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (ed.). Digital agriculture: research, development and innovation in production chains. Brasília, DF: Embrapa, 2023. cap. 10, p. 179-194.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 32. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 4 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 77). Na publicação: Goran Neshich.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 33. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 5 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 78). Na publicação: Goran Neshich.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 34. | | FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 36. | | MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A.; DOMINIQUINI, F.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. Sting contacts: a web-based application for identification and analysis of amino acid contacts within protein structure and across protein interfaces. Bioinformatics, v. 20, n. 13, p. 2145-2147, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 39. | | SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K. Catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa. Revista Brasileira de Biblioteconomia e Documentação, v. 18, p. 1-28, 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 40. | | HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A. CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 110. X-meeting 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Registros recuperados : 79 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
04/08/2005 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Autoria: |
MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A.; DOMINIQUINI, F.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; Cenargen; CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ROBERTO COITI TOGAWA, Cenargen; GORAN NESIC, CNPTIA. |
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Título: |
Sting contacts: a web-based application for identification and analysis of amino acid contacts within protein structure and across protein interfaces. |
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Ano de publicação: |
2004 |
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Fonte/Imprenta: |
Bioinformatics, v. 20, n. 13, p. 2145-2147, 2004. |
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DOI: |
10.1093/bioinformatics/bth203 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: P. R. Kuser. |
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Conteúdo: |
Amino acid contacts in terms of atomic interactions are essential factors to be considered in the analysis of the structure of a protein and its complexes. Consequently, molecular biologists do require specific tools for the identification and visualization of all such contacts. Graphical contacts (GC) and interface forming residue graphical contacts (IFRgc) presented here, calculate atomic contacts among amino acids based on a table of predefined pairs of the atom types and their distances, and then display them using number of different forms. The inventory of currently listed contact types by GC and IFRgc include hydrogen bonds (in nine different flavors), hydrophobic interactions, charge?charge interactions, aromatic stacking and disulfide bonds. Such extensive catalog of the interactions, representing the forces that govern protein folding, stability and binding, is the key feature of these two applications. GC and IFRgc are part of STING Millennium Suite. |
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Palavras-Chave: |
Sting Millennium Suite. |
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Thesagro: |
Aminoácido; Proteina. |
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Thesaurus NAL: |
Amino acids; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 01880naa a2200289 a 4500
001 1009086
005 2020-01-17
008 2004 bl uuuu u00u1 u #d
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100 1 $aMANCINI, A. L.
245 $aSting contacts$ba web-based application for identification and analysis of amino acid contacts within protein structure and across protein interfaces.$h[electronic resource]
260 $c2004
500 $aNa publicação: P. R. Kuser.
520 $aAmino acid contacts in terms of atomic interactions are essential factors to be considered in the analysis of the structure of a protein and its complexes. Consequently, molecular biologists do require specific tools for the identification and visualization of all such contacts. Graphical contacts (GC) and interface forming residue graphical contacts (IFRgc) presented here, calculate atomic contacts among amino acids based on a table of predefined pairs of the atom types and their distances, and then display them using number of different forms. The inventory of currently listed contact types by GC and IFRgc include hydrogen bonds (in nine different flavors), hydrophobic interactions, charge?charge interactions, aromatic stacking and disulfide bonds. Such extensive catalog of the interactions, representing the forces that govern protein folding, stability and binding, is the key feature of these two applications. GC and IFRgc are part of STING Millennium Suite.
650 $aAmino acids
650 $aProteins
650 $aAminoácido
650 $aProteina
653 $aSting Millennium Suite
700 1 $aHIGA, R. H.
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700 1 $aDOMINIQUINI, F.
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700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
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700 1 $aNESHICH, G.
773 $tBioinformatics$gv. 20, n. 13, p. 2145-2147, 2004.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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