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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
23/01/2023 |
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Data da última atualização: |
23/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; AFONSO, J.; VIEIRA, D.; MALHEIROS, J. M.; ANDRADE, B. G. N.; PETRINI, J.; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; DIELSON VIEIRA, YALE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE; JESSICA MORAES MALHEIROS, UNIVERSIDADE FEDERAL DA INTEGRAÇÃO LATINO-AMERICANA; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Differential allele-specific expression revealed functional variants and candidate genes related to meat quality traits in B. indicus muscle. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Genes, v. 13, n. 12, 2336, 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3390/ genes13122336 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Traditional transcriptomics approaches have been used to identify candidate genes affecting economically important livestock traits. Regulatory variants affecting these traits, however, remain under covered. Genomic regions showing allele-specific expression (ASE) are under the effect of cis-regulatory variants, being useful for improving the accuracy of genomic selection models. Taking advantage of the better of these two methods, we investigated single nucleotide polymorphisms (SNPs) in regions showing differential ASE (DASE SNPs) between contrasting groups for beef quality traits. For these analyses, we used RNA sequencing data, imputed genotypes and genomic estimated breeding values of muscle-related traits from 190 Nelore (Bos indicus) steers. We selected 40 contrasting unrelated samples for the analysis (N = 20 animals per contrasting group) and used a beta-binomial model to identify ASE SNPs in only one group (i.e., DASE SNPs). We found 1479 DASE SNPs (FDR 0.05) associated with 55 beef-quality traits. Most DASE genes were involved with tenderness and muscle homeostasis, presenting a co-expression module enriched for the protein ubiquitination process. The results overlapped with epigenetics and phenotype-associated data, suggesting that DASE SNPs are potentially linked to cis-regulatory variants affecting simultaneously the transcription and phenotype through chromatin state modulation. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; ASE; Cis-regulation; Expressão alelo específica; Expressão gênica; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Fenótipo. |
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Thesaurus Nal: |
Beef; Gene expression; Phenotype; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1151168/1/DifferentialAlleleSpecific.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
15/02/2019 |
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Data da última atualização: |
13/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
COSTA, S. D. A. da. |
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Afiliação: |
SIDNEY DANIEL ARAÚJO DA COSTA. |
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Título: |
Uso combinado de calcário e gesso sobre atributos químicos do solo, nutrição e produção de milho. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
2018. |
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Páginas: |
99 f. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Universidade Federal Rural da Amazônia, Belém, PA. Orientador: Mário Lopes da Silva Júnior; Coorientador: Edilson Carvalho Brasil, Embrapa Amazônia Oriental. |
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Conteúdo: |
O sistema de semeadura direta é um manejo utilizado com uma alternativa para a produção agrícola. É um sistema que visa a conservação do meio ambiente através da redução de impactos negativos sobre o solo, devido práticas de queimadas ou do tráfego de máquinas sobre o mesmo. Entretanto, um dos principais problemas encontrados nesse tipo de sistema são práticas que visam a melhoria nas características químicas das camadas mais profundas sem que haja o revolvimento do solo. A combinação de doses de calcário e gesso pode promover alterações químicas no solo, nutricional e na produção de milho em sistema de semeadura direta. Objetivou-se com este estudo avaliar as alterações ocorridas nas características químicas do solo, teor nutricional de tecido vegetal e a produção de plantas de milho. O experimento foi realizado nos anos de 2010 a 2013, no município de Terra Alta, nordeste do Pará, no Campo Experimental da Embrapa em um Latossolo Amarelo distrófico, textura média, O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados em parcela subdividida, com três repetições, com os seguintes fatores: cinco doses de calcário (0, 1, 2, 3, 4) em t ha-1 e três doses de gesso (0, 500, 1000) em kg ha-1 . Foi avaliada a fertilidade do solo por meio de amostras compostas retiradas das profundidades de 0-20 e 20-40 cm, o teor nutricional a partir da coleta de dez folhas maduras de milho por parcela e determinação da produtividade utilizando como área útil quatro linhas centrais das parcelas e após ser realizada a colheita as espigas foram separadas dos grãos. A aplicação de calcário e gesso proporcionou redução do alumínio trocável, aumento do pH e cátions básicos em superfície e ao longo do perfil avaliado, demonstrando um efeito residual e favorecendo a movimentação de bases, contribuiu para um aumento no teor nutricional do tecido vegetal, sendo refletido em uma maior produção de grãos nos quatro anos avaliados em virtude das doses aplicadas. Ao ser avaliado o ponto de máxima, foi possível verificar que a utilização de 3,64 t ha-1 combinado com 500 kg ha-1 de gesso fora responsável pelo maior incremento no teor de cálcio no solo na camada referente a 0-20 cm, enquanto que, na camada 20-40 cm, a utilização de 2,19 t ha-1 de calcário combinado com 500 kg ha-1 teve maior incremento no teor desse nutriente, apresentando redução a partir desse ponto. A combinação que proporcionou maior incremento no teor de cálcio+magnésio foi encontrado a partir da aplicação de 3,63 t ha-1 de calcário combinado com 500 kg ha-1 de gesso. Foi possível notar que a aplicação de 3,13 toneladas de calcário em conjunto com 500 kg de gesso fora responsável pelo aumento da ctc do solo. A partir da aplicação de 2,89 toneladas de calcário combinado com 500 kg de gesso, promoveram movimentação de bases, as quais contribuíram para aumento do V%, no entanto, o maior incremento ficou concentrado na superfície do solo MenosO sistema de semeadura direta é um manejo utilizado com uma alternativa para a produção agrícola. É um sistema que visa a conservação do meio ambiente através da redução de impactos negativos sobre o solo, devido práticas de queimadas ou do tráfego de máquinas sobre o mesmo. Entretanto, um dos principais problemas encontrados nesse tipo de sistema são práticas que visam a melhoria nas características químicas das camadas mais profundas sem que haja o revolvimento do solo. A combinação de doses de calcário e gesso pode promover alterações químicas no solo, nutricional e na produção de milho em sistema de semeadura direta. Objetivou-se com este estudo avaliar as alterações ocorridas nas características químicas do solo, teor nutricional de tecido vegetal e a produção de plantas de milho. O experimento foi realizado nos anos de 2010 a 2013, no município de Terra Alta, nordeste do Pará, no Campo Experimental da Embrapa em um Latossolo Amarelo distrófico, textura média, O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados em parcela subdividida, com três repetições, com os seguintes fatores: cinco doses de calcário (0, 1, 2, 3, 4) em t ha-1 e três doses de gesso (0, 500, 1000) em kg ha-1 . Foi avaliada a fertilidade do solo por meio de amostras compostas retiradas das profundidades de 0-20 e 20-40 cm, o teor nutricional a partir da coleta de dez folhas maduras de milho por parcela e determinação da produtividade utilizando como área útil quatro linhas centrais das par... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Terra Alta. |
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Thesagro: |
Calcário; Gesso; Milho; Propriedade Físico-Química; Solo. |
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Thesaurus NAL: |
Soil. |
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Categoria do assunto: |
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/192896/1/Dissertacao-Daniel.pdf
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Marc: |
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520 $aO sistema de semeadura direta é um manejo utilizado com uma alternativa para a produção agrícola. É um sistema que visa a conservação do meio ambiente através da redução de impactos negativos sobre o solo, devido práticas de queimadas ou do tráfego de máquinas sobre o mesmo. Entretanto, um dos principais problemas encontrados nesse tipo de sistema são práticas que visam a melhoria nas características químicas das camadas mais profundas sem que haja o revolvimento do solo. A combinação de doses de calcário e gesso pode promover alterações químicas no solo, nutricional e na produção de milho em sistema de semeadura direta. Objetivou-se com este estudo avaliar as alterações ocorridas nas características químicas do solo, teor nutricional de tecido vegetal e a produção de plantas de milho. O experimento foi realizado nos anos de 2010 a 2013, no município de Terra Alta, nordeste do Pará, no Campo Experimental da Embrapa em um Latossolo Amarelo distrófico, textura média, O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados em parcela subdividida, com três repetições, com os seguintes fatores: cinco doses de calcário (0, 1, 2, 3, 4) em t ha-1 e três doses de gesso (0, 500, 1000) em kg ha-1 . Foi avaliada a fertilidade do solo por meio de amostras compostas retiradas das profundidades de 0-20 e 20-40 cm, o teor nutricional a partir da coleta de dez folhas maduras de milho por parcela e determinação da produtividade utilizando como área útil quatro linhas centrais das parcelas e após ser realizada a colheita as espigas foram separadas dos grãos. A aplicação de calcário e gesso proporcionou redução do alumínio trocável, aumento do pH e cátions básicos em superfície e ao longo do perfil avaliado, demonstrando um efeito residual e favorecendo a movimentação de bases, contribuiu para um aumento no teor nutricional do tecido vegetal, sendo refletido em uma maior produção de grãos nos quatro anos avaliados em virtude das doses aplicadas. Ao ser avaliado o ponto de máxima, foi possível verificar que a utilização de 3,64 t ha-1 combinado com 500 kg ha-1 de gesso fora responsável pelo maior incremento no teor de cálcio no solo na camada referente a 0-20 cm, enquanto que, na camada 20-40 cm, a utilização de 2,19 t ha-1 de calcário combinado com 500 kg ha-1 teve maior incremento no teor desse nutriente, apresentando redução a partir desse ponto. A combinação que proporcionou maior incremento no teor de cálcio+magnésio foi encontrado a partir da aplicação de 3,63 t ha-1 de calcário combinado com 500 kg ha-1 de gesso. Foi possível notar que a aplicação de 3,13 toneladas de calcário em conjunto com 500 kg de gesso fora responsável pelo aumento da ctc do solo. A partir da aplicação de 2,89 toneladas de calcário combinado com 500 kg de gesso, promoveram movimentação de bases, as quais contribuíram para aumento do V%, no entanto, o maior incremento ficou concentrado na superfície do solo
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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