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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
30/08/2018 |
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Data da última atualização: |
11/02/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
DUARTE, D. A. S.; FORTES, M. R. S.; DUARTE, M. de S.; GUIMARÃES, S. E. F.; VERARDO, L. L.; VERONEZE, R.; RIBEIRO, A. M. F.; LOPES, P. S.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F. e. |
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Afiliação: |
Darlene Ana S. Duarte, UFV; Marina Rufino S. Fortes, University of Queensland; Marcio de Souza Duarte, UFV; Simone E. F. Guimarães, UFV; Lucas L. Verardo, UFV; Renata Veroneze, UFV; Andre Mauric F. Ribeiro, UFV; Paulo Sávio Lopes, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Fabyano Fonseca e Silva, UFV. |
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Título: |
Genome-wide association studies, meta-analyses and derived gene network for meat quality and carcass traits in pigs. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Animal Production Science, v. 58, n. 6, p. 1100-1008, May 2018. |
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DOI: |
dx.doi.org/10.1071/AN16018 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
A large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding. |
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Palavras-Chave: |
Biological pathways; Post-GWAS; SNP-derived gene networks. |
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Thesagro: |
Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Pork. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02343naa a2200325 a 4500
001 2094834
005 2019-02-11
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $adx.doi.org/10.1071/AN16018$2DOI
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260 $c2018
520 $aA large number of quantitative trait loci (QTL) for meat quality and carcass traits has been reported in pigs over the past 20 years. However, few QTL have been validated and the biological meaning of the genes associated to these QTL has been underexploited. In this context, a meta-analysis was performed to compare the significant markers with meta-QTL previously reported in literature. Genome association studies were performed for 12 traits, from which 144 SNPs were found out to be significant (P < 0.05). They were validated in the meta-analysis and used to build the Association Weight Matrix, a matrix framework employed to investigate co-association of pairwise SNP across phenotypes enabling to derive a gene network. A total of 45 genes were selected from the Association Weight Matrix analysis, from which 25 significant transcription factors were identified and used to construct the networks associated to meat quality and carcass traits. These networks allowed the identification of key transcription factors, such as SOX5 and NKX2–5, gene–gene interactions (e.g. ATP5A1, JPH1, DPT and NEDD4) and pathways related to the regulation of adipose tissue metabolism and skeletal muscle development. Validated SNPs and knowledge of key genes driving these important industry traits might assist future strategies in pig breeding.
650 $aAnimal breeding
650 $aPork
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650 $aSuíno
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700 1 $aSILVA, F. F. e
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 18 | |
| 1. |  | CACERES, C.; PARANHOS, B. A. J.; COSTA, M. de L. Z.; BRAVO, J. Comparação de quatro linhagens de Ceratitis capitata TSL (Dip.: Tephritidae): Vienna 4, Vienna 7, Vienna 8 e Sergeant. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 20., 2004, Gramado. Programa e resumos... Gramado: SEB: Embrapa Uva e Vinho, 2004. p. 662.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | DELLA GIUSTINA, P. G.; LOPES, L. A.; COSTA, M. DE L. Z.; P. A. J. C.; AMARAL, H. M.; BRESSIANI, J.; GUIMARÃES, T. M.; KOVALESKI, A.; MASTRANGELO, T. Controle de qualidade da criação da linhagem de sexagem genética GSS-89 da mosca-das-frutas sul-americana no Brasil. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 21., ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 17., 2024, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Embrapa Uva e Vinho, abril 2025. p. 34. 1 p. (Embrapa Uva e Vinho. Eventos Técnicos & Científicos, 3)| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 4. | | NUNES, A. M.; COSTA, K. Z.; FAGGIONI, K. M.; COSTA, M. de L. Z.; GONÇALVES, R. da S.; WALDER, J. M. M.; GARCIA, M. S.; NAVA, D. E. Dietas artificiais para a criação de larvas e adultos da mosca-das-frutas sul-americana. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v.48, n.10, p.1309-1314, out. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 5. | | COSTA, M. de L. Z.; COSTA, K. Z.; ALCARDE, L. D.; SANTANA Q. B.; KAMIYA, A. C.; BLUMER, L.; PARANHOS, B. A. J.; WALDER, J. M. M. Diferenças no índice de parasitismo de Diachasmimorpha longicaudata (Ashmead) (Hymenoptera: Braconidae) em “Larvas Fêmeas” e “Larvas Machos” de Ceratitis capitata (Wied., 1824) (Diptera: Tephritidae) Linhagem TSL-Vienna 8. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 11., 2009, Bento Gonçalves. Tecnologia e conservação ambiental: resumos. [Bento Gonçalves]: Sociedade Entomológica do Brasil: IRGA: Unisinos: Fiocruz, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 6. | | PARANHOS, B. A. J.; PAPADOPOULOS, N.; DAMASCENO, I.; ROMANO, M.; ALVES, R.; LOPES, F.; COSTA, M. de L. Z.; MALAVASI, A.; NASCIMENTO, A.; WALDER, J. M. M. Dispersão e sobrevivência de machos estéreis de Moscamed, linhagem mutante TSL, no Submédio do Vale do São Francisco. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 21., 2006, Recife. Resumos... Recife: SEB; UFRPE, 2006. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | WALDER, J. M. M.; MORELLI, R.; COSTA, K. Z.; FAGGIONI, K. M.; SANCHES, P. A.; PARANHOS, B. A. J.; BENTO, J. M. S.; COSTA, M. de L. Z. Large scale artificial rearing of Anastrepha sp.1 aff. fraterculus (Diptera: Tephritidae) in Brazi. Scientia Aggricola, Piracicaba, v.71, n.4, p.281-286, jul./aug. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 8. | | COSTA, M. de L. Z.; NUNES, A. M.; COSTA, K. Z.; FAGIONI, K. M.; MÜLLER, F. A.; GONÇALVES, R. da S.; NAVA, D. E.; WALDER, J. M. M. Influência do gelificante sobre aspectos biológicos de Anastrepha Fraterculus (Wiedemann, 1830) criada em dieta artificial. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 23., 2010, Natal. resumos... Natal: Sociedade Brasileira de Entomologia, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 9. | | NUNES, A. M.; COSTA, K. Z.; FAGGIONI, K. M.; COSTA, M. de L. Z.; GARCIA, M. S.; WALDER, J. M. M.; NAVA, D. E. Efeito do gelificante adicionada na dieta artificial sobre o desenvolvimento de Anastrepha fraterculus. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 3., 2010, Pelotas. resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Anais: Carreira, ética e inovação: o que você está fazendo? Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2010. Editado por Ivan Rodrigues de Almeida, Leonardo Ferreira Dutra e Jamir Luis Silva da Silva. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 10. | | COSTA, M. de L. Z.; COSTA, K. Z.; ALCARDE, L. D.; SANTANA, Q. B.; KAMIYA, A. C.; BLUMER, L.; PARANHOS, B. A. J.; WALDER, J. M. M. A radiação ionizante como fator de incremento do índice de parasitismo na criação massal de Diachasmimorpha longicaudata (Ashmead) (Hymenoptera: Braconidae) em Ceratitis capitata (Wied., 1824) (Diptera: Tephritidae) Linhagem TSL-Vienna 8. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 11., 2009, Bento Gonçalves. Tecnologia e conservação ambiental: resumos. [Bento Gonçalves]: Sociedade Entomológica do Brasil: IRGA: Unisinos: Fiocruz, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 11. | | PARANHOS, B. A. J.; MCLNNIS, D.; URAMOTO, K.; DAMASCENO, I.; GONÇALVES, N.; ALVES, R. M.; COSTA, M. de L.; WALDER, J.; MALAVASI, A.; NASCIMENTO, A. Sterile medfly males of the TSL Vienna 8 genetic sexing strain display improved mating performance with ginger root oil. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FRUIT FLIES OF ECONOMIC IMPORTANCE FROM BASIC TO APPLIED KNOWLEDGE, 7., 2006, Salvador. Proceedings... Salvador: SBPC, 2008. p. 313-318.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | PARANHOS, B. A. J.; MCINNIS, D.; URAMOTO, K.; DAMASCENO, I.; GONÇALVES, N.; ALVES, R. M.; COSTA, M. de L.; WALDER, J.; MALAVASI, A.; NASCIMENTO, A. Sterile medfly males of the TSL Vienna 8 genetic sexing strain improved mating performance with ginger root oil. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FRUIT FLIES OF ECONOMIC IMPORTANCE, 7.; MEETING OF THE WORKING GROUP ON FRUIT FLIES OF THE WESTERN HEMISPHERE, 6., 2006, Salvador. Proceedings... Salvador: Fruitfly, 2006. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | MORELLI, R.; COSTA, K. Z.; FAGIONI, K. M.; COSTA, M. de L. Z.; NASCIMENTO, A. S. do; PIMENTEL, R. M. de A.; WALDER, J. M. M. New Protein Sources in Adults Diet for Mass-rearing of Anastrepha fraterculus (Diptera:Tephritidae). Brazilian Archives of Biology And technology, v.55, n. 6: pp.827-833, November-December 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 14. | | PARANHOS, B. A. J.; COSTA, M. de L. Z.; OVRUSKI, S. M.; ALVES, R. M.; BLUMMER, L.; WALDER, J. M. M. Offspring in response to parental female densities in the fruit fly parasitoid Diachasmimorpha longicaudata (Hymenoptera: Braconidae: Opiinae). Florida Entomologist, Gainesville, v. 91, n. 4, p. 628-635, dec. 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 15. | | PARANHOS, B. A. J.; ARAÚJO, E. L.; FANCELLI, M.; NORONHA, A. C. da S.; SILVA, L. D.; BARBOSA, F. R.; COSTA, M. de L. Z.; SANCHES, N. F.; WALDER, J. M. M. Controle biológico de pragas em fruteiras tropicais. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 11., 2009, Bento Gonçalves. Tecnologia e conservação ambiental: resumos. [Bento Gonçalves]: Sociedade Entomológica do Brasil: IRGA: Unisinos: Fiocruz, 2009. 1 CD-ROM. Pasta 10/107.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 16. | | PARANHOS, B. A. J.; ARAÚJO, E. L.; FANCELLI, M.; NORONHA, A. C. da S.; SILVA, L. D.; BARBOSA, F. R.; COSTA, M. de L. Z.; SANCHES, N. F.; WALDER, J. M. M. Controle biológico de pragas em fruteiras tropicais. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 11., 2009, Bento Gonçalves. Tecnologia e conservação ambiental: resumos. [Bento Gonçalves]: Sociedade Entomológica do Brasil: IRGA: Unisinos: Fiocruz, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Semiárido. |
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| 17. | | COSTA, M. de L. Z.; WALDER, J. M. M.; ALCARDE, L. D.; COSTA, K. Z.; CANALE, R. A.; MASTRANGELO, T. de A.; KAMIYA, A. C.; PARANHOS, B. A. J. Radiação gama para não emergência de adultos de Anastrepha Fraterculus (Diptera: Tephritidae) na criação do parasitóide Diachasmimorpha longicaudata. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENTOMOLOGIA, 22., 2008, Uberlândia. Ciência, tecnologia e inovação : anais. Viçosa, MG: UFV, 2008. 1 CD-ROM. Resumo 1092-1.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 18. | | PARANHOS, B. A. J.; DONALD, M.; MORELLI, R.; CASTRO, R. M.; GARZIERA, L.; PARANHOS, L. C.; COSTA, K.; GAVA, C. A. T.; COSTA, M. de L. Z.; WALDER, J. M. M. Optimum dose of ginger root oil to treat sterile Ceratitis capitata (Wiedemann) (Diptera: Tephritidae) males. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FRUIT FLIES OF ECONOMIC IMPORTANCE, 8., Valencia, 2010. Abstracts... Valencia: Universitat Politècnica de Valencia, 2010. p. 90.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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