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| Registros recuperados : 290 | |
| 161. |  | COSTA, G. B. da; SANTOS, A. C. dos; SILVA, L. de J. de S.; MENEGHETTI, G. A. Reflexões sobre a permacultura no Amazonas: uma abordagem a partir da experiência do Instituto de Permacultura da Amazônia (IPA). Revista Terceira Margem Amazônia, v. 7, n. 17, p. 207-223, jan./jun. 2021. Edição dos anais do 58º Congresso da Sociedade Brasileira de Economia, Administração e Sociologia Rural (Sober), Manaus, 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 162. | | LIMA, J. P. N. de; COSTA, G. E. T.; SILVA, F. C. da; CASTRO, A. de; YANO, I. H. Sistema de consulta de dados gravados nos blocos da blockchain Ethereum. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA AGRICULTURA DIGITAL, 1., 2022, Campinas. Resumos... Campinas: Embrapa Agricultura Digital, 2022. p. 41. (Embrapa Agricultura Digital. Eventos técnicos & científicos, 1).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 163. | | COSTA, G. E. T.; LIMA, J. P. N. de; YANO, I. H.; SILVA, F. C. da; CASTRO, A. de. Sistema de gestão de custos utilizando Django e Metabase. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA AGRICULTURA DIGITAL, 1., 2022, Campinas. Resumos... Campinas: Embrapa Agricultura Digital, 2022. p. 28-36. (Embrapa Agricultura Digital. Eventos técnicos & científicos, 1).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 164. | | BORGES, F. A.; ROSSINI, J. B.; VELLUDO, P. P.; BUZZULINI, C.; COSTA, G. H.; MOLENTO, M. B.; COSTA, A. J. Weak phenotypic reversion of ivermectin resistance in a field resistant isolate of Haemonchus contortus by verapamil. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 31, n. 9, p. 731-736, set. 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 165. | | NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 203-211, May 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 166. | | MENDES, V. da C.; QUEIROZ, C. A. de; COSTA, G. V. da; BAIA, F. L. J.; BANDEIRA, I. C.; SOUSA, T. F. de; SILVA, G. F. da. Análise in vitro do potencial de bactéria do gênero Streptomyces no biocontrole de fitopatógenos de interesse agrícola. In: CONGRESSO SOBRE DIVERSIDADE MICROBIANA DA AMAZÔNIA, 8., 2023, Manaus. Diversidade microbiana: desafios e oportunidades: anais. Manaus: UFAM: EMBRAPA: UFRR, 2023. p. 112.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 167. | | GUIMARÃES, M. F. M.; FONSECA, I.; COSTA, G. C.; SILVA, P. V.; SILVA, M. V. G. B.; LEITE, J. A.; GUIMARÃES, S. E. F. Análise da expressão gênica de IL-8 e TNF-@ em células do leite de vacas sadias e com mastite. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 6., 2007, Resende. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2007. 1 CD.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 168. | | GOMES, S. S. V. S. F.; BLAWID, R.; COSTA, G. A.; NAGATA, T.; MADEIRA, N. R.; INOUE-NAGATA, A. K. I.; RESENDE, R. O.; ORÍLIO, A. F. A novel cythorhabdorivirus in arracacha (Arracacia Xanthorrhiza). Virus Reviews and Research, v. 20, n. 2, p. 137, 2016. Edição dos resumos do XXVII Brazilian Congress of Virology & XI Mercosur Meeting of Virology, Pirienópolis, GO, 2016. p. 142. Resumo PIV226.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 169. | | SILVA, J. R. da; RIBEIRO, J. B.; COSTA, G. M. da; RIBEIRO, G. R.; SARAIVA, A. M.; BRITO, M. A. V. P. e. Obtenção de linhagens recombinantes de Escheria coli para expressão heteróloga de domínios funcionais de adesinas de Staphylococcus aureus provenientes de mastite bovina. In: CONGRESSO NACIONAL DE LATICÍNIOS, 31., 2017, Juiz de Fora. Anais... Belo Horizonte: EPAMIG, 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 170. | | COSTA, G. R. T.; DIAS, J. G. O.; VALLS, J. F. M.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; BERTIOLI, D. J.; GUIMARÃES, P. M. Obtenção de populações segregantes de acessos selvagens de amendoim para a prospecção de genes de resistência a fungos e nematóides. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 7., 2002, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2002. p. 52.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 171. | | BRANDAO, R. L.; COSTA, G. T.; GONCALVES, M. C. A.; UTIDA, R. H.; SCHAFFERT, R. E.; CARNEIRO, N. P.; CARNEIRO, A. A. Otimização dos parâmetros de transformação transiente de sorgo (Sorghum bicolor) via bombardeamento de micropartículas. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 25.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 1., 2004, Cuiabá, MT. Da agricultura familiar ao agronegócio: tecnologia, competitividade e sustentabilidade: [resumos expandidos]. Sete Lagoas: ABMS: Embrapa Milho e Sorgo; Cuiabá: Empaer, 2004. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 172. | | LIMA, M. L. M.; CUNHA, P. H. J. da; JULIANO, R. S.; GUIMARÃES, C. O.; ABUD, L. J.; COSTA, G. L. Padrão de fermentação ruminal de bovinos recebendo produto homeopático. Ciência Animal Brasileira, v.9, n.4, p.969-975, out/dez. 2008.| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 173. | | JULIANO, R. S.; FIORAVANTI, M. C. S.; JAYME, V. S.; SILVA, L. A. F. da; SERENO, J. R. B.; COSTA, G. L.; ABUD, L. J.; MAGGIOLI, M. F. Ocorrência de anticorpos anti-Brucella abortus e anti-Leptospira interrogans em bovinos da raça curraleiro pé duro. Actas Iberoamericanas de Conservación Animal, v. 7, p. 16-23, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| 174. | | ABUD, L. J.; GUIMARÃES, C. O.; PAULINI, F.; COSTA, G. L.; LOBO, J. R.; SILVA, M. C. da; FIORAVANTI, M. C. S.; SERENO, J. R. B. Perfil metabólico e hematológico de novilhas Nelores criadas no bioma Cerrado no período peri-puberal. Planaltina, DF: Embrapa Cerrados, 2008. 1 folder.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 176. | | FIGUEIREDO, J. E. F.; SILVA, J. A. A.; LANZA, F. E.; COSTA, G. M. C.; RAMOS, T. C. D. de A.; KARAM, D. Efeito in vitro de glyphosate sobre rizobactérias do gênero Bacillus app. In: CONGRESSO BRASILEIRO DA CIÊNCIA DAS PLANTAS DANINHAS, 28., 2012, Campo Grande. A ciência das plantas daninhas na era da biotecnologia: anais. Campo Grande: SBCPD, 2012. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 177. | | FIGUEIREDO, J. E. F.; COSTA, G. M. C.; PACCOLA-MEIRELLES, L. D.; RAMOS, T. C. D. de A.; LANZA, F. E.; CORREA, C. L. Diagnóstico molecular de Pantoea ananatis. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 29., 2012, Águas de Lindóia. Diversidade e inovações na era dos transgênicos: resumos expandidos. Campinas: Instituto Agronômico; Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2012. p. 75-81. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 178. | | LIMA JÚNIOR, J. A. de; PEREIRA, G. M.; GEISENHOFF, L. O.; COSTA, G. G.; VILAS BOAS, R. C.; YURI, J. E. Efeito da irrigação sobre o rendimento prod utivo da alface americana, em cultivo protegido. Revista Brasileira de Engenharia Agrícola e Ambiental, v.14, n.8, p.797–803, ago., 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 179. | | COSTA, G. N. S.; GALDEANO, M. C.; TONON, R. V.; FIGUEIREDO, N. G.; SILVA, C. M.; FREITAS, S. C. de; ALMEIDA, E. L. Bioacessibilidade e potencial antioxidante de um extrato de sementes de uva após digestão gastrointestinal in vitro. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE QUÍMICA, 35.; CONGRESSO BRASILEIRO DE QUÍMICA, 61., 2022, Rio de Janeiro. [Anais...]. On-line: Associação Brasileira de Química, 2022. p. 1-5. CLAQ 2022; 14-18 Novembro.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| 180. | | ABUD, L. J.; ABUD, C. O. G.; COSTA, G. L.; FIORAVANTI, M. C. S.; MARTINS, C. F.; PIMENTEL, C. M. M.; SERENO, J. R. B. Correlation between age, weight and body measures at first pregnancy of nellore heifers. Archives of Veterinary Science, v. 23, n. 3, p. 80-88, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| Registros recuperados : 290 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
27/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
HERAI, R. H.; COSTA, G. G. D. L.; R. JÚNIOR, O.; VIDAL, R. O.; NASCIMENTO, L. C.; PARIZZI, L. P.; PEREIRA, G. G. A.; CARAZZOLLE, M. F. |
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Afiliação: |
LGE/IB/UNICAMP, LBA/CNPTIA; LGE/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP, LNBio; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP, LNBio; LGE/IB/UNICAMP, CENAPAD. |
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Título: |
TORNADO: an automated pipeline for de novo hybrid genome assembly based on free software packages for sanger and next generation sequencing technologies (NGS). |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
p. 119. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2010. |
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Conteúdo: |
Next generation sequence technologies (NGS) made possible to sequence entirely genomes in a fast way and low cost, from unicellular to complex organisms, like plants and mammals. These sequences can be assembled (i ) using a reference genome or by some de novo bioinformatics method, such as Velvet, SOAPDenovo, Edena, ABYSS, GS Assembler 454, Mira and ZORRO. They are mainly based on de Bruijin graphs or, in a few softwares, reads overlapping to form contigs and scaffolds. The involved filtering and assembly step are very sensitive for each type of tool, and can be a key factor to generate the best assembly results. This way, when a set of sequences from distinct technologies exists, from Sanger to NGS, it is necessary the use of distinct assembly strategies for each type of data. Actually, at our knowledge, there is no automated hybrid strategies based on in-use of distinct assembly softwares that can be applied to assembly hybrid data generated by NGS or Sanger platforms. This works presents TORNADO, and automated pipeline for hybrid genome assembly based on free software packages. TORNADO did not proposed new methods for genome assembly. It just uses the best described software strategies for each type of genomic data to perform the hybrid assembly. It was organized in two main modules that are configured by XML file. In the first module, input data are filtered for trimming and experimental artifacts clipping. In the second module, based on sequence type, TORNADO automatically performs the assembly task using Mira for 454 and Sanger reads, Velvet for Illumina/Solexa or Solid/Life Tech reads. Finally, each assembled data are merged in a single assembly using ZORRO. If there are paired-end (mate pairs data) reads, an additional step involves CloseGaps software, which closes the gaps between assembled scaffolds. TORNADO was already applied to assembly hybrid genomic reads from Moniliophthora perniciosa fungi, Witche's broom causal in plant cacao. Results showed that our strategy can works like an useful method to automatically assembly hybrid genome data. TORNADO's was implemented using Java and PERL programming language technologies. MenosNext generation sequence technologies (NGS) made possible to sequence entirely genomes in a fast way and low cost, from unicellular to complex organisms, like plants and mammals. These sequences can be assembled (i ) using a reference genome or by some de novo bioinformatics method, such as Velvet, SOAPDenovo, Edena, ABYSS, GS Assembler 454, Mira and ZORRO. They are mainly based on de Bruijin graphs or, in a few softwares, reads overlapping to form contigs and scaffolds. The involved filtering and assembly step are very sensitive for each type of tool, and can be a key factor to generate the best assembly results. This way, when a set of sequences from distinct technologies exists, from Sanger to NGS, it is necessary the use of distinct assembly strategies for each type of data. Actually, at our knowledge, there is no automated hybrid strategies based on in-use of distinct assembly softwares that can be applied to assembly hybrid data generated by NGS or Sanger platforms. This works presents TORNADO, and automated pipeline for hybrid genome assembly based on free software packages. TORNADO did not proposed new methods for genome assembly. It just uses the best described software strategies for each type of genomic data to perform the hybrid assembly. It was organized in two main modules that are configured by XML file. In the first module, input data are filtered for trimming and experimental artifacts clipping. In the second module, based on sequence type, TORNADO automatic... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bases de dados; Bioinformática. |
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Thesagro: |
Genoma. |
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Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; Computer software; Databases; Genome; Moniliophthora perniciosa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/23820/1/p119.pdf
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Marc: |
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520 $aNext generation sequence technologies (NGS) made possible to sequence entirely genomes in a fast way and low cost, from unicellular to complex organisms, like plants and mammals. These sequences can be assembled (i ) using a reference genome or by some de novo bioinformatics method, such as Velvet, SOAPDenovo, Edena, ABYSS, GS Assembler 454, Mira and ZORRO. They are mainly based on de Bruijin graphs or, in a few softwares, reads overlapping to form contigs and scaffolds. The involved filtering and assembly step are very sensitive for each type of tool, and can be a key factor to generate the best assembly results. This way, when a set of sequences from distinct technologies exists, from Sanger to NGS, it is necessary the use of distinct assembly strategies for each type of data. Actually, at our knowledge, there is no automated hybrid strategies based on in-use of distinct assembly softwares that can be applied to assembly hybrid data generated by NGS or Sanger platforms. This works presents TORNADO, and automated pipeline for hybrid genome assembly based on free software packages. TORNADO did not proposed new methods for genome assembly. It just uses the best described software strategies for each type of genomic data to perform the hybrid assembly. It was organized in two main modules that are configured by XML file. In the first module, input data are filtered for trimming and experimental artifacts clipping. In the second module, based on sequence type, TORNADO automatically performs the assembly task using Mira for 454 and Sanger reads, Velvet for Illumina/Solexa or Solid/Life Tech reads. Finally, each assembled data are merged in a single assembly using ZORRO. If there are paired-end (mate pairs data) reads, an additional step involves CloseGaps software, which closes the gaps between assembled scaffolds. TORNADO was already applied to assembly hybrid genomic reads from Moniliophthora perniciosa fungi, Witche's broom causal in plant cacao. Results showed that our strategy can works like an useful method to automatically assembly hybrid genome data. TORNADO's was implemented using Java and PERL programming language technologies.
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