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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
21/01/2022 |
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Data da última atualização: |
21/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. |
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Afiliação: |
JAQUICELE APARECIDA DA COSTA, UFV; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UFV. |
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Título: |
A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 20, n. 2, p. 1-15, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.4238/gmr18877 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
multicollinearity and high dimensionality problems, making it impossible to obtain stable estimates through the traditional method of estimation based on ordinary least squares. To overcome such challenges, dimensionality reduction methods have been proposed, because of their simple theory and easy application. We compared three dimensionality reduction methods: Principal Components Regression (PCR), Partial Least Squares (PLS), and Independent Components Regression (ICR). An important step for dimensionality reduction and prediction is selecting the number of components, as it affects the linear combinations of the explanatory variables. The linear combinations are inserted into the model to predict the response based on a reduced number of parameters. We examined the criteria for the selection of the number of components. The dimensionality reduction methods were applied to genomic and phenotype data. We evaluated 370 accessions of Asian rice, Oryza sativa, which were genotyped for 36,901 SNPs markers considered to predict the genomic values for the number of panicles per plant trait.This data set presented multicollinearity and high dimensionality. The computational time for each method was also recorded. Among the methods, PCR and ICR gave the highest accuracy values, with ICR standing out for presenting estimates of the least biased genomic values. However, ICR required more computational time than the other methodologies. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Regression analysis. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230432/1/A-comparison-of-regression-methods.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Pantanal. Para informações adicionais entre em contato com cpap.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pantanal. |
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Data corrente: |
10/08/1999 |
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Data da última atualização: |
28/03/2017 |
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Autoria: |
ABREU, U. G. P. de; CHALITA L. V. S.; MORAES, A. S. de; LOUREIRO, J. M. F.; COMASTRI FILHO, J. A. |
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Afiliação: |
EMBRAPA Pantanal (Corumba, MS); UNESP/Botucatu (Botucatu, SP). |
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Título: |
Sistema de criacao de bovinos de corte no Pantanal - sub-regiao da Nhecolandia, MS: frequencia de concepcao e reconcepcao. |
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Ano de publicação: |
1999 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIAO ANUAL SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 36., 1999, Porto Alegre. Anais. Porto Alegre: SBZ, 1999. CD-rom. |
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Páginas: |
4p. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A pecuaria de corte do Pantanal e desenvolvida em criatorios extensivos no quais os efeitos de chuvas/enchentes sobre as pastagens nativas possuem reflexos marcantes sobre as frequencias de concepcao e reconcepcao. Foram monitoradas tres estacoes de paricoes (94/95, 95/96 e 96/97), com objetivo de avaliar as frequencias de concepcao e reconcepcao. Os dados foram analisados utilizando-se o procedimento PROBIT do sistema de programa SAS. A frequencia de concepcao foi influenciada significativamente (p<0,01) pelo efeito de invernada e mes de paricao, alem da covariavel (p<0,05) precipitacao na epoca de concepcao. As diferencas entre invernadas e meses refletem a disponibilidade de forrageiras nativas e a interacao destas, com o ciclo das chuvas. A frequencia de reconcepcao foi influenciada significativamente pelo efeito de ano (p<0,05) e mes (p<0,05). A covaravel ciclo de chuvas nao foi significativo. O efeito de ano foi significativo apos a retirada da covariavel demonstrando que o efeito possui uma forte associacao a variacao climatica. |
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Palavras-Chave: |
Brasil; Breeding system; Introducao de tecnologia; Monitoramento de fazendas; Ranch monitoring; Sistema extensivo. |
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Thesaurus NAL: |
Brazil; Pantanal. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aA pecuaria de corte do Pantanal e desenvolvida em criatorios extensivos no quais os efeitos de chuvas/enchentes sobre as pastagens nativas possuem reflexos marcantes sobre as frequencias de concepcao e reconcepcao. Foram monitoradas tres estacoes de paricoes (94/95, 95/96 e 96/97), com objetivo de avaliar as frequencias de concepcao e reconcepcao. Os dados foram analisados utilizando-se o procedimento PROBIT do sistema de programa SAS. A frequencia de concepcao foi influenciada significativamente (p<0,01) pelo efeito de invernada e mes de paricao, alem da covariavel (p<0,05) precipitacao na epoca de concepcao. As diferencas entre invernadas e meses refletem a disponibilidade de forrageiras nativas e a interacao destas, com o ciclo das chuvas. A frequencia de reconcepcao foi influenciada significativamente pelo efeito de ano (p<0,05) e mes (p<0,05). A covaravel ciclo de chuvas nao foi significativo. O efeito de ano foi significativo apos a retirada da covariavel demonstrando que o efeito possui uma forte associacao a variacao climatica.
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Embrapa Pantanal (CPAP) |
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