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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
13/12/2018 |
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Data da última atualização: |
23/06/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PESSOA FILHO, M. A. C. de P.; SOUZA SOBRINHO, F. de; FRAGOSO, R. da R.; SILVA JUNIOR, O. B. da; FERREIRA, M. E. |
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Afiliação: |
MARCO AURELIO CALDAS DE PINHO PESSO, CPAC; FAUSTO DE SOUZA SOBRINHO, CNPGL; RODRIGO DA ROCHA FRAGOSO, CPAC; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, Cenargen; MARCIO ELIAS FERREIRA, SIRE. |
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Título: |
A draft genome assembly for the forage grass Urochloa ruziziensis based on single-molecule real-time sequencing. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype phasing, polishing, assembly curation and Hi-C scaffolding. A high-quality genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses. MenosABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype p... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; De novo Assembly; Montagem de sequência de DNA. |
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Thesagro: |
Brachiaria Ruziziensis; Genoma; Pastagem. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/186953/1/920-apagar.pdf
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Marc: |
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520 $aABSTRACT: Ruzigrass (Urochloa ruziziensis) is a diploid, tropical forage grass native to Africa, widely planted in Brazil, and known for its high nutritional quality. It is closely related to other important forage species of Urochloa, playing a crucial role in the breeding program of brachiaria grasses, which is mostly focused on inter-specific hybrids. Previous studies from our group based on shallow Illumina sequencing resulted in the development of the first molecular markers for the species, as well as in assessments of germplasm diversity and structure. Assembly and analysis of complete plastid genomes for four Urochloa species allowed the characterization of their phylogenetic divergence. Here, we strengthen the set of genomic tools for tropical forage grasses by assembling long reads into a first draft for the nuclear genome of the heterozygous clone C69. We used PacBio Sequel to generate over 13.3 million raw reads (mean size 6.5 kbp), adding up to 87.5 Gbp of raw data (~142x coverage). The current assembly using FALCON contains ~1.02 Gbp in 7,628 primary contigs, with NG50 of 412 kbp. It covers almost twice the size of the estimated haploid genome size of 615 Mbp for ruzigrass, indicating that haplotypes were assembled separately. In addition, RNA-seq data was obtained, totaling 258 million reads and 26 Gbp of raw data. These will allow transcriptome characterization for different tissues and aid gene prediction and annotation. Ongoing research includes haplotype phasing, polishing, assembly curation and Hi-C scaffolding. A high-quality genome assembly for ruzigrass will aid research groups in the development and application of genomic tools in breeding and genetics of brachiaria grasses.
650 $aBrachiaria Ruziziensis
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Pantanal. Para informações adicionais entre em contato com cpap.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pantanal. |
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Data corrente: |
26/03/1996 |
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Data da última atualização: |
06/04/2017 |
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Autoria: |
COMASTRI FILHO, J. A.; POTT, A. |
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Afiliação: |
EMBRAPA. Centro de Pesquisa Agropecuaria do Pantanal (Corumba, MS). |
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Título: |
Introducao e avaliacao de forrageiras no Pantanal Mato-Grossense: II.em "Cordilheira" semidesmatada na parte central da sub-regiao da Nhecolandia. |
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Ano de publicação: |
1993 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIAO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 30., 1993, Riode Janeiro. Anais... Niteroi: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 1993. p.83. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Para minimizar o problema de alimentacao do rebanho bovino da Nhecolandia, oriundo da estacionalidade das pastagens nativas da regiao com baixa qualidade no periodo seco, e, principalmente, baixa disponibilidade e reduzido periodo de utilizacao, devido a inundacao do Pantanal, pecuaristas vem estabelecendo pastagens cultivadas em areas altas, nao suscetivel a inundacao, "cordilheira". Objetivando reduzir a perda de nutrientes do solo constatada em "cordilheira" desmatada, o Centro de Pesquisa Agropecuaria do Pantanal desenvolveu um trabalho de introducao e avaliacao de forrageiras para selecionar especies que se adaptam as condicoes ecologicas de "cordilheira" semidesmatada com vegetacao de cerrado. Neste ambiente,onde eliminou-se apenas a vegetacao do estratoinferior e as arvores com diametro inferior a 20 cm, foram testadas 37 gramineas e 50 leguminosas introduzidas em parcelas de 1,5 x 3,0 m. Para cada especie foram utilizadas duas parcelas, com adubo (CA) e sem adubo (SA), divididas transversalmente, onde uma metade se destinava a determinacao da producao e a outra, intacta, para observacoes fenologicas, sendo cortada apos as plantas terem completado seu ciclo vegetativo anual. Os criterios tecnicos de avaliacao basearam-se em parametros convencionais (materia seca, capacidade de rebrota, altura da planta, tolerancia a seca, resistencia a pragas e doencas, producao de sementes e persistencia, vigor de plantula), acrescentados de quantificacoes, que permitem o calculo do indice de avaliacao das forrageiras ... MenosPara minimizar o problema de alimentacao do rebanho bovino da Nhecolandia, oriundo da estacionalidade das pastagens nativas da regiao com baixa qualidade no periodo seco, e, principalmente, baixa disponibilidade e reduzido periodo de utilizacao, devido a inundacao do Pantanal, pecuaristas vem estabelecendo pastagens cultivadas em areas altas, nao suscetivel a inundacao, "cordilheira". Objetivando reduzir a perda de nutrientes do solo constatada em "cordilheira" desmatada, o Centro de Pesquisa Agropecuaria do Pantanal desenvolveu um trabalho de introducao e avaliacao de forrageiras para selecionar especies que se adaptam as condicoes ecologicas de "cordilheira" semidesmatada com vegetacao de cerrado. Neste ambiente,onde eliminou-se apenas a vegetacao do estratoinferior e as arvores com diametro inferior a 20 cm, foram testadas 37 gramineas e 50 leguminosas introduzidas em parcelas de 1,5 x 3,0 m. Para cada especie foram utilizadas duas parcelas, com adubo (CA) e sem adubo (SA), divididas transversalmente, onde uma metade se destinava a determinacao da producao e a outra, intacta, para observacoes fenologicas, sendo cortada apos as plantas terem completado seu ciclo vegetativo anual. Os criterios tecnicos de avaliacao basearam-se em parametros convencionais (materia seca, capacidade de rebrota, altura da planta, tolerancia a seca, resistencia a pragas e doencas, producao de sementes e persistencia, vigor de plantula), acrescentados de quantificacoes, que permitem o calculo do ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Forrageira; Pasture. |
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Thesagro: |
Pastagem. |
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Thesaurus NAL: |
forage; Pantanal. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pantanal (CPAP) |
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