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25. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; URBINATI, I.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; SCHENKEL, F. S.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Genome-wide association study on long-yearling scrotal circumference in Canchim cattle. In:WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings...Vancouver: WCGALP: Amarican Society of Animal Science, 2014. Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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26. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | RAGOGNETTI, B. do N. N; STAFUZZA, N. B.; SILVA, T. B. R. da; CHUD, T. C. S.; GRUPIONI, V. A. R.; CRUZ, V. A. R.; DANTAS, J. de O.; NONES, K.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Genetic parameters and mapping quantitative trait loci associated with tibia traits in broilers. Genetics and Molecular Research, v. 14, n. 4, p. 17544-17554, 2015. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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27. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | BRAGA, L. G.; CHUD, T. C. S.; WATANABE, R. N.; SAVEGNAGO, R. P.; SENA, T. M.; CARMO, A. S. do; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; SILVA, M. V. G. B.; MUNARI, D. P. Identification of copy number variations in the genome of Dairy Gir cattle. PLoS ONE, v. 18, n. 4, e0284085, 2023. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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28. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; SANTOS, D. J. A.; BERNARDES, P. A.; SILVA, T. B. R.; MUDADU, M. A.; REGITANO, L. C. A.; SILVA, M. V. G. B.; LI, C.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M.; MUNARI, D. P. Admixture analysis in Brazillian synthetic cattle. In: ADSA ASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2015, Orlando. Proceedings... Orlando: ADSA: ASAS, 2015. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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29. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Plos One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. Artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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30. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 80-81, 2017. Edição dos abstracts do Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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31. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B. Single nucleotide variants and indels identified from whole-genome resequencing of Gyr, Girolando, and Holstein cattle breeds. Journal of Animal Science, v. 95, p. 80-81, 2017. Suplemento 4, Resumo 164. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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32. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | ROSA, J. O.; VENTURINI, G. C.; CHUD, T. C. S.; PIRES, B. C.; BUZANSKAS, M. E.; STAFUZZA, N. B.; FURQUIM, G. R.; CRUZ, V. A. R. da; SCHMIDT, G. S.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; LIMA, V. F. M. H. de; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P. Bayesian inference of genetic parameters for reproductive and performance traits in white leghorn hens. Czech Journal of Animal Science, v. 63 n. 6, p. 230-236, 2018. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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33. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MOKRY, F. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. BMC Genomics, v. 16, n. 99, 2015. 10 p. Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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34. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Journal of Animal Science and Biotechnology, v. 8, p. 1-10, 2017. Artigo 67. Na publicação: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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35. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetiv variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 81, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017. Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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36. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R. S.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potencial loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, n. 4, p. 81, 2017. Edição dos abstracts do of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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37. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; BUZANSKAS, M. E.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. Genetic variants with potential loss of function in Gyr, Girolando, and Guzerat cattle breeds by resequencing. Journal of Animal Science, v. 95, p. 81, 2017. Suplemento 4, Resumo 165. Edição de Abstracts do ASAS-CSAS Annual Meeting and Trade Show, Baltimore, 2017. Na publicação: A. Zerlotini, M. V. G. B. da Silva. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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38. | ![Imagem marcado/desmarcado](/consulta/web/img/desmarcado.png) | BUZANSKAS, M. E.; VENTURA, R. V.; CHUD, T. C. S.; BERNARDES, P. A.; SANTOS, D. J. de A.; REGITANO, L. C. de A.; ALENCAR, M. M. de; MUDADU, M. de A.; ZANELLA, R.; SILVA, M. V. G. B.; LI, C.; SCHENKE, F. S.; MUNARI, D. P. Study on the introgression of beef breeds in canchim cattle using single nucleotide polymorphism markers. Plos one, v. 12, p. 1-16, 2017. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Registros recuperados : 38 | |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
26/11/2015 |
Data da última atualização: |
15/03/2023 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MOKRY, F. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. |
Afiliação: |
TATIANE C. S. CHUD, UNESP; RICARDO V. VENTURA, UNESP; FLAVIO S. SCHENKEL, University of Guelph; ROBERTO CARVALHEIRO, UNESP; MARCOS E. BUZANSKAS, UNESP; JAQUELINE O. ROSA, UNESP; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; FABIANA B. MOKRY, Federal University of São Carlos; CINTIA RIGHETTI MARCONDES, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; DANÍSIO P. MUNARI, UNESP. |
Título: |
Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 16, n. 99, 2015. |
Páginas: |
10 p. |
DOI: |
10.1186/s12863-015-0251-7 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Genotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K), Illumina-BovineLD (6K), GeneSeek-Genomic-Profiler (GGP) BeefLD (GGP9K), GGP-IndicusLD (GGP20Ki), Illumina-BovineSNP50 (50K), GGP-IndicusHD (GGP75Ki), and GGP-BeefHD (GGP80K) to Illumina-BovineHD (HD) SNP panels were investigated. Seven scenarios for reference and target populations were tested; the animals were grouped according with birth year (S1), genetic groups (S2 and S3), genetic groups and birth year (S4 and S5), gender (S6), and gender and birth year (S7). Analyses were performed using FImpute and BEAGLE software and computation run-time was recorded. Genotype imputation accuracy was measured by concordance rate (CR) and allelic R square (R2). |
Palavras-Chave: |
Canchim breed; Crossbred cattle; Genomic data; Low density panel. |
Thesaurus NAL: |
single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134135/1/regitano4.pdf
|
Marc: |
LEADER 02356naa a2200337 a 4500 001 2029694 005 2023-03-15 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1186/s12863-015-0251-7$2DOI 100 1 $aCHUD, T. C. S. 245 $aStrategies for genotype imputation in composite beef cattle.$h[electronic resource] 260 $c2015 300 $a10 p. 520 $aGenotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K), Illumina-BovineLD (6K), GeneSeek-Genomic-Profiler (GGP) BeefLD (GGP9K), GGP-IndicusLD (GGP20Ki), Illumina-BovineSNP50 (50K), GGP-IndicusHD (GGP75Ki), and GGP-BeefHD (GGP80K) to Illumina-BovineHD (HD) SNP panels were investigated. Seven scenarios for reference and target populations were tested; the animals were grouped according with birth year (S1), genetic groups (S2 and S3), genetic groups and birth year (S4 and S5), gender (S6), and gender and birth year (S7). Analyses were performed using FImpute and BEAGLE software and computation run-time was recorded. Genotype imputation accuracy was measured by concordance rate (CR) and allelic R square (R2). 650 $asingle nucleotide polymorphism 653 $aCanchim breed 653 $aCrossbred cattle 653 $aGenomic data 653 $aLow density panel 700 1 $aVENTURA, R. V. 700 1 $aSCHENKEL, F. S. 700 1 $aCARVALHEIRO, R. 700 1 $aBUZANSKAS, M. E. 700 1 $aROSA, J. O. 700 1 $aMUDADU, M. de A. 700 1 $aSILVA, M. V. G. B. 700 1 $aMOKRY, F. B. 700 1 $aMARCONDES, C. R. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 700 1 $aMUNARI, D. P. 773 $tBMC Genomics$gv. 16, n. 99, 2015.
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Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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