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| Registros recuperados : 78 | |
| 41. |  | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; PETRINI, J.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURÃO, G. B.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A missense mutation in the MYBPH gene is associated with abdominal fat traits in meat-type chickens. Frontiers in Genetics, v. 12, n. 698163, 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 42. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10.; 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. Não paginado. WCGALP 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 43. | | NOVAIS, F. J. DE; YU, H.; CESAR, A. S. M.; MOMEN, M.; POLETI, M. D.; PETRY, B.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; MOROTA, G.; COUTINHO, L. L. Multi-omic data integration for the study of production, carcass, and meat quality traits in Nellore cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 948240, oct. 2022. 14 p.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 44. | | POLETI, M. D.; REGITANO, L. C. de A.; SOUZA, G. H. M. F.; CESAR, A. S. M.; SIMAS, R. C.; VIGNATTO, B. S.; MONTENEGRO, H.; PÉRTILLE, F.; BALIEIRO, J. C. C.; CAMERON, L. C.; ELER, J. P.; COUTINHO, L. L. Proteome alterations associated with the oleic acid and cis-9, trans-11 conjugated linoleic acid content in bovine skeletal muscle. Journal of Proteomics, v. 222, p. 1-14, e103792, jun. 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 45. | | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; KOLTES, J.; FRITZ-WATERS, E. R.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P. D.; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L. Transcriptome profile in Longissimus dorsi muscle from Nellore steers with extreme GEBV for intramuscular fat percentage. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.07.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 46. | | MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PÉRTILLE, F.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; GODOY, T. F.; LEDUR, M. C.; REECY, J. M.; GARRICK, D. J.; COUTINHO, L. L. Unraveling genomic associations with feed efficiency and body weight traits in chickens through an integrative approach. BMC Genetics, v. 20, n. 83, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 47. | | SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. In: ANNUAL INTERNACIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 23.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 14., 2015, Dublin. Posters... [S.l.]: International Society for Computacional Biology, [2015]. Não paginado. ISMB/ECCB 2015. Pôster D17.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 48. | | SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C. Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 11.; BRAZILIAN SYMPOSIUM OF BIOINFORMATICS, 2015, São Paulo. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2015. p. 197. X-meeting 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 49. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 50. | | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; WATERS, E. F.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. Association of skeletal muscle transcripts with fatty acid content in Nellore cattle. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 35., 2016, Salt Lake City. Proceedings... Salt Lake City: ISAG, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 51. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. de S.; ANDRADE, B. G.; KOLTES, J. E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression networks reveal potential regulatory roles of miRNAs in fatty acid composition of nelore cattle. Frontiers in Genetics, v. 10, p. 1-14, July 2019. Article 651. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C.A. Regitano.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 52. | | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; MOURÃO, G. B.; TULLIO, R. R.; LANNA, D. P. D.; NASSU, R. T.; MUDADU, M. de A.; OLIVEIRA, P. S. N.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; ALENCAR, M. M. de; SONSTEGRAD, T. S.; GARRICK, D. J.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. Genome-wide association study for intramuscular fat deposition and composition in Nellore cattle. BMC Genetics, v. 15, p. 39, 2014| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 53. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 11., 2018, Auckland. Proceedings... [S.l.: s.n.], 2018. 5 p. Na publicação: A. Zerlotini, L. C. A. Regitano. WCGALP 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 54. | | SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOOCK PRODUCTION, 2018, Auckland, New Zealand. proceedings... Auckland, New Zealand: Massey University, 2018, v. 892.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 55. | | CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; BANERJEE, P.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N. B; MALHEIROS, J. M.; ZERLOTINI NETO, A.; VIEIRA, D. da S.; FERNANDES, A. C.; CESAR, A. S. M.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Integration of different omics layers with SNP-SNP interaction networks associated with methane emission in nelore cattle. In: BRAZILIAN CONGRESS OF GENETICS, 67., 2022, Natal. [Abstracts]. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2022. p. 247. e-book. Na publicação: Adhemar Zerlotini.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 56. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A. An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Scientific Reports, v. 8, p. 1-12, 2018. Article number: 17072. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C. A. Regitano.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 57. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A. An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Scientific Reports, v. 8, n. 17072, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 58. | | AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; SHIM, W. J.; CARDOSO, T. F.; BRUSCADIN, J. J.; LIMA, A. O. de; DINIZ, W. J. S.; SILVA-VIGNATO, B.; TAN, W. L. A.; CESAR, A. S. M.; BODEN, M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Epigenetic repression of genes associated with ribeye area of nelore cattle. In: CONFERENCE OF THE ASSOCIATION FOR THE ADVANCEMENT OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, 25., 2023, Perth. Animal breeding at the crossroads: proceedings. Armidale: Association for the Advancement of Animal Breeding and Genetics, 2023. p. 206-209. AAABG 2023. Na publicação: A. Zerlotini.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 59. | | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; FELICIO, A. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; FRITZ-WATERS, E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. Differences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content. BMC Genomics, London, v. 17, p. 1-16, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 60. | | CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; FELICIO, A. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; WATERS, E. F.; MOURAO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L. Differences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content. BMC Genomics, v. 17, n. 961, p. 1-16, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| Registros recuperados : 78 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
09/10/2020 |
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Data da última atualização: |
09/10/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; ROCHA, M. I. P.; BRUSCADIN, J. J.; DINIZ, W. J. da S.; CARDOSO, T. F.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; ANDRADE, B. G. N.; MUDADU, M. de A.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
MARCELA MARIA DE SOUZA, UFSCar; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCar; JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCar; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, UFSCar; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; ALINE SILVA MELLO CESAR, ESALQ/USP; JULIANA AFONSO, UFSCar; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, UFSCar; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CNPTIA; FABIANA BARICHELLO MOKRY, UFSCar; POLYANA CRISTINE TIZIOTO, NGS Soluções Genômicas, Piracicaba; PRISCILA SILVA NEUBERN DE OLIVEIRA; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, ESALQ/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-11, 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Na publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204. |
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Conteúdo: |
Differences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits. |
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Palavras-Chave: |
Allele-specific expression; Allelic expression; Expressão gênica; Regulação da expressão gênica. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus NAL: |
Gene expression regulation. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216548/1/AP-Allele-specific-2020.pdf
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Marc: |
LEADER 02698naa a2200397 a 4500
001 2125395
005 2020-10-09
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1038/S41598-020-67089-0$2DOI
100 1 $aSOUZA, M. M. de
245 $aAllele-specific expression is widespread in Bos indicus muscle and affects meat quality candidate genes.$h[electronic resource]
260 $c2020
500 $aNa publicação: Adhemar Zerlotini. Article number: 10204.
520 $aDifferences between the expression of the two alleles of a gene are known as allele-specific expression (ASE), a common event in the transcriptome of mammals. Despite ASE being a source of phenotypic variation, its occurrence and effects on genetic prediction of economically relevant traits are still unexplored in bovines. Furthermore, as ASE events are likely driven by cis-regulatory mutations, scanning them throughout the bovine genome represents a significant step to elucidate the mechanisms underlying gene expression regulation. To address this question in a Bos indicus population, we built the ASE profile of the skeletal muscle tissue of 190 Nelore steers, using RNA sequencing data and SNPs genotypes from the Illumina BovineHD BeadChip (770 K bp). After quality control, 820 SNPs showed at least one sample with ASE. These SNPs were widespread among all autosomal chromosomes, being 32.01% found in 3'UTR and 31.41% in coding regions. We observed a considerable variation of ASE profile among individuals, which highlighted the need for biological replicates in ASE studies. Functional analysis revealed that ASE genes play critical biological functions in the development and maintenance of muscle tissue. Additionally, some of these genes were previously reported as associated with beef production and quality traits in livestock, thus indicating a possible source of bias on genomic predictions for these traits.
650 $aGene expression regulation
650 $aBos Indicus
653 $aAllele-specific expression
653 $aAllelic expression
653 $aExpressão gênica
653 $aRegulação da expressão gênica
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aROCHA, M. I. P.
700 1 $aBRUSCADIN, J. J.
700 1 $aDINIZ, W. J. da S.
700 1 $aCARDOSO, T. F.
700 1 $aCESAR, A. S. M.
700 1 $aAFONSO, J.
700 1 $aANDRADE, B. G. N.
700 1 $aMUDADU, M. de A.
700 1 $aMOKRY, F. B.
700 1 $aTIZIOTO, P. C.
700 1 $aOLIVEIRA, P. S. N. de
700 1 $aNICIURA, S. C. M.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tScientific Reports$gv. 10, n. 1, p. 1-11, 2020.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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