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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
03/05/2024 |
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Data da última atualização: |
03/05/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VIEIRA, J. I. G.; BRAGA, L. G.; CHU, T. C. S.; FERREIRA, P. H.; GUIMARÃES, S. E. F.; MARTINS, M. F.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; SILVA, D. B. dos S.; BONAFÉ, C. M.; MAGALHÃES, A. F. B.; SILVA, M. V. G. B.; VERARDO, L. L. |
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Afiliação: |
JOÃO INÁCIO GOMES VIEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI; LARISSA GRACIANO BRAGA, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; TATIANE C. S. CHU, PEAK, URUS GROUP; PABLO HENRIQUE FERREIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI; SIMONE ELIZA FACIONI GUIMARÃES, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; JOAO CLAUDIO DO CARMO PANETTO, CNPGL; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; DANIELLY BERALDO DOS SANTOS SILVA, UNIVERSIDADE PROF. EDSON ANTÔNIO VELANO; CRISTINA MOREIRA BONAFE, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI; ANA FABRÍCIA BRAGA MAGALHÃES, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; LUCAS LIMA VERARDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DOS VALES DO JEQUITINHONHA E MUCURI. |
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Título: |
Resequencing of Brazilian locally adapted cattle breeds revealed variants in candidate genes and transcription factors for meat fatty acid profile. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Breeding and Genetics, 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1111/jbg.12869 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
First online. |
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Conteúdo: |
The beef cattle industry has experienced a shift driven by a market demand for healthier meat, cost efficiency and environmental sustainability in recent years. Consequently, there has been a growing focus on the fatty acids content and functions of meat in cattle breeding programmes. Besides, a deeper understanding of the biological mechanisms influencing the expression of different phenotypes related to fatty acid profiles is crucial. In this study, we aimed to identify Single-Nucleotide Variants (SNV) and Insertion/Deletion (InDels) DNA variants in candidate genes related to fatty acid profiles described in genomic, transcriptomic and proteomic studies conducted in beef cattle breeds. Utilizing whole-genome re-sequencing data from Brazilian locally adapted bovine breeds, namely Caracu and Pantaneiro, we identified SNVs and InDels associated with 23,947 genes. From these, we identified 318 candidate genes related to fatty acid profiles that contain variants. Subsequently, we select only genes with SNVs and InDels in their promoter, 5' UTR and coding region. Through the gene-biological process network, approximately 19 genes were highlighted. Furthermore, considering the studied trait and a literature review, we selected the main transcription factors (TF). Functional analysis via gene-TF network allowed us to identify the 30 most likely candidate genes for meat fatty acid profile in cattle. LIPE, MFSD2A and SREBF1 genes were highlighted in networks due to their biological importance. Further dissection of these genes revealed 15 new variants found in promoter regions of Caracu and Pantaneiro sequences. The gene networks facilitated a better functional understanding of genes and TF, enabling the identification of variants potentially related to the expression of candidate genes for meat fatty acid profiles in cattle. MenosThe beef cattle industry has experienced a shift driven by a market demand for healthier meat, cost efficiency and environmental sustainability in recent years. Consequently, there has been a growing focus on the fatty acids content and functions of meat in cattle breeding programmes. Besides, a deeper understanding of the biological mechanisms influencing the expression of different phenotypes related to fatty acid profiles is crucial. In this study, we aimed to identify Single-Nucleotide Variants (SNV) and Insertion/Deletion (InDels) DNA variants in candidate genes related to fatty acid profiles described in genomic, transcriptomic and proteomic studies conducted in beef cattle breeds. Utilizing whole-genome re-sequencing data from Brazilian locally adapted bovine breeds, namely Caracu and Pantaneiro, we identified SNVs and InDels associated with 23,947 genes. From these, we identified 318 candidate genes related to fatty acid profiles that contain variants. Subsequently, we select only genes with SNVs and InDels in their promoter, 5' UTR and coding region. Through the gene-biological process network, approximately 19 genes were highlighted. Furthermore, considering the studied trait and a literature review, we selected the main transcription factors (TF). Functional analysis via gene-TF network allowed us to identify the 30 most likely candidate genes for meat fatty acid profile in cattle. LIPE, MFSD2A and SREBF1 genes were highlighted in networks due to their biological ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Pós-ômica; Sequenciamento genômico. |
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Thesagro: |
Bovino; Genética Animal; Genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 47 | |
| 2. |  | RANDIG, O.; CARNEIRO, R. M. D. G.; CASTAGNONE SERENO, P. Identificação das principais espécies de Melodogyne parasitas do cafeeiro no Brasil com marcadores scar-café em multiplex-PCR. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 29, supl., p. S81, ago. 2004. Edição dos Resumos do XXXVII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Gramado, RS, ago. 2004.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 6. | | MUNIZ, M. de F. S.; CAMPOS, V. P.; CASTAGNONE SERENO, P.; ALMEIDA, M. R. A.; CARNEIRO, R. M. D. G. Diversidade de populações de Meloidogyne exigua provenientes do cafeeiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas: anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | RANDIG, O.; DEAU, F.; SANTOS, M. F. A. dos; TIGANO, M. S.; CARNEIRO, R. M. D. G.; CASTAGNONE-SERENO, P. A novel species-specific satellite DNA family in the invasive root-knot nematode Meloidogyne mayaguensis and its potential use for diagnostics. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF TROPICAL NEMATOLOGY, 2., 2009, Maceió. Abstracts... Maceió: ONTA: SBN, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 9. | | MATTOS, V. S.; FURLANETO, C.; ALMEIDA, M. R. A.; CASTAGNONE SERENO, P.; CARNEIRO, R. M. D. G. Variabilidade genética de isolados de Meloidogyne incognita patogênicas ao algodoeiro por meio de marcadores moleculares. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 29., 2011, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Nematologia, 2011. p. 193-194.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 10. | | MATTOS, V. S.; SANTOS, M. F. A.; SAUZA, D. A.; GOMES, C. B.; CASTAGNONE-SERENO. P.; CARNEIRO, R. M. D. G. Caracterização molecular e filogenética de espécies crípticas de Meloidogyne associadas ao arroz irrigado no Sul do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 36, 2019, Caldas Novas. Nematoides: da Ciência ao Campo. [Anais, palestras e resumos]. Campinas: Infobibos, 2019. Molecular and phylogenetic characterization of cryptic Meloidogyne spp. associated with irrigated rice.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 11. | | MATTOS, V. S.; SANTOS, M. F. A.; SOUZA, D. A.; GOMES, C. B.; CASTAGNONE-SERENO. P.; CARNEIRO, R. M. D. G. Caracterização molecular e filogenética de espécies crípticas de Meloidogyne associadas ao arroz irrigado no Sul do Brasil. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA, 36, 2019, Caldas Novas. Nematoides: da Ciência ao Campo. [Anais, palestras e resumos]. Campinas: Infobibos, 2019.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 12. | | NEGRETTI, R. R. R. D.; GOMES, C. B.; MATTOS, V. S.; SOMAVILLA, L.; MANICA-BERTA, R.; AGOSTINETTO, D.; CASTAGNONE-SERENO, P.; CARNEIRO, R. M. D. G. Characterisation of a Meloidogyne species complex parasitising rice in southern Brazil. Nematology, v. 20, p. 1-10, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | SANTOS, M. F. A.; SIQUEIRA, K. M. S.; QUEIROZ, P. F.; SILVA, J. G. P.; CASTAGNONE-SERENO, P.; TIGANO, M. S.; CARNEIRO, R. M. D. G. Desenvolvimento de marcadores SCAR para identificação de Meloidogyne mayaguensis. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 064. p. 105| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 14. | | MATTOS, V. S.; LEITE, R. R.; SANTOS, M. F. A.; GOMES, C. B.; CASTAGNONE-SERENO, P.; CARES, J. E.; CARNEIRO, R. M. D. G. Genetic diversity of Meloidogyne spp. from rice and identification of multiresistant sources in Oryza spp. accessions. Plant Pathology, v. 70, n. 9, p. 2217-2228, Dec. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | TIGANO, M. S.; SIQUEIRA, K. de; CASTAGNONE-SERENO, P.; MULET, K.; QUEIROZ, P. R.; SANTOS, M. DOS; TEIXEIRA, C.; ALMEIDA, M. R. A.; CARNEIRO, R. M. D. G. Genetic diversity of the root-knot nematode Meloidogyne enterolobii and development of a SCAR marker for this guava-damaging species. Plant Patholog, v.59, n.6, p. 1054-1061, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | CORREA, V. R; CARNEIRO, R. M. D. G.; ALMEIDA, M. R. A.; GOMES, A. C. M. M.; DEIMI, A. M.; CASTAGNONE-SERENO, P.; KARSSEN, G. Meloidogyne luci (Nematoda: Meloidogynidae), a root-knot nematode parasitizing different crops in Brazil, Chile and Iran. Journal of Nematology, v. 46, n. 2, p. 147-148, June 2014. Edição dos Proceedings do 6th International Congress of Nematology, Cape Town, South Africa, May 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | CARNEIRO, R. M. D. G.; CORREA, V. R.; ALMEIDA, M. R. A.; GOMES, A. C. M. M.; DEIMI, A. M.; CASTAGNONE-SERENO, P.; KARSSEN, G. Meloidogyne luci n. sp. (Nematoda: Meloidogynidae), a root-knot nematode parasitising different crops in Brazil, Chile and Iran. Nematology, v. 16, 289-301, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 18. | | MUNIZ, M. F. S.; CAMPOS, V. P.; CASTAGNONE-SERENO, P.; CASTRO, J. M. da C. e; ALMEIDA, M. R. A.; CARNEIRO, R. M. D. G. Diversity of Meloidogyne exigua (Tylenchida: Meloidogynidae) populations from coffee and rubber tree. In: REUNIÓN ANUAL, 39., 2007, Córdoba, Argentina. Programa y resumenes. Córdoba: ONTA, 2007. p. 85-86.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 19. | | MUNIZ, M. de F. S.; CAMPOS, V. P.; CASTAGNONE SERENO, P.; CASTRO, J. M. da C. e; ALMEIDA, M. R. A.; CARNEIRO, R. M. D. G. Diversity of Meloidogyne exigua (Tylenchida; Meloidogynidae) populations from coffee and rubber tree. Nematology, v. 10, n. 6, p. 897-910, 2008.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | LOPES, C. M. L.; CARES, J. E.; PERINA, F. J.; NASCIMENTO, G. F.; MENDONÇA, J. S. F.; MOITA, A. W.; CASTAGNONE-SERENO, P.; CARNEIRO, R. M. D. G. Diversity of Meloidogyne incognita populations from cotton and aggressiveness to Gossypium spp. accessions. Plant Pathology, v. 68, p. 816-824, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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