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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
22/09/2008 |
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Data da última atualização: |
24/05/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
FEITOSA, L. F.; CARVALHO, H. W. L. de; OLIVEIRA, I. R. de; PACHECO, C. A. P.; ROCHA, L. M. P. da; LIRA, M. A.; MELLO, K. E. de O.; TABOSA, J. N. |
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Afiliação: |
Lívia F. Feitosa, CNPq; HELIO WILSON LEMOS DE CARVALHO, CPATC; IVENIO RUBENS DE OLIVEIRA, CPATC; CLESO ANTONIO PATTO PACHECO, CNPMS; LEONARDO MELO PEREIRA DA ROCHA, CNPMS; Marcelo A. Lira; Kátia E. de O. Melo; José N. Tabosa. |
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Título: |
Adaptabilidade e estabilidade de cultivares de milho na Zona Agreste do Nordeste Brasileiro no biênio 2006/2007. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, produção de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo: trabalhos e palestras. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Palavras-Chave: |
Adaptação; Previsibilidade. |
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Thesagro: |
Zea Mays. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/50236/1/Adaptabilidade-estabilidade-10.pdf
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Marc: |
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245 $aAdaptabilidade e estabilidade de cultivares de milho na Zona Agreste do Nordeste Brasileiro no biênio 2006/2007.$h[electronic resource]
260 $aIn: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, produção de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo: trabalhos e palestras. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo$c2008
300 $c1 CD-ROM.
650 $aZea Mays
653 $aAdaptação
653 $aPrevisibilidade
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700 1 $aOLIVEIRA, I. R. de
700 1 $aPACHECO, C. A. P.
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700 1 $aLIRA, M. A.
700 1 $aMELLO, K. E. de O.
700 1 $aTABOSA, J. N.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
18/11/2020 |
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Data da última atualização: |
18/11/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PADILHA, L.; CAIXETA, E. T.; SILVA, F. R. da. |
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Afiliação: |
LILIAN PADILHA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA. |
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Título: |
Comparing methods of RNAseq analysis for species without a reference genome. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTACIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas, São Paulo. Resumos... Campinas, SP, 2012. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-MEETING. |
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Conteúdo: |
New sequencing technologies brought deep probing of transcriptomes (so-called RNAseq) to the reach of individual researches. Analysis of RNAseq sequences, however, depend on the alignment of reads to a reference genome. Some approaches have been proposed to allow de novo assembly of the transcripts, therefore allowing RNAseq to be used on organisms lacking a reference genome. The efficiency of those approaches, however, were tested only with diploid species. Here we propose a methodology to evaluate the results of de novo assembly of allotetraploid Coffea arabica RNAseq reads obtained from libraries of coffee leaves infected by Hemileia vastatrix. Trinity was able to assemble longer transcripts when compared to ABySS, SOAPdenovo and Oases. Moreover, the transcripts assembled by Trinity where more similar to the ones obtained using Cufflinks after aligning the RNAseq to 10 Coffea sp. publically available BAC sequences. Comparison of the most abundant transcripts with several Coffea sp. single copy described genes, though, shows that all assemblers failed to perfectly reconstruct the transcripts. |
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Thesagro: |
Coffea Arábica; Genoma. |
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Thesaurus NAL: |
Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/217932/1/2012-Resumo-Xmeeting.pdf
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Marc: |
LEADER 01751nam a2200181 a 4500
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008 2012 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aPADILHA, L.
245 $aComparing methods of RNAseq analysis for species without a reference genome.$h[electronic resource]
260 $aIn: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTACIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas, São Paulo. Resumos... Campinas, SP$c2012
500 $aX-MEETING.
520 $aNew sequencing technologies brought deep probing of transcriptomes (so-called RNAseq) to the reach of individual researches. Analysis of RNAseq sequences, however, depend on the alignment of reads to a reference genome. Some approaches have been proposed to allow de novo assembly of the transcripts, therefore allowing RNAseq to be used on organisms lacking a reference genome. The efficiency of those approaches, however, were tested only with diploid species. Here we propose a methodology to evaluate the results of de novo assembly of allotetraploid Coffea arabica RNAseq reads obtained from libraries of coffee leaves infected by Hemileia vastatrix. Trinity was able to assemble longer transcripts when compared to ABySS, SOAPdenovo and Oases. Moreover, the transcripts assembled by Trinity where more similar to the ones obtained using Cufflinks after aligning the RNAseq to 10 Coffea sp. publically available BAC sequences. Comparison of the most abundant transcripts with several Coffea sp. single copy described genes, though, shows that all assemblers failed to perfectly reconstruct the transcripts.
650 $aTranscriptome
650 $aCoffea Arábica
650 $aGenoma
700 1 $aCAIXETA, E. T.
700 1 $aSILVA, F. R. da
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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