| |
|
|
| Registros recuperados : 307 | |
| 161. |  | IANELLA, P.; McMANUS, C. P.; CAETANO, A. R.; MARTINS, C. F.; SOUZA, C. J. H. de; FACÓ, O.; AZEVEDO, H. C.; CARNEIRO, P. S.; PAIVA, S. R. Avaliação dos polimorfismos do gene PRNP ligados à Scrapie clássica em núcleos de conservação de ovinos no Brasil. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 7., 2009, Pucón. Proceeding... Santiago: INIA, 2009. p. 265-266. VII SIRGEALC.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
|   |
| 162. | | IANELLA, P.; MCMANUS, C. P.; CAETANO, A. R.; MARTINS, C. F.; SOUZA, C. J. H. de; FACÓ, O.; AZEVEDO, H. C.; CARNEIRO, P. S.; PAIVA, S. R. Avaliação dos polimorfismos do gene PRNP ligados à Scrapie clássica em núcleos de conservação de ovinos no Brasil. In: SIMPOSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, 7., 2009, Pucón. Proceeding... Santiago: INIA, 2009. p. 265-266. VII SIRGEALC.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|  |
| 163. | | SILVA, A. A.; SILVA, D. A.; SILVA, F. F.; COSTA, C. N.; LOPES, P. S.; CAETANO, A. R.; THOMPSON, G.; CARVALHEIRA, J. Autoregressive single-step test-day model for genomic evaluations of Portuguese Holstein cattle. Journal of Dairy Science, v. 102, n. 7, p. 6330-6339, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 164. | | IANELLA, P.; BIAZIO, G. R.; FACO, O.; SILVA, K. de M.; RAMOS, A. F.; MUNIZ, M. M. M.; CAETANO, A. R.; MARIANTE, A. da S.; PAIVA, S. R. Análise da variabilidade genética do banco de germoplasma da raça Morada Nova. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA E O CARIBE, 10., 2015, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: Aptor Software, 2015. p. 48.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|  |
| 165. | | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; BELICUAS, S. N. J.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L. Análise de genes candidatos para características de produção e qualidade da carcaça em aves. In: COLDEBELLA, A.; SCHEUERMANN, G. N. (Ed.). Relatório dos projetos concluídos 2009. Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2009. cap. 4.1, p. 57-63. (Embrapa Suínos e Aves. Documentos, 138).| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 166. | | NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; JARDIM, S. N.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L. Análise de genes candidatos para características de produção e qualidade da carcaça em aves Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2009. p. 55-63| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
| |
| 167. | | ALMEIDA, L. D.; MARIANTE, A. da S.; CAETANO, A. R.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; OLIVEIRA, J. V.; EGITO, A. A. do. Análise genética do núcleo de conservação da raça jumento brasileiro. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 11., 2010, João Pessoa. Memorias... João Pessoa: Ed. da UFPB: Instituto Nacional do Semiárido, 2010. p. 110-112.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 168. | | FACO, O.; PAIVA, S. R.; LOBO, R. N. B.; VILLELA, L. C. V.; MELO NETO, F. V. O.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R.; McMANUS, C. P. Núcleo de melhoramento genético participativo de ovinos da raça Morada Nova. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 11., 2010, João Pessoa. Memorias... João Pessoa: Ed. da UFPB: Instituto Nacional do Semiárido, 2010. 2 f.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| 169. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. não paginado. Pôster P0231.| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
| |
| 170. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. não paginado. PAG 2015. Pôster P0231.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 171. | | FIGUEIREDO, G. S. F.; LABUTO, L. B. D.; REIS, A. C. M.; BISOL, T. B.; CASTRO, A. S.; NARDELLI-COSTA, J.; BORGES NETO, C. R.; CAETANO, A. R. Otimização dos protocolos de extração, purificação e sequenciamento das extremidades de clones BACs de uma biblioteca de dna bovino. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 9., 2004, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2004. p. 72.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 172. | | FIGUEIREDO, G. S. F.; LABUTO, L. B. D.; REIS, A. C. M.; BISOL, T. B.; CASTRO, A. S.; NARDELLI-COSTA, J.; BORGES NETO, C. R.; CAETANO, A. R. Otimização de protocolos de minipreparação de DNA em placas de 96 poços e de sequenciamento de pontas de clones tipo BAC de uma biblioteca de DNA bovino. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 50., 2004, Costão do Santinho, Florianópolis. Resumos... Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2004. p. 53| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 173. | | GOMES, W. S.; ARAÚJO, A. R.; CAETANO, A. R.; MARTINS, C. F.; VARGAS JÚNIOR, F. M.; McMANUS, C.; PAIVA, S. R. Origem e diversidade genética da ovelha crioula do pantanal, Brasil. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, SIRGEALC, 6., 2007, Chapingo, México. Por la valoración de los recursos genéticos para el desarrollo sustentable en América Latina y el Caribe: memoria. Chapingo: Universidad Autónoma Chapingo, 2007. p. 348| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 174. | | SANTOS, C. M. dos; MANDONCA, F. C.; TEODORO, R. E. F.; CAETANO, A. R.; DOMINGUES, E. P.; BRONZI, S. S.; ASSIS, F. S. de; GOUVEIA, J. R. II Encontro Nacional de Irrigacao da Cafeicultura do Cerrado: sintese das discussoes dos grupos de irrigantes. In: SIMPOSIO DE PESQUISA DOS CAFES DO BRASIL, 1., 2000, Pocos de Caldas. Resumos expandidos. Brasilia: Embrapa Cafe/MINASPLAN, 2000. v.2. p. 939-941.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
| |
| 175. | | SOLLERO, B. P.; GOMES, C. C. G.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J.; CARDOSO, L. L.; CAETANO, A. R.; CARDOSO, F. F. Goodness of fit comparisons among five bayesian models in genome-wide association of tick resistance in brazilian Hereford and Braford beef cattle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 176. | | SOLLERO, B. P.; GOMES, C. C. G.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J.; CARDOSO, L. L.; CAETANO, A. R.; CARDOSO, F. F. Goodness of fit comparisons among five bayesian models in genome-wide association of tick resistance in brazilian Hereford and Braford beef cattle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 177. | | SOLLERO, B. P.; GULIAS-GOMES, C. C.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, L. L.; CAETANO, A. R.; CARDOSO, F. F. Goodness of fit comparisons among five bayesian models in genome-wide association of tick resistance in brazilian Hereford and Braford beef cattle. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
| |
| 178. | | GIACHETTO, P. F.; SILVA, J. M. da; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic variant hotspots in nelore cattle revealed by missing genotypes. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. Não paginado. PAG 2015. Pôster P0289.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 179. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 180. | | ARAÚJO, A. R.; GOMES, W. S.; CAETANO, A. R.; MARTINS, C. F.; VARGAS-JUNIOR, F. M.; MCMANUS, C.; PAIVA, S. R. Haplotipos de mtdna como ferramenta para auxiliar a origem de raças naturalizadas do Brasil: caso da ovelha crioula do Pantanal. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 177.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| Registros recuperados : 307 | |
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
26/02/2016 |
|
Data da última atualização: |
21/01/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. |
|
Afiliação: |
FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; ANDERSON LUIS ALVES, CNPASA; NAIARA MILAGRES AUGUSTO DA SILVA, CENARGEN; PATRICIA IANELLA, CENARGEN; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN. |
|
Título: |
Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). |
|
Ano de publicação: |
2016 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. |
|
Páginas: |
Não paginado. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
PAG 2016. Pôster P0481. |
|
Conteúdo: |
The South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities. MenosThe South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genômica; Sequenciamento de genoma. |
|
Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; Genome assembly; Genomics; Sequence analysis. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140246/1/PAG-p0481.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02463nam a2200301 a 4500
001 2038884
005 2020-01-21
008 2016 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aLOBO, F. P.
245 $aGenome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer).$h[electronic resource]
260 $aIn: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.]$c2016
300 $aNão paginado.
500 $aPAG 2016. Pôster P0481.
520 $aThe South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin with an important role in local community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate and raise the species in aquaculture systems has led to >10-fold production increases in the last decade. Current production levels are >15,000mt/year. Recently stablished initiatives to structure genetic improvement programs for increasing productivity-associated traits could greatly benefit from using genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. Multiple shotgun libraries with two different insert sizes and multiple Nextera mate pair libraries with three different sizes were sequenced (2x160bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.12pg = 1.095Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 686.171 scaffolds spanning 1.41 Gbp (N50 scaffold length: 908Kbp, L50 scaffold count: 420). Gene model prediction is underway with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa. This represents the first report of a draft genome sequence for this species, which will be a valuable resource for basic biology studies, and marker detection/selection for use in genetic improvement and resource conservation activities.
650 $aBioinformatics
650 $aGenome assembly
650 $aGenomics
650 $aSequence analysis
653 $aBioinformática
653 $aGenômica
653 $aSequenciamento de genoma
700 1 $aCINTRA, L. C.
700 1 $aVARELA, E. S.
700 1 $aALVES, A. L.
700 1 $aSILVA, N. M. A. da
700 1 $aIANELLA, P.
700 1 $aPAIVA, S. R.
700 1 $aCAETANO, A. R.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
