| |
|
|
| Registros recuperados : 829 | |
| 724. |  | JUNQUEIRA, N. T. V.; GASPAROTTO, L.; KALIL FILHO, A. N.; LIEBEREI, R.; LIMA, M. I. P. M. Identificação de fontes de resistência ao Microcyclus ulei, agente causal do mal-das-folhas da seringueira. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 14, n. 2, p. 147, jul. 1989. Edição dos resumos do 22º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 1989. Resumo 210.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
|    |
| 726. | | GAINO, A. P. da S. de C.; BASSETO, M. A.; GASPAROTTO, L.; POLTRONIERI, L. S.; CERESINI, P. C. Inferência filogenética revela a complexa etiologia das manchas areolada e foliar em seringueira e em outras espécies cultivadas na Amazônia. Acta Scientiarum. Agronomy, Maringá, v. 32, n. 3, p. 385-395, 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Amazônia Oriental. |
| |
| 731. | | JUNQUEIRA, N. T. V.; GASPAROTTO, L.; LIMA, M. I. P. M.; LIEBEREI, R.; NORMANDO, M. C. S. Potencial do fungo Hansfordia pulvinata no controle biológico do mal-das-folhas da seringueira. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 14, n. 2, p. 158, jul. 1989. Edição dos resumos do 22º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 1989. Resumo 271.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 734. | | VÉRAS, S. de M.; GASPAROTTO, L.; COSTA, S. B.; PEREIRA, J. C. R.; GATO, A.; BOHER, B. Comparação de métodos de inoculação de Ralstonia solanacearum Raça 2 em cultivares de banana. Fitopatologia Brasileira, v. 24, p. 259, ago. 1999. Suplemento. Edição dos resumos do 32º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 1999. Resumo 80.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 738. | | GASPAROTTO, L.; SANTOS-SEREJO, J.; PEREIRA, J. C. R.; HANADA, R. E.; ARAÚJO, J. C. A.; SOUZA, E. H.; SILVA, S. O. Royal (Musa ornata x M. velutina): novo hospedeiro de Mycosphaerella fijiensis. Summa Phytopathologica, Botucatu, v. 34, , p. 14, fev. 2008. Suplemento. Edição dos Resumos do XXXI Congresso Paulista de Fitopatologia, Campinas, fev. 2008.
R 018| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
| |
| 739. | | GASPAROTTO, L.; SEREJO-SANTOS, J.; PEREIRA, J. C. R.; HANADA, R. E.; ARAÚJO, J. C. A.; SOUZA, E. H.; SILVA, S. O. Royal (Musa ornata x M. velutina): novo hospedeiro de Mycosphaerella fijiensis. Summa Phytopathologica, Botucatu, v. 34, p. S14, 2008. Suplemento. Edição dos Resumos do 31. Congresso Paulista de Fitopatologia, Campinas, fev. 2008. Resumo 018.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
| |
| 740. | | BECK, L.; GASPAROTTO, L.; FORSTER, B.; FRANKLIN, E.; GARCIA, M.; HARADA, A.; HOFER, H.; LUIZAO, F.; LUIZAO, R.; MARTIUS, C.; MORAIS, J. W. de; ROMBKE, J. The role of soil fauna in litter decomposition in primary forests, secondary forests and a polyculture plantation in Amazonia-methodological considerations. In: LIEBEREI, R.; BIANCHI, H.; VOB, K., ed. Proceedings of the third SHIFT-Workshop, Manaus march 15-19, 1998. Bonn: Bundesministerium fur Bildung und Forschung, 1998. p.471-478.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
| |
| Registros recuperados : 829 | |
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|
Data corrente: |
26/11/2015 |
|
Data da última atualização: |
29/03/2016 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Circulação/Nível: |
A - 1 |
|
Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. |
|
Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Faculdade de Ciências Agrárias, Biológicas e Sociais Aplicadas, Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT), Nova Xavantina, Mato Grosso, Bra; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
|
Título: |
Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. |
|
Ano de publicação: |
2015 |
|
Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015 |
|
Idioma: |
Inglês
Português |
|
Conteúdo: |
High density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production. |
|
Palavras-Chave: |
Genotypes; Nelore; Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de DNA. |
|
Thesagro: |
Bos Indicus; Gado de corte. |
|
Thesaurus NAL: |
Cattle; Sequence analysis; Single nucleotide polymorphism. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134042/1/journal.pone.0136035.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/137040/1/Genomic-variants-Silva.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02316naa a2200301 a 4500
001 2029638
005 2016-03-29
008 2015 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSILVA, J. M. da
245 $aGenomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle.$h[electronic resource]
260 $c2015
520 $aHigh density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production.
650 $aCattle
650 $aSequence analysis
650 $aSingle nucleotide polymorphism
650 $aBos Indicus
650 $aGado de corte
653 $aGenotypes
653 $aNelore
653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único
653 $aSequenciamento de DNA
700 1 $aGIACHETTO, P. F.
700 1 $aSILVA, L. O. C. da
700 1 $aCINTRA, L. C.
700 1 $aPAIVA, S. R.
700 1 $aCAETANO, A. R.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
773 $tPLoS ONE$gv. 10, n. 8, p. 1-18, 2015
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
