| |
|
|
| Registros recuperados : 307 | |
| 141. |  | SILVEIRA, M. M.; BAYÃO, H. X. S.; MENDONÇA, A. dos S.; BORGES, N. A.; VARGAS, L. N.; CAETANO, A. R.; RUMPF, R.; FRANCO, M. M. DNA methylation profile at a satellite region is associated with aberrant placentation in cloned calves. Placenta, v. 70, p. 25-33, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|    |
| 142. | | RIPAMONTE, P.; MESQUITA, L. G.; CORTEZZI, S. S.; BALIEIRO, J. C. de C.; MERIGHE, G. K. F.; WATANABE, Y. F.; CAETANO, A. R.; MEIRELLES, F. V. Differential gene expression and developmental competence in in vitro produced bovine embryos. Zygote, v. 20, p. 281-290, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 143. | | ALMEIDA, L. D. de; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CAETANO, A. R.; CARVALHO, G. M. C.; EGITO, A. A. Diversidade genética de racaças asisinas brasileiras naturalizadas por meio de maracadores microssatélites. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, SIRGEALC, 7, 2009, Pucón, Chile. Proceeding... Santiago de Chile: Ministério de Agricultura, Instituto de Investigaciones Agropecuarias, 2009. T. 2 p. 149-150 Titulo: racaças asisinas [i. e. raças asininas] brasileiras naturalizadas por meio maracadores [i. e. marcadores] microssatélites.| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
| |
| 144. | | ALMEIDA, L. D. de; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CAETANO, A. R.; CARVALHO, G. M. C.; EGITO, A. A. do. Diversidade genética de racaças asisinas brasileiras naturalizadas por meio de maracadores microssatélites. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, SIRGEALC, 7, 2009, Pucón, Chile. Proceeding... Santiago de Chile: Ministério de Agricultura, Instituto de Investigaciones Agropecuarias, 2009. p. 149-150| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 145. | | ALMEIDA, L. D.; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CAETANO, A. R.; CARVALHO, G. M. C.; OLIVEIRA, J. V.; EGITO, A. A. do. Diversidade genética das raças asininas brasileiras naturalizadas por meio de maracadores microssatélites. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 14., 2009, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2009. Resumo 104. p. 151| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 146. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAIVA, S. R.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for parentage control and evaluation of genetic diversity of pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. PE0274. PAG 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 147. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAIVA, S. R.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for parentage control and evaluation of genetic diversity of pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0274.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 148. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for paternity and kinship analysis and evaluation of genetic variability and structure of commercial Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) populations from Brazil. Aquaculture, v. 560, 738540, Nov. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 150. | | CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M.; GOMES, C. C. G.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Cluster cross-validation for genomic prediction of tick resistance in Braford and Hereford cattle. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. Resumo 6HAX.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 151. | | CARDOSO, F. F.; OLIVEIRA, M. M.; GULIAS-GOMES, C. C.; ROSO, V. M.; HIGA, R. H.; YOKOO, M. J. I.; CAETANO, A. R.; AGUILAR, I. Cluster cross-validation for genomic prediction of tick resistance in Braford and Hereford cattle. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. 1 CD-ROM. Resumo 6HAX.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
| |
| 153. | | BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; GOMES, C. C. G.; HIGA, R. H.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F. Linkage disequilibrium and persistence of phase in Hereford and Braford cattle. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. Resumo 6GYR.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 154. | | BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; GULIAS-GOMES, C. C.; HIGA, R. H.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F. Linkage disequilibrium and persistence of phase in Hereford and Braford cattle. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
| |
| 155. | | RODRIGUES FILHO, E. A.; STAFUZZA, N. B.; CAETANO, A. R.; GILL, C. A.; RIGGS, P. K.; WOMACK, J. E.; AMARAL, M. E. J. Mapping MHC genes in River Buffalo. In: PINARD, M. H.; GAY, C.; PASTORET, P. P.; DODET, B. (Ed.). Animal genomics for animal health. Basel: Karger, 2008. p. 343-346. (Developments in biologicals, v. 132)| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 156. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. não paginado. Pôster P0231.| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
|  |
| 157. | | LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 23., 2015, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2015. não paginado. PAG 2015. Pôster P0231.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
| |
| 158. | | FACO, O.; PAIVA, S. R.; LOBO, R. N. B.; VILLELA, L. C. V.; MELO NETO, F. V. O.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R.; McMANUS, C. P. Núcleo de melhoramento genético participativo de ovinos da raça Morada Nova. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 11., 2010, João Pessoa. Memorias... João Pessoa: Ed. da UFPB: Instituto Nacional do Semiárido, 2010. 2 f.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
| 159. | | GOMES, W. S.; ARAÚJO, A. R.; CAETANO, A. R.; MARTINS, C. F.; VARGAS JÚNIOR, F. M.; McMANUS, C.; PAIVA, S. R. Origem e diversidade genética da ovelha crioula do pantanal, Brasil. In: SIMPÓSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, SIRGEALC, 6., 2007, Chapingo, México. Por la valoración de los recursos genéticos para el desarrollo sustentable en América Latina y el Caribe: memoria. Chapingo: Universidad Autónoma Chapingo, 2007. p. 348| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| 160. | | FIGUEIREDO, G. S. F.; LABUTO, L. B. D.; REIS, A. C. M.; BISOL, T. B.; CASTRO, A. S.; NARDELLI-COSTA, J.; BORGES NETO, C. R.; CAETANO, A. R. Otimização dos protocolos de extração, purificação e sequenciamento das extremidades de clones BACs de uma biblioteca de dna bovino. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 9., 2004, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2004. p. 72.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
| |
| Registros recuperados : 307 | |
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|
Data corrente: |
26/11/2015 |
|
Data da última atualização: |
29/03/2016 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Circulação/Nível: |
A - 1 |
|
Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. |
|
Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Faculdade de Ciências Agrárias, Biológicas e Sociais Aplicadas, Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT), Nova Xavantina, Mato Grosso, Bra; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
|
Título: |
Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. |
|
Ano de publicação: |
2015 |
|
Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015 |
|
Idioma: |
Inglês
Português |
|
Conteúdo: |
High density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production. |
|
Palavras-Chave: |
Genotypes; Nelore; Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de DNA. |
|
Thesagro: |
Bos Indicus; Gado de corte. |
|
Thesaurus NAL: |
Cattle; Sequence analysis; Single nucleotide polymorphism. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134042/1/journal.pone.0136035.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/137040/1/Genomic-variants-Silva.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02316naa a2200301 a 4500
001 2029638
005 2016-03-29
008 2015 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSILVA, J. M. da
245 $aGenomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle.$h[electronic resource]
260 $c2015
520 $aHigh density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production.
650 $aCattle
650 $aSequence analysis
650 $aSingle nucleotide polymorphism
650 $aBos Indicus
650 $aGado de corte
653 $aGenotypes
653 $aNelore
653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único
653 $aSequenciamento de DNA
700 1 $aGIACHETTO, P. F.
700 1 $aSILVA, L. O. C. da
700 1 $aCINTRA, L. C.
700 1 $aPAIVA, S. R.
700 1 $aCAETANO, A. R.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
773 $tPLoS ONE$gv. 10, n. 8, p. 1-18, 2015
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
