| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
|
Data corrente: |
03/05/2021 |
|
Data da última atualização: |
12/08/2021 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; SOUZA, M. M. DE; OLIVEIRA, K. S. DE; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; NICIURA, S. C. M.; REGITANO, L. C. de A. |
|
Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UFSCAR; MARCELA MARIA DE SOUZA, Iowa State University; KARINA SANTOS DE OLIVEIRA, UFSCAR; MARINA IBELLI PEREIRA ROCHA, UFSCAR; JULIANA AFONSO, USP ESALQ; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO, FAPESP; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ LEHMANN COUTINHO, USP ESALQ; SIMONE CRISTINA MEO NICIURA, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
|
Título: |
Muscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus. |
|
Ano de publicação: |
2021 |
|
Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v.11, p.1-14, 2021. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
Article number: 7321. |
|
Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can afect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes. MenosSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Animal biotechnology; Functional genomics; Gene regulation. |
|
Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Gene expression; Genetic markers; Genetics; Genome; Genomics; Genotype. |
|
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225126/1/Muscle-Allele-Specifc.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02915naa a2200373 a 4500
001 2131644
005 2021-08-12
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1038/s41598-021-86782-2$2DOI
100 1 $aBRUSCADIN, J. J.
245 $aMuscle allele-specifc expression QTLs may afect meat quality traits in Bos indicus.$h[electronic resource]
260 $c2021
500 $aArticle number: 7321.
520 $aSingle nucleotide polymorphisms (SNPs) located in transcript sequences showing allele-specifc expression (ASE SNPs) were previously identifed in the Longissimus thoracis muscle of a Nelore (Bos indicus) population consisting of 190 steers. Given that the allele-specifc expression pattern may result from cis-regulatory SNPs, called allele-specifc expression quantitative trait loci (aseQTLs), in this study, we searched for aseQTLs in a window of 1 Mb upstream and downstream from each ASE SNP. After this initial analysis, aiming to investigate variants with a potential regulatory role, we further screened our aseQTL data for sequence similarity with transcription factor binding sites and microRNA (miRNA) binding sites. These aseQTLs were overlapped with methylation data from reduced representation bisulfte sequencing (RRBS) obtained from 12 animals of the same population. We identifed 1134 aseQTLs associated with 126 diferent ASE SNPs. For 215 aseQTLs, one allele potentially afected the afnity of a muscle-expressed transcription factor to its binding site. 162 aseQTLs were predicted to afect 149 miRNA binding sites, from which 114 miRNAs were expressed in muscle. Also, 16 aseQTLs were methylated in our population. Integration of aseQTL with GWAS data revealed enrichment for traits such as meat tenderness, ribeye area, and intramuscular fat . To our knowledge, this is the frst report of aseQTLs identifcation in bovine muscle. Our fndings indicate that various cis-regulatory and epigenetic mechanisms can afect multiple variants to modulate the allelic expression. Some of the potential regulatory variants described here were associated with the expression pattern of genes related to interesting phenotypes for livestock. Thus, these variants might be useful for the comprehension of the genetic control of these phenotypes.
650 $aAnimal breeding
650 $aGene expression
650 $aGenetic markers
650 $aGenetics
650 $aGenome
650 $aGenomics
650 $aGenotype
653 $aAnimal biotechnology
653 $aFunctional genomics
653 $aGene regulation
700 1 $aSOUZA, M. M. DE
700 1 $aOLIVEIRA, K. S. DE
700 1 $aROCHA, M. I. P.
700 1 $aAFONSO, J.
700 1 $aCARDOSO, T. F.
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aNICIURA, S. C. M.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tScientific Reports$gv.11, p.1-14, 2021.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Instrumentação; Embrapa Pesca e Aquicultura. |
|
Data corrente: |
09/02/2012 |
|
Data da última atualização: |
03/06/2019 |
|
Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
|
Autoria: |
LUCHIARI JUNIOR, A.; BORGHI, E.; AVANZI, J. C.; FREITAS, A. A. de; BORTOLON, L.; BORTOLON, E. S. O.; UMMUS, M. E.; INAMASU, R. Y. |
|
Afiliação: |
ARIOVALDO LUCHIARI JUNIOR, CNPASA; EMERSON BORGHI, CNPASA; JUNIOR CESAR AVANZI, CNPASA; ALEXANDRE AIRES DE FREITAS, CNPASA; LEANDRO BORTOLON, CNPASA; ELISANDRA SOLANGE OLIVEIRA BORTOLON, UNIVERSIDADE FEDERAL DO RIO GRANDE DO SUL; MARTA EICHEMBERGER UMMUS, CNPASA; RICARDO YASSUSHI INAMASU, CNPDIA. |
|
Título: |
Zonas de manejo: teoria e prática. |
|
Ano de publicação: |
2011 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: INAMASU, R. Y.; NAIME, J. de M.; RESENDE, A. V. de; BASSOI, L. H.; BERNARDI, A. de C. (Ed.). Agricultura de precisão: um novo olhar. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2011. |
|
Páginas: |
p. 60-64. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Os recentes desenvolvimentos e adoção dos conceitos para práticas de zonas de manejo em sítios específicos ou agricultura de precisão têm implicado em mudanças estruturais nos processos de geração e de tomada de decisão, quanto ao uso das tecnologias agrícolas, geoespaciais e das informações para fins agrícolas. Esse avanço ou inovação tecnológica pode ter incluído em sua concepção o uso mais racional de insumos, a possibilidade de preservar e rastrear a qualidade dos produtos agrícolas mostrando possibilidades reais de ganhos econômicos e benefícios ambientais. O objetivo deste trabalho foi abordar aspectos teóricos sobre o uso de zonas de manejo na agricultura de precisão como forma de aumentar a eficiência de recursos naturais e orientar o desenvolvimento de práticas de manejo mitigadoras de possíveis riscos ambientais. Uma abordagem prática também foi feita, demonstrando a aplicação do conceito de zonas de manejo em área de produção de milho na região do Corn Belt. |
|
Palavras-Chave: |
Manejo de nutriente; Risco ambiental; Sítio específico. |
|
Thesagro: |
Agricultura de precisão; Manejo; Recurso natural. |
|
Categoria do assunto: |
--
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/54562/1/CNPASA1.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/83701/1/Proci-11.00246.PDF
|
|
Marc: |
LEADER 01912naa a2200289 a 4500
001 1916421
005 2019-06-03
008 2011 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aLUCHIARI JUNIOR, A.
245 $aZonas de manejo$bteoria e prática.
260 $c2011
300 $ap. 60-64.
520 $aOs recentes desenvolvimentos e adoção dos conceitos para práticas de zonas de manejo em sítios específicos ou agricultura de precisão têm implicado em mudanças estruturais nos processos de geração e de tomada de decisão, quanto ao uso das tecnologias agrícolas, geoespaciais e das informações para fins agrícolas. Esse avanço ou inovação tecnológica pode ter incluído em sua concepção o uso mais racional de insumos, a possibilidade de preservar e rastrear a qualidade dos produtos agrícolas mostrando possibilidades reais de ganhos econômicos e benefícios ambientais. O objetivo deste trabalho foi abordar aspectos teóricos sobre o uso de zonas de manejo na agricultura de precisão como forma de aumentar a eficiência de recursos naturais e orientar o desenvolvimento de práticas de manejo mitigadoras de possíveis riscos ambientais. Uma abordagem prática também foi feita, demonstrando a aplicação do conceito de zonas de manejo em área de produção de milho na região do Corn Belt.
650 $aAgricultura de precisão
650 $aManejo
650 $aRecurso natural
653 $aManejo de nutriente
653 $aRisco ambiental
653 $aSítio específico
700 1 $aBORGHI, E.
700 1 $aAVANZI, J. C.
700 1 $aFREITAS, A. A. de
700 1 $aBORTOLON, L.
700 1 $aBORTOLON, E. S. O.
700 1 $aUMMUS, M. E.
700 1 $aINAMASU, R. Y.
773 $tIn: INAMASU, R. Y.; NAIME, J. de M.; RESENDE, A. V. de; BASSOI, L. H.; BERNARDI, A. de C. (Ed.). Agricultura de precisão: um novo olhar. São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação, 2011.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pesca e Aquicultura (CNPASA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
