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Registros recuperados : 26 | |
5. | | BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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7. | | MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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8. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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9. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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10. | | JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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13. | | KUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-22. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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14. | | FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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15. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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16. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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17. | | FULAZ, S. F.; CABRINI, F. M.; CARVALHO, D. J. P.; BORRO, L. C.; SANTOS, C. A. dos; BELOTI, L. L.; NESHICH, G.; SOUZA, A. P. de; TASIC, L. Design of inhibitors for the PilT protein from Xylella fastidiosa using in silico and in vitro approaches. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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18. | | JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECÍLIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. How did the structure function descriptors of proteins change with introduction of 'remediated' PDB files. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Santiago. Program and abstracts... Santiago. Pontificia Universidade Católica de Chile, 2008. p. 15. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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19. | | MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECILIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. Structure descriptors of chameleon sequences. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Chile. Program and abstracts... Santiago: Pontificia Universidad Católica de Chile, 2008. Não paginado. RIB 2008. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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20. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Analysing protein-protein interface using JPIV. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-14. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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Registros recuperados : 26 | |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
Data corrente: |
20/07/2018 |
Data da última atualização: |
30/12/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. |
Afiliação: |
IVAN MAZONI, CNPTIA; LUIZ CÉSAR BORRO, IB/Unicamp; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPM; INACIO HENRIQUE YANO, CNPTIA; JOSÉ AUGUSTO SALIM, USP; GORAN NESIC, CNPTIA. |
Título: |
Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. |
DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200018 |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Artigo e0200018. |
Conteúdo: |
Protein secondary structure elements (PSSEs) such as [alfa]-helices, [beta]-strands, and turns are the primary building blocks of the tertiary protein structure. Our primary interest here is to reveal the characteristics of the nanoenvironment formed by both PSSEs and their surrounding amino acid residues (AARs), which might contribute to the general understanding of how proteins fold. |
Palavras-Chave: |
Amino acid residues; Blue Star STING; Estrutura secundária de proteína; Kolmogorov-Smirnov test; MANOVA; Protein secondary structure elements; Student's t-test; Teste estatístico. |
Thesagro: |
Aminoácido; Proteína. |
Thesaurus NAL: |
Amino acids; Proteins; Statistical analysis. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180038/1/journal.pone.0200018.pdf
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Marc: |
LEADER 01480naa a2200361 a 4500 001 2093429 005 2020-12-30 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0200018$2DOI 100 1 $aMAZONI, I. 245 $aStudy of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins.$h[electronic resource] 260 $c2018 500 $aArtigo e0200018. 520 $aProtein secondary structure elements (PSSEs) such as [alfa]-helices, [beta]-strands, and turns are the primary building blocks of the tertiary protein structure. Our primary interest here is to reveal the characteristics of the nanoenvironment formed by both PSSEs and their surrounding amino acid residues (AARs), which might contribute to the general understanding of how proteins fold. 650 $aAmino acids 650 $aProteins 650 $aStatistical analysis 650 $aAminoácido 650 $aProteína 653 $aAmino acid residues 653 $aBlue Star STING 653 $aEstrutura secundária de proteína 653 $aKolmogorov-Smirnov test 653 $aMANOVA 653 $aProtein secondary structure elements 653 $aStudent's t-test 653 $aTeste estatístico 700 1 $aBORRO, L. C. 700 1 $aJARDINE, J. G. 700 1 $aYANO, I. H. 700 1 $aSALIM, J. A. 700 1 $aNESHICH, G. 773 $tPlos One$gv. 13, n. 7, p. 1-25, 2018.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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