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Registros recuperados : 26 | |
5. | | MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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6. | | JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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7. | | BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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10. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing α-helices in all-α and ([α]+[β])+([α]/[β]) proteins. Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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11. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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13. | | KUSER, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; NESHICH, G. BlueStar STING - a multiplatform environment for protein structure analysis. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-22. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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14. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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15. | | JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECÍLIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. How did the structure function descriptors of proteins change with introduction of 'remediated' PDB files. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Santiago. Program and abstracts... Santiago. Pontificia Universidade Católica de Chile, 2008. p. 15. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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16. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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17. | | FULAZ, S. F.; CABRINI, F. M.; CARVALHO, D. J. P.; BORRO, L. C.; SANTOS, C. A. dos; BELOTI, L. L.; NESHICH, G.; SOUZA, A. P. de; TASIC, L. Design of inhibitors for the PilT protein from Xylella fastidiosa using in silico and in vitro approaches. In: ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 45., 2016, Natal. Livro de resumos... [Natal]: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2016. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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18. | | FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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19. | | MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECILIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. Structure descriptors of chameleon sequences. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Chile. Program and abstracts... Santiago: Pontificia Universidad Católica de Chile, 2008. Não paginado. RIB 2008. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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20. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; NARCISO, M. G.; NESHICH, G. Analysing protein-protein interface using JPIV. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-14. Na publicação: Paula R. Kuser-Falcão, Stanley R. M. Oliveira, Edgard H. Santos. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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Registros recuperados : 26 | |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
22/12/2015 |
Data da última atualização: |
21/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
Autoria: |
BORRO, L. C.; NESHICH, G. |
Afiliação: |
IB/Unicamp; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
Título: |
Ranking optimization in virtual screening using physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
In: SÃO PAULO SCHOOL OF ADVANCED SCIENCES ON NEGLECTED DISEASES DRUG DISCOVERY - FOCUS ON KINETOPLASTIDS, 2015, Campinas. Book of abstracts. [Campinas]: CNPEM, [2015]. |
Páginas: |
p. 115. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
SPSAS-ND3. |
Conteúdo: |
During the last two decades, virtual screening (VS) has become an important tool for rational design of drugs and agrochemicals. However, despite of many successful cases VS approaches still have some limitations, especially regarding the ranking of potential ligands according to their binding affinity. In order to create models that can improve the ranking phase in VS campaigns, we propose an in silico approach to identify features that are important and essential to the molecular recognition process. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática; In silico approach; Virtual screening. |
Thesaurus NAL: |
Bioinformatics. |
Categoria do assunto: |
A Sistemas de Cultivo |
Marc: |
LEADER 01266nam a2200193 a 4500 001 2032239 005 2020-01-21 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aBORRO, L. C. 245 $aRanking optimization in virtual screening using physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions.$h[electronic resource] 260 $aIn: SÃO PAULO SCHOOL OF ADVANCED SCIENCES ON NEGLECTED DISEASES DRUG DISCOVERY - FOCUS ON KINETOPLASTIDS, 2015, Campinas. Book of abstracts. [Campinas]: CNPEM, [2015].$c2015 300 $ap. 115. 500 $aSPSAS-ND3. 520 $aDuring the last two decades, virtual screening (VS) has become an important tool for rational design of drugs and agrochemicals. However, despite of many successful cases VS approaches still have some limitations, especially regarding the ranking of potential ligands according to their binding affinity. In order to create models that can improve the ranking phase in VS campaigns, we propose an in silico approach to identify features that are important and essential to the molecular recognition process. 650 $aBioinformatics 653 $aBioinformática 653 $aIn silico approach 653 $aVirtual screening 700 1 $aNESHICH, G.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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