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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
20/01/2022 |
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Data da última atualização: |
20/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
RIOS, E. F.; ANDRADE, M. H. M. L.; RESENDE JR, M. F. R.; KIRST, M.; RESENDE, M. D. V. de; ALMEIDA FILHO, J. O. E. de; GEZAN, S. A.; MUNOZ, P. |
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Afiliação: |
ESTEBAN FERNANDO RIOS, UNIVERSITY OF FLORIDA; MARIO H M L ANDRADE, UNIVERSITY OF FLORIDA; MARCIO F R RESENDE JR, UNIVERSITY OF FLORIDA; MATIAS KIRST, UNIVERSITY OF FLORIDA; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; JANEO E DE ALMEIDA FILHO, BAYER CROP SCIENCE; SALVADOR A GEZAN, VSN INTERNATIONAL; PATRICIO MUNOZ, UNIVERSITY OF FLORIDA. |
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Título: |
Genomic prediction in family bulks using different traits and cross-validations in pine. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 11, n. 9, p. 1-12, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab249 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genomic prediction integrates statistical, genomic, and computational tools to improve the estimation of breeding values and increase genetic gain. Due to the broad diversity in mating systems, breeding schemes, propagation methods, and unit of selection, no universal genomic prediction approach can be applied in all crops. In a genome-wide family prediction (GWFP) approach, the family is the basic unit of selection. We tested GWFP in two loblolly pine (Pinus taeda L.) datasets: a breeding population composed of 63 full-sib families (5?20 individuals per family), and a simulated population with the same pedigree structure. In both populations, phenotypic and genomic data was pooled at the family level in silico. Marker effects were estimated to compute genomic estimated breeding values (GEBV) at the individual and family (GWFP) levels. Less than six individuals per family produced inaccurate estimates of family phenotypic performance and allele frequency. Tested across different scenarios, GWFP predictive ability was higher than those for GEBV in both populations. Validation sets composed of families with similar phenotypic mean and variance as the training population yielded predictions consistently higher and more accurate than other validation sets. Results revealed potential for applying GWFP in breeding programs whose selection unit are family, and for systems where family can serve as training sets. The GWFP approach is well suited for crops that are routinely genotyped and phenotyped at the plot-level, but it can be extended to other breeding programs. Higher predictive ability obtained with GWFP would motivate the application of genomic prediction in these situations. MenosGenomic prediction integrates statistical, genomic, and computational tools to improve the estimation of breeding values and increase genetic gain. Due to the broad diversity in mating systems, breeding schemes, propagation methods, and unit of selection, no universal genomic prediction approach can be applied in all crops. In a genome-wide family prediction (GWFP) approach, the family is the basic unit of selection. We tested GWFP in two loblolly pine (Pinus taeda L.) datasets: a breeding population composed of 63 full-sib families (5?20 individuals per family), and a simulated population with the same pedigree structure. In both populations, phenotypic and genomic data was pooled at the family level in silico. Marker effects were estimated to compute genomic estimated breeding values (GEBV) at the individual and family (GWFP) levels. Less than six individuals per family produced inaccurate estimates of family phenotypic performance and allele frequency. Tested across different scenarios, GWFP predictive ability was higher than those for GEBV in both populations. Validation sets composed of families with similar phenotypic mean and variance as the training population yielded predictions consistently higher and more accurate than other validation sets. Results revealed potential for applying GWFP in breeding programs whose selection unit are family, and for systems where family can serve as training sets. The GWFP approach is well suited for crops that are routinely genotype... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Melhoramento Genético Vegetal; Reprodução Vegetal. |
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Thesaurus Nal: |
Genomics; Pineus; Statistical models. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230418/1/Genomic-prediction-in-family-bulks.pdf
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Marc: |
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520 $aGenomic prediction integrates statistical, genomic, and computational tools to improve the estimation of breeding values and increase genetic gain. Due to the broad diversity in mating systems, breeding schemes, propagation methods, and unit of selection, no universal genomic prediction approach can be applied in all crops. In a genome-wide family prediction (GWFP) approach, the family is the basic unit of selection. We tested GWFP in two loblolly pine (Pinus taeda L.) datasets: a breeding population composed of 63 full-sib families (5?20 individuals per family), and a simulated population with the same pedigree structure. In both populations, phenotypic and genomic data was pooled at the family level in silico. Marker effects were estimated to compute genomic estimated breeding values (GEBV) at the individual and family (GWFP) levels. Less than six individuals per family produced inaccurate estimates of family phenotypic performance and allele frequency. Tested across different scenarios, GWFP predictive ability was higher than those for GEBV in both populations. Validation sets composed of families with similar phenotypic mean and variance as the training population yielded predictions consistently higher and more accurate than other validation sets. Results revealed potential for applying GWFP in breeding programs whose selection unit are family, and for systems where family can serve as training sets. The GWFP approach is well suited for crops that are routinely genotyped and phenotyped at the plot-level, but it can be extended to other breeding programs. Higher predictive ability obtained with GWFP would motivate the application of genomic prediction in these situations.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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| Registros recuperados : 231 | |
| 81. |  | MACEDO, S. E.; CIAMPI, A. Y.; AZEVEDO, V. C. R.; LEAL BERTIOLI, S. C. M.; GUIMARÃES, P. M.; BERTIOLI, D. J.; MORETZSOHN, M. C. Desenvolvimento de marcadores microssatélites para análise genética em amendoim. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 13., 2008, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2008. Resumo 129. p.179.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 82. | | ARAUJO, A. C. G. de; BAILEY, J.; SCHWARZACHER, T.; GUIMARAES, P. M.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; KIM, C.; PATERSON, A.; HESLOP HARRISON, P. Dispersed and other repetitive DNA sequences in the peanut genome shown by BAC-FICH. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE PEANUT RESEARCH COMMUNITY ON ADVANCES IN ARACHIS THROUGH GENOMICS AND BIOTECNOLOGY, 5., 2011, Brasília, DF. Book of abstracts... Brasília, DF: Embrapa Genetic Researces and Biotecnology, 2011. p. 30| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 83. | | OLIVEIRA, T. N.; GUIMARAES, P. M.; PASSOS, M.; RODRIGUES, F.; NEPOMUCENO, A.; BERTIOLI, D. J.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BRASILEIRO, A. C. M. Differential gene expression study of wild Arachis under a water deficit induction system. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE PEANUT RESEARCH COMMUNITY ON ADVANCES IN ARACHIS THROUGH GENOMICS AND BIOTECNOLOGY, 5., 2011, Brasília, DF. Book of abstracts... Brasília, DF: Embrapa Genetic Researces and Biotecnology, 2011. p. 81| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 84. | | SANTOS, C. M. R.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; GUIMARÃES, P. M.; SILVA, A. P.; LOCATELLI, G.; CASTRO, R. C. S.; BERTIOLI, D. J.; BRASILEIRO, A. C. M. Determinação dos padrões de transpiração em genótipos silvestres de Arachis SPP. de referência estudos de tolerância à seca para produção de um banco de ESTS. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 67.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 86. | | MACEDO, S. E.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; CIAMPI, A. Y.; AZEVEDO, V. C. R.; GUIMARAES, P. M.; BERTIOLI, D. J.; MORETZSOHN, M. de C. Development and characterization of highly polymorphic SSR markers for genetic analysis of Arachis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE PEANUT RESEARCH COMMUNITY ON ADVANCES IN ARACHIS THROUGH GENOMICS AND BIOTECNOLOGY, 5., 2011, Brasília, DF. Book of abstracts... Brasília, DF: Embrapa Genetic Researces and Biotecnology, 2011. p. 64| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 87. | | GOUVEA, E. G.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; PENMETSA, V.; COOK, D.; SENTHILVEL, S.; VARSHNEY, R. K.; BERTIOLI, D. J.; MORETZSOHN, M. de C. Development of genetic linkage maps for the A and B genomes of Arachis using RIL populations. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE PEANUT RESEARCH COMMUNITY ON ADVANCES IN ARACHIS THROUGH GENOMICS AND BIOTECNOLOGY, 5., 2011, Brasília, DF. Book of abstracts... Brasília, DF: Embrapa Genetic Researces and Biotecnology, 2011. 90| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 88. | | MORETZSOHN, M. C.; LEOI, L. C. T.; PROITE, K.; GUIMARÃES, P. M.; LEAL-BERTIOLI, S. C.; VALLS, J. F. M.; GIMENES, M. A.; MARTINS, W.; BERTIOLI, D. J. Development and mapping of microsatellite markers in Arachis. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOMES CONFERENCE, 13., 2005, San Diego, CA. [Proceedings...]. [S. l.: s.n.], 2005. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 90. | | LEAL BERTIOLI, S. C. M.; MORETZSOHN, M. C.; JOSÉ, A. C. V. F.; GUIMARÃES, P. M.; GIMENES, M. A.; FÁVERO, P. A.; BERTIOLI, D. J. Comparison between AA and BB-genome maps of Arachis and the co-localization of RGAs and QTLs for resistance to Cercosporidium personatum (Berk and Curt). In: EUROPEAN CONFERENCE ON GRAIN LEGUMES, 6., 2007, Lisbon, Portugal. Integrating legume biology for sustainagle agriculture: book of abstracts. Colney, Norwich: Grain Legumes Integrated Project, 2007. p. 150. Poster 367.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 91. | | BATISTA, A. R. S.; MORETZSOHN, M. C.; CUSTODIO, A. R.; OLIVEIRA, M. A. P.; GUIMARÃES, P. M.; LEAL BERTIOLI, S. C.; BERTIOLI, D. J. Incremento da diversidade alélica de Arachis hypogaea pela introgressão gênica a partir de parentes silvestres. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 47. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 92. | | BERTIOLI, S. C. de M. L.; MORETZSOHN, M. de C.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M.; ARAUJO, A. C. G. de; BERTIOLI, D. J. Introgressão de genes úteis de espécies silvestres de Arachis no amendoim cultivado com auxilio de ferramentas genéticas e genômicas. In: ENCONTRO INTERNACIONAL DE ESPECIALISTAS EM ARACHIS, 7, 2010, Buenos Aires, Argentina. [Anais...] Buenos Aires, Argentina: [s.n.], 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 93. | | PROITE, K.; CARNEIRO, R. M. D. G.; GOMES, A. C. M. M.; GUIMARÃES, P. M.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; BERTIOLI, D. J. Interação entre Meloidogyne arenaria raça 1 e duas espécies silvestres de Arachis: observações preliminares. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE NEMATOLOGIA., 25., 2005, Piracicaba. Anais... Piracicaba: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, 2005. Não paginado. Título em inglês: Preliminary observations about the interaction between Meloidogyne arenaria race 1 and two wild species of Arachis.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 94. | | PROITE, K.; CARNEIRO, R. M. D. G.; GOMES, A. C. M. M.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; BERTIOLI, D. J.; GUIMARÃES, P. M. Interação entre Meloidogyne arenaria raça 1 e duas espécies silvestres de Arachis: observações preliminares. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 10., 2005, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2005. p. 71.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 95. | | PROITE, K.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M.; BERTIOLI, D. J.; MORETZSOHN, M. C.; SILVA, F. R. da; MARTINS, N. F.; GUIMARÃES, P. M. ESTs from a wild Arachis species for gene discovery and marker development. BMC Plant Biology, v. 7, n. 7, online, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 96. | | VIDIGAL, B. S.; NIELEN, S.; GUIMARÃES, P. M.; LEAL BERTIOLI, S. C. M.; MORGANTE, C. V.; MORETZSOHN, M. C.; BERTIOLI, D. J. Mapeamento de clones BAC contendo RGAs em Arachis. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 21. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 97. | | FERRAZ, M. L.; ALVES, D. M. T.; PEREIRA, R. W.; GUIMARÃES, P. M.; BERTIOLI, D. J.; LEAL-BERTIOLI, S. C. M. Identificação de marcadores RGA em uma biblioteca de ESTS para espécies silvestres de Arachis representativas dos genomas AA e BB de amendoim. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 86.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 98. | | SUASSUNA, T. de M. F.; SUASSUNA, N. D.; MORETZSOHN, M. de C.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J. Identificação de tolerância às cercosporioses em linhagens de pré-melhoramento de amendoim. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 379| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 99. | | SUASSUNA, T. de M. F.; SUASSUNA, N. D.; MORETZSOHN, M. de C.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J. Identificação de tolerância às cercosporioses em linhagens de pré-melhoramento de amendoim. CONGRESSO BRASILEIRO DE MAMONA, 5.; SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE OLEAGINOSAS ENERGÉTICAS, 2.; FÓRUM CAPIXABA DE PINHÃO-MANSO, 1., 2012, Guarapari. Desafios e Oportunidades: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2012. p. 379| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 100. | | BRIDE, L. L.; BRASILEIRO, A. C. M.; MORGANTE, C. V.; ROBERTS, P. A.; BERTIOLI, S. C. de M. L.; BERTIOLI, D. J.; GUIMARAES, P. M. Identification of candidate genes in Arachis stenosperma involved in the interaction with root-knot nematode (Meloidogyne arenaria). In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE PEANUT RESEARCH COMMUNITY ON ADVANCES IN ARACHIS THROUGH GENOMICS AND BIOTECNOLOGY, 5., 2011, Brasília, DF. Book of abstracts... Brasília, DF: Embrapa Genetic Researces and Biotecnology, 2011. p. 84| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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