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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
19/02/2021 |
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Data da última atualização: |
07/02/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D; VASQUEZ, D. D. N.; MELO, B. P.; FAHEEM, M.; MACEDO, L. L. P. de; MORGANTE, C. V.; BARBOSA, J. A. R. G.; TOGAWA, R. C.; MOREIRA, V. J. V.; DANCHIN, E. G. J.; SA, M. F. G. de. |
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Afiliação: |
FABRICIO BARBOSA MONTEIRO ARRAES; DIOGO MARTINS-DE-SA; DANIEL D. NORIEGA VASQUEZ; BRUNO PAES MELO; MUHAMMAD FAHEEM; LEONARDO LIMA PEPINO DE MACEDO; CAROLINA VIANNA MORGANTE, CPATSA; JOÃO ALEXANDRE R. G. BARBOSA; ROBERTO COITI TOGAWA; VALDEIR JUNIO VAZ MOREIRA; ETIENNE G. J. DANCHIN; MARIA FATIMA GROSSI DE SA. |
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Título: |
Dissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
RNA Biology, v. 18, n. 11, p. 1653-1681, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1080/15476286.2020.1861816 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
RNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plants and viruses. In conclusion, our results highlight several variability hotspots that deserve further investigation in order to improve the application of RNAi technology in the control of insect pests. MenosRNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plant... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Argonaute; DCR1; Dicer; Drosha; DsRBDs; Evolução da proteína; In silico analysis; Loquacious; Pasha; Protein evolution; R2D2; RIIID II; Sequência de proteínas inteira; Structure-function relationship. |
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Thesagro: |
Controle Genético; Genoma; Inseto; Praga; Proteína. |
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Thesaurus Nal: |
Insect control; Pest control; Protein structure; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230917/1/Dissecting-protein-domain-variability-2021.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Solos. Para informações adicionais entre em contato com cnps.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Solos. |
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Data corrente: |
08/02/2009 |
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Data da última atualização: |
08/02/2009 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
FERREIRA FILHO, S. M.; BETTA, M.; GOMES, G. V.; BENITES, V. de M.; NAUMOV, A. |
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Afiliação: |
S. M. Ferreira Filho, Universidade de Rio Verde; M. Betta, Universidade de Rio Verde; G. V. Gomes, Universidade de Rio Verde; Vinicius de Melo Benites, Embrapa Solos; A. Naumov, Iternational Potash Institute. |
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Título: |
Distribuição vertical de nutrientes em solos sob diferentes usos do sudoeste goiano. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 28., 2008; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 12., 2008; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 10., 2008; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 7., 2008, Londrina. FertBio 2008: desafios para o uso do solo com eficiência e qualidade ambiental: anais. Londrina: Embrapa Soja: SBCS: IAPAR: UEL, 2008. |
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Páginas: |
4 p. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em áreas agrícolas no Cerrado, principalmente sob cultivo de grãos, é comum se
encontrar correlações não significativas entre os atributos de fertilidade do solo e a produtividade de grãos. Esse resultado pode ser em parte atribuído a problemas na amostragem do solo, quando não há uma padronização da camada amostrada, podendo ocorrer grandes variações nos níveis nutricionais. O objetivo deste trabalho foi quantificar os teores de nutrientes e verificar sua distribuição vertical em solos sob diferentes usos no Sudoeste Goiano. Foram amostradas as camadas de 0 a 5, 5 a 10, 10 a 20, e 20 a 40 cm de diferentes perfis de solos, sob diferentes usos como, Cerrado natural (reserva), plantio de grãos (agricultura), pastagem e eucalipto (silvicultura), num total de 107 casos. As amostras foram submetidas a analise de fertilidade de rotina no laboratório da Universidade de Rio Verde, sendo determinados os teores de cálcio, magnésio, fósforo, potássio e alumínio. Solos sob agricultura apresentaram maiores níveis de fertilidade e menores teores de alumínio tóxico. Contudo essa condição ficou praticamente limitada à camada superficial de 0 a 10 cm, enquanto que nas camadas inferiores, foram observados valores críticos para o alumínio solúvel, além de baixa fertilidade. Solos sob pastagem apresentaram níveis de fertilidade próximos ao das áreas de reserva, refletindo o baixo uso de fertilizantes e corretivos em pastagem. Em geral, tanto os solos sob uso agrícola quanto sob pastagens apresentam problemas de fertilidade, sugerindo que existe uma grande demanda potencial por fertilizantes e corretivos. MenosEm áreas agrícolas no Cerrado, principalmente sob cultivo de grãos, é comum se
encontrar correlações não significativas entre os atributos de fertilidade do solo e a produtividade de grãos. Esse resultado pode ser em parte atribuído a problemas na amostragem do solo, quando não há uma padronização da camada amostrada, podendo ocorrer grandes variações nos níveis nutricionais. O objetivo deste trabalho foi quantificar os teores de nutrientes e verificar sua distribuição vertical em solos sob diferentes usos no Sudoeste Goiano. Foram amostradas as camadas de 0 a 5, 5 a 10, 10 a 20, e 20 a 40 cm de diferentes perfis de solos, sob diferentes usos como, Cerrado natural (reserva), plantio de grãos (agricultura), pastagem e eucalipto (silvicultura), num total de 107 casos. As amostras foram submetidas a analise de fertilidade de rotina no laboratório da Universidade de Rio Verde, sendo determinados os teores de cálcio, magnésio, fósforo, potássio e alumínio. Solos sob agricultura apresentaram maiores níveis de fertilidade e menores teores de alumínio tóxico. Contudo essa condição ficou praticamente limitada à camada superficial de 0 a 10 cm, enquanto que nas camadas inferiores, foram observados valores críticos para o alumínio solúvel, além de baixa fertilidade. Solos sob pastagem apresentaram níveis de fertilidade próximos ao das áreas ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Nutrientes; Uso. |
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Thesagro: |
Solo. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aEm áreas agrícolas no Cerrado, principalmente sob cultivo de grãos, é comum se encontrar correlações não significativas entre os atributos de fertilidade do solo e a produtividade de grãos. Esse resultado pode ser em parte atribuído a problemas na amostragem do solo, quando não há uma padronização da camada amostrada, podendo ocorrer grandes variações nos níveis nutricionais. O objetivo deste trabalho foi quantificar os teores de nutrientes e verificar sua distribuição vertical em solos sob diferentes usos no Sudoeste Goiano. Foram amostradas as camadas de 0 a 5, 5 a 10, 10 a 20, e 20 a 40 cm de diferentes perfis de solos, sob diferentes usos como, Cerrado natural (reserva), plantio de grãos (agricultura), pastagem e eucalipto (silvicultura), num total de 107 casos. As amostras foram submetidas a analise de fertilidade de rotina no laboratório da Universidade de Rio Verde, sendo determinados os teores de cálcio, magnésio, fósforo, potássio e alumínio. Solos sob agricultura apresentaram maiores níveis de fertilidade e menores teores de alumínio tóxico. Contudo essa condição ficou praticamente limitada à camada superficial de 0 a 10 cm, enquanto que nas camadas inferiores, foram observados valores críticos para o alumínio solúvel, além de baixa fertilidade. Solos sob pastagem apresentaram níveis de fertilidade próximos ao das áreas de reserva, refletindo o baixo uso de fertilizantes e corretivos em pastagem. Em geral, tanto os solos sob uso agrícola quanto sob pastagens apresentam problemas de fertilidade, sugerindo que existe uma grande demanda potencial por fertilizantes e corretivos.
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Registro original: |
Embrapa Solos (CNPS) |
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