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| Registros recuperados : 149 | |
| 102. |  | CAMPOS, G. F.; NONATO, T. B.; SANTANA, T. S.; SANTOS, M. F.; JANK, L.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; RESENDE, R. M. S. Respostas à seleção para caracteres de produção e valor nutritivo em uma população de Panicum maximum Jacq. In In: WORKSHOP MELHORAMENTO VEGETAL: CONTRIBUIÇÕES, AVANÇOS E PERSPECTIVAS PARA O CERRADO BRASILEIRO, 2., 2016. Anais... Campo Grande, MS: SBMP, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 103. | | MACHADO, W. K. R.; BARRIOS, S. C. L.; MATEUS, R. G.; VALLE, C. B. do; AMARAL, P. N. C. do; GOMES, L. L.; SANTOS, I. C. dos. Estimativa de parâmetros e correlações genéticas em híbridos de Brachiaria spp. para caracteres agronômicos e nutritivos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro: resumos das palestras. p. 617| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 105. | | MATEUS, R. G.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; VALERIO, J. R.; TORRES, F. Z. V.; MARTINS, L. B.; AMARAL, P. N. C. do. Genetic parameters and selection of Brachiaria decumbens hybrids for agronomic traits and resistance to spittlebugs. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 15. n. 4, p. 227-234, oct./dez. 2015.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 106. | | MONTEIRO, L. C.; VERZIGNASSI, J. R.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; FERNANDES, C. D.; BENTEO, G. de L.; LIBÓRIO, C. B. de. Characterization and selection of interspecific hybrids of Brachiaria decumbens for seed production in Campo Grande - MS. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v.16, n. 3, p. 174-181, July/Sept. 2016| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 107. | | FERREIRA, R. C. U.; LARA, L. A. de C.; CHIARI, L.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. de. The first genotyping by sequencing in an interespecific population of Urochloa decumbens. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro: resumos das palestras. p. 104| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 108. | | MATIAS, F. I.; MEIRELES, K. G. X.; NAGAMATSU, S. T.; BARRIOS, S. C. L.; VALE, C. B. do; CARAZZOLLE, M. F.; FRITSCHE-NETO, R.; ENDELMAN, J. B. Expected Genotype Quality and Diploidized Marker Data from Genotyping-by-Sequencing of Urocholoa spp. Tetraploids. The Plant Genome, v. 12, n. 3, november 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 109. | | FIGUEIREDO, U. J. de; BERCHEMBROCK, Y. V.; VALLE, C. B. do; BARRIOS, S. C. L.; QUESENBERRY, K. H.; MUÑOZ, P. R.; NUNES, J. A. R. Evaluating early selection in perennial tropical forages. Crop Breeding and Applied Biotechnology, v. 19, n. 3, p. 291-299, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 110. | | PEREIRA, P. C. P.; PAULA, A. A.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; MACHADO, R. K. W.; JANK, L.; SANTOS, M. F. Avaliação do potencial produtivo de sementes de híbridos de Brachiaria decumbens da Embrapa Gado de Corte. In: WORKSHOP MELHORAMENTO VEGETAL: CONTRIBUIÇÕES, AVANÇOS E PERSPECTIVAS PARA O CERRADO BRASILEIRO, 2., 2016. Anais... Campo Grande, MS: SBMP, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 111. | | MENDONÇA, S. A.; MATEUS, R. G.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; MEIRELLES, P. R. de L.; FIGUEIREDO, U. J. Avaliação de híbridos intraespecíficos de Brachiaria decumbens sob cortes. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. A produção animal no mundo em transformação: anais. Brasília, DF: SBZ, 2012. 3 p. 1 CD-ROM. Trabalho 4PSB.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 112. | | NOBRE, A. A. A.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; DIAS, A. M.; MACHADO, W. K. R.; GOUVEIA, B. T.; CANDIDO, A. R.; QUEIROZ JÚNIOR, J. Avaliação e estimativa de parâmetros genéticos para caracteres relacionados à produção de sementes em híbridos de Brachiaria decumbens. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 14., 2018, Campo Grande - MS. [Resumos dos trabalhos]. Brasília, DF, Embrapa, 2018 115 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258). p. 10-11 (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 258).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 114. | | SILVEIRA, E. S.; SANTOS, M. F.; CARROMEU, C.; JANK, L.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; SIMEÃO, R. M. Utilização de drone com diferentes Ground Sample Distance para obtenção de dados fenotípicos de forrageiras. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 15., 2019, Campo Grande, MS. [Resumos dos trabalhos...]. Brasília, DF: Embrapa, 2019 80 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 264). Comitê Organizador: Marlene de Barros Coelho; Lenita Ramires dos Santos; Rodrigo Carvalho Alva; Lucimara Chiari; Thais Basso Amaral. 30-31| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 115. | | DÉO, T. G.; CHIARI, L.; VILELA, M. de M.; SANTOS, M. F.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; JANK, L. Validação de um gene candidato ligado à apomixia em uma população segregante de Brachiaria decumbens. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 9., 2017, Foz de Iguaçu. Melhoramento de plantas: projetando o futuro: resumos das palestras. p. 635| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 116. | | JANK, L.; BRAZ, T. dos S.; BARRIOS, S. C. L.; RESENDE, R. M. S.; VALLE, C. B. do; SANTOS, E. dos; FERREIRA, G.; MEIRELES, K. G. X.; CHIARI, L.; JUNGMANN, L. Breeding vemcum maximum in Brazil In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM OF FORAGE BREEDING, 4., 2013, Melbourne. Book of abstracts. Melbourne: Centre for AgriBioscience, 2013. P. 52| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 117. | | MATIAS, F. I.; BARRIOS, S. C. L.; BEARARI, L. M.; MEIRELES, K. G. X.; MATEUS, R. G.; AMARAL, P. N. C. do; ALVES, G. F.; VALLE, C. B. do; FRITSCHE-NETO, R. Contribution of Additive and Dominance Effects on Agronomical and Nutritional Traits, and Multivariate Selection on Urochloa spp. Hybrids. Crop Science, v. 58, n. 6, p. 2444-2458, November/December, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 118. | | SIMEÃO, R. M.; RAPOSO, A.; VILELA, M. de M.; MARTINS, F. B.; RESENDE, M. D. V. de; BARRIOS, S. C. L.; MEIRELES, K. G. X.; VALLE, C. B. do; JANK, L.; SANTOS, M. F.; SOUSA, A. P. de. Melhoramento genético de Brachiaria ruziziensis Germain & Evrard (sin. Urochloa ruziziensis) autotetraploide: resultados do segundo ciclo de seleção intrapopulacional e estratégias para aumentar a eficiência da seleção. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2022. (Embrapa Gado de Corte. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 50).| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 119. | | RESENDE, R. M. S.; VALLE, C. B. do; RESENDE, M. D. V. de; MEDEIROS, S. R. de; SILVA, A. S.; RAGALZI, C. de M.; JANK, L.; BARRIOS, S. C. L.; SANTOS, M. F. Melhoramento de Brachiaria ruziziensis Germain & Evrard (sin. Urochloa ruziziensis) autotetraploide: resultados da avaliação genética de subpopulações, progênies e indivíduos. Brasília, DF: Embrapa, 2016. 30 p. (Embrapa Gado de Corte. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 37).| Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Gado de Corte. |
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| 120. | | BARRIOS, S. C. L.; CARROMEU, C.; CRIVELLARO, L. L.; VERZIGNASSI, J. R.; ZIMMER, A. H.; SANTOS, M. F.; JANK, L.; VALLE, C. B. do; JOSÉ, M. R.; GOMES, O. C. de O.; MATSUBARA, E. T.; SILVA, M. A. I. da. Pasto Certo - versão 3.0: aplicativo para dispositivos móveis e desktop sobre forrageiras tropicais. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2021. (Embrapa Gado de Corte / Comunicado Técnico, 159)| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| Registros recuperados : 149 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
27/12/2019 |
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Data da última atualização: |
27/12/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
MATIAS, F. I.; MEIRELES, K. G. X.; NAGAMATSU, S. T.; BARRIOS, S. C. L.; VALE, C. B. do; CARAZZOLLE, M. F.; FRITSCHE-NETO, R.; ENDELMAN, J. B. |
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Afiliação: |
Filipe Inácio Matias, Universidade de São Paulo - USP/ Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/Departamento de Genetica; KAREM GUIMARAES XAVIER MEIRELES, CNPGC; Sheila Tiemi Nagamatsu, Universiade Estadual de Campinas - UNICAMP/Departamento Genética e Evolução; SANZIO CARVALHO LIMA BARRIOS, CNPGC; Cacilda Borges do Valle, Colaboradora da Embrapa Gado de Corte; Marcelo Falsarella Carazzolle, Universiade Estadual de Campinas - UNICAMP/Departamento Genética e Evolução; Roberto Fritsche-Neto, Universidade de São Paulo - USP/ Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/Departamento de Genetica; Jeffrey B. Endelman, University of Wisconsin–Madison/Dep. Horticulture. |
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Título: |
Expected Genotype Quality and Diploidized Marker Data from Genotyping-by-Sequencing of Urocholoa spp. Tetraploids. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
The Plant Genome, v. 12, n. 3, november 2019. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Although genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genotypes are called using a diploidized or allele dosage model. MenosAlthough genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genot... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Although genotyping-by-sequencing; Marker technology. |
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Thesaurus NAL: |
Genotype; Hybrids; Urochloa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/207884/1/Expected-Genotype-Quality-and-Diploidized.pdf
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Marc: |
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