| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agrobiologia. Para informações adicionais entre em contato com cnpab.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
|
Data corrente: |
09/06/2021 |
|
Data da última atualização: |
09/11/2021 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
PESSOA, D. D. V.; SANTOS, C. M. dos; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I.; TADRA-SFEIR, M. Z.; SOUZA, E. M. de; ARAUJO, J. L. S. de. |
|
Afiliação: |
DANIELLA DUARTE VILLARINHO PESSOA, UFRRJ; CARLOS MAGNO DOS SANTOS, UFRRJ; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; MICHELLE ZIBETTI TADRA-SFEIR, UFPR; EMANUEL MALTEMPI DE SOUZA, UFPR; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB. |
|
Título: |
Herbaspirillum seropedicae strain HRC54 expression profile in response to sugarcane apoplastic fluid. |
|
Ano de publicação: |
2021 |
|
Fonte/Imprenta: |
3 Biotech, v. 11, Article number 292, 2021. |
|
ISSN: |
2190-5738 |
|
DOI: |
10.1007/s13205-021-02848-y |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Bacterial transcriptome profiling in the presence of plant fluids or extracts during microbial growth may provide relevant information on plant?bacteria interactions. Here, RNA sequencing (RNA-Seq) was used to determine the transcriptomic profile of Herbaspirillum seropedicae strain HRC54 at the early stages of response to sugarcane apoplastic fluid. Differentially expressed gene (DEG) analysis was performed using the DESeq2 and edgeR packages, followed by functional annotation using Blast2GO and gene ontology enrichment analysis using the COG and KEGG databases. After 2 h of sugarcane apoplastic fluid addition to the H. seropedicae HRC54 culture, respectively, 44 and 45 genes were upregulated and downregulated. These genes were enriched in bacterial metabolism (e.g., oxidoreductase and transferase), ABC transporters, motility, secretion systems, and signal transduction. RNA-Seq expression profiles of 12 genes identified in data analyses were verified by RT-qPCR. The results suggested that H. seropedicae HRC54 recognized sugarcane apoplastic fluid as the host signal, and some DEGs were closely involved at the early stages of the establishment of plant?bacteria interactions. |
|
Palavras-Chave: |
Plant bacteria interactions. |
|
Thesaurus Nal: |
Sugarcane. |
|
Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
|
Marc: |
LEADER 01927naa a2200241 a 4500
001 2132254
005 2021-11-09
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
022 $a2190-5738
024 7 $a10.1007/s13205-021-02848-y$2DOI
100 1 $aPESSOA, D. D. V.
245 $aHerbaspirillum seropedicae strain HRC54 expression profile in response to sugarcane apoplastic fluid.$h[electronic resource]
260 $c2021
520 $aBacterial transcriptome profiling in the presence of plant fluids or extracts during microbial growth may provide relevant information on plant?bacteria interactions. Here, RNA sequencing (RNA-Seq) was used to determine the transcriptomic profile of Herbaspirillum seropedicae strain HRC54 at the early stages of response to sugarcane apoplastic fluid. Differentially expressed gene (DEG) analysis was performed using the DESeq2 and edgeR packages, followed by functional annotation using Blast2GO and gene ontology enrichment analysis using the COG and KEGG databases. After 2 h of sugarcane apoplastic fluid addition to the H. seropedicae HRC54 culture, respectively, 44 and 45 genes were upregulated and downregulated. These genes were enriched in bacterial metabolism (e.g., oxidoreductase and transferase), ABC transporters, motility, secretion systems, and signal transduction. RNA-Seq expression profiles of 12 genes identified in data analyses were verified by RT-qPCR. The results suggested that H. seropedicae HRC54 recognized sugarcane apoplastic fluid as the host signal, and some DEGs were closely involved at the early stages of the establishment of plant?bacteria interactions.
650 $aSugarcane
653 $aPlant bacteria interactions
700 1 $aSANTOS, C. M. dos
700 1 $aVIDAL, M. S.
700 1 $aBALDANI, J. I.
700 1 $aTADRA-SFEIR, M. Z.
700 1 $aSOUZA, E. M. de
700 1 $aARAUJO, J. L. S. de
773 $t3 Biotech$gv. 11, Article number 292, 2021.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 5 | |
| 2. |  | MOREIRA, D. K. T.; CARVALHO, C. W. P.; BARCELOS, M. F. P.; ASCHERI, J. L. R.; TAKEITI, C. Y.; COSTA, L. M. A. S.; BARBOSA, F. S. Obtenção e caracterização de extrudados expandidos (snacks) de arroz e soja. In: SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE CIÊNCIA DE ALIMENTOS, 8., 2009, Campinas. Ciência de alimentos no mundo globalizado: novos desafios, novas perspectivas. Campinas: Unicamp, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
|   |
| 3. | | MOREIRA, D. K. T.; NASCIMENTO, E. M. G. C.; CARVALHO, C. W. P.; BARCELOS, M. F. P.; ASCHERI, J. L. R.; FIRMINO, P. T.; TAKEITI, C. Y. Obtenção e comparação de farinhas instantâneas de milho e de arroz adicionadas de torta de gergelim. In: SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE CIÊNCIA DE ALIMENTOS, 8., 2009, Campinas. Ciência de alimentos no mundo globalizado: novos desafios, novas perspectivas. Campinas: Unicamp, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
| |
| 5. | | MOREIRA, D. K. T.; CARVALHO, C. W. P.; BARCELOS, M. F. P.; ASCHERI, J. L. R.; FIRMINO, P. T.; TAKEITI, C. Y.; COSTA, C. V.; FREITAS, D. G. C. Utilização parcial de farinha extrudada de gergelim (Sesamum indicum L.) na elaboração de biscoitos para pacientes celíacos. In: SIMPÓSIO LATINO AMERICANO DE CIÊNCIA DE ALIMENTOS, 8., 2009, Campinas. Ciência de alimentos no mundo globalizado: novos desafios, novas perspectivas. Campinas: Unicamp, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
|  |
| Registros recuperados : 5 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
