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| Registros recuperados : 34 | |
| 1. |  | MORGANTE, C. V.; ARRAES, F. B. M.; PINTO, C. E. M.; MELO, B. P. de; GROSSI-DE-SA, M. F. Modulação da expressão gênica em plantas via tecnologia CRISPR/dCas9. In: MOLINARI, H. B. C.; VIEIRA, L. R.; SILVA, N. V. e; PRADO, G. S.; LOPES FILHO, J. H. (Ed.). Tecnologia CRISPR na edição genômica de plantas: biotecnologia aplicada à agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2020. cap. 4, p. 125-177.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 2. | | MORGANTE, C. V.; ARRAES, F. B. M.; MOREIRA-PINTO, C. E; MELO, B. P.; SA, M. F. G. de. Modulation of gene expression in plants via CRISPR/dCas9 technology. In: MOLINARI, H. B. C.; VIEIRA, L. R.; SILVA, N. V. e; PRADO, G. S.; LOPES FILHO, J. F. (Ed.). CRISPR technology in plant genome editing: biotechnology applied to agriculture. Brasília, DF : Embrapa, 2021. CAP. 4, 119-167 il., color.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 4. | | BEZERRA L. P. de A. F.; MELO, B. P. de; ARRAES, F. B. M.; MORGANTE, C. V.; LOURENCO, I. T.; DOMICIANO, G. P.; ANDRADE, R. V.; FONTES, E. P. B.; SÁ, M. F. G. de. Engenharia genética de precisão para tolerância à seca em soja e seu efeito na via de morte celular programada do retículo endoplasmático. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 8, 2023, Florianópolis, SC. Anais... Florianópolis: SBG, 2023. p. 85.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | BEZERRA L. P. de A. F.; MELO, B. P. de; ARRAES, F. B. M.; MORGANTE, C. V.; LOURENCO, I. T.; DOMICIANO, G. P.; ANDRADE, R. V.; FONTES, E. P. B.; SÁ, M. F. G. de. Engenharia genética de precisão para tolerância à seca em soja e seu efeito na via de morte celular programada do retículo endoplasmático. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 8, 2023, Florianópolis, SC. Anais... Florianópolis: SBG, 2023. p. 85.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 6. | | NORIEGA, D. D.; ARRAES, F. B. M.; ANTONINO, J. D.; MACEDO, L. L. P.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; GRYNBERG, P.; SILVA, M. C. M.; NEGRISOLI JUNIOR, A. S.; MORGANTE, C. V.; GROSSI-DE-SA, M. F. Comparative gut transcriptome analysis of Diatraea saccharalis in response to the dietary source. PLoS ONE, v. 15, n. 8, e0235575, 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 7. | | NORIEGA, D. D.; ARRAES, F. B. M.; ANTONINO, J. D.; MACEDO, L. L. P.; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; GRYNBERG, P.; SILVA, M. C. M.; NEGRISOLI JUNIOR, A. S.; GROSSI-DE-SA, M. F. Transcriptome analysis and knockdown of the juvenile hormone esterase gene reveal abnormal feeding behavior in the sugarcane giant borer. Frontiers in Physiology, v. 11, article 588450, 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 8. | | NORIEGA, D. D.; ARRAES, F. B. M.; ANTONINO, J. D.; MACEDO, L. L. P. de; FONSECA, F. C. A.; TOGAWA, R. C.; GRYNBERG, P.; SILVA, M. C. M. da; NEGRISOLI JUNIOR, A. S.; SA, M. F. G. de. Transcriptome Analysis and Knockdown of the Juvenile Hormone Esterase Gene Reveal Abnormal Feeding Behavior in the Sugarcane Giant Borer. Frontiers in Physiology, v. 11, 588450, jul. 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 9. | | ARRAES, F. B. M.; BENEVENTI, M. A.; SA, M. E. L. de; PAIXAO, J. F. R.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; MARIN, S. R. R.; PURGATTO, E.; NEPOMUCENO, A. L.; GROSSI-DE-SA, M. F. Implications of ethylene biosynthesis and signaling in soybean drought stress tolerance. BMC Plant Biology, v. 15:213, 2015. (Open access).| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Soja. |
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| 10. | | SILVA, M. S.; ARRAES, F. B. M.; CAMPOS, M. de A.; GROSSI-DE-SA, M.; FERNANDEZ, D.; CÂNDIDO, E. de S.; CARDOSO, M. H.; FRANCO, O. L.; GROSSI-DE-SA, M. F. Review: potential biotechnological assets related to plant immunity modulation applicable in engineering disease-resistant crops. Plant Science, v. 270, p. 72-84, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 11. | | ARRAES, F. B. M.; ROCHA, S.; SÁ, D. M. de; FAHEEM, M.; MELO, B. P.; MORGANTE, C. V.; SOUZA JUNIOR, D.; NORIEGA, D.; SA, M. F. G. de; DANCHIN, E. G. In silico analysis reveal high variability in RNAi machinery of five different insect orders. In: BRAZILIAN BIOTECHNOLOGY CONGRESS, 7.; BIOTECHNOLOGY IBERO-AMERICAN CONGRESS, 2., 2018, Brasília, DF. Proceedings... Brasília, DF: SBBiotec, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | MOURA, S. M. de; FREITAS, E. O.; RIBEIRO, T. P.; PAES-DE-MELO, B.; ARRAES, F. B. M.; MACEDO, L. L. P. de; PAIXÃO, J. F. R.; LOURENCO, I. T.; ARTICO, S.; VALENÇA, D. da C.; SILVA, M. C. M. da; OLIVEIRA, A. C. de; MARCIO ALVES-FERREIRA, M.; SA, M. F. G. de. Discovery and functional characterization of novel cotton promoters with potential application to pest control. Plant Cell Reports, v. 41, p. 1589-1601, 2022. Na publicação: Leonardo Lima Pepino Macedo; Isabela T. Lourenço-Tessutti; Maria Cristina Mattar Silva; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 13. | | ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D; VASQUEZ, D. D. N.; MELO, B. P.; FAHEEM, M.; MACEDO, L. L. P. de; MORGANTE, C. V.; BARBOSA, J. A. R. G.; TOGAWA, R. C.; MOREIRA, V. J. V.; DANCHIN, E. G. J.; SA, M. F. G. de. Dissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders. RNA Biology, v. 18, n. 11, p. 1653-1681, 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | FREITA, E. O.; MELO, B. P.; LOURENCO-TESSUTTI, I. T.; ARRAES, F. B. M.; AMORIM, R. M.; LISEI-DE-SÁ, M. E.; COSTA, J. A.; LEITE, A. G. B.; FAHEEM, M.; FERREIRA, M. A.; MORGANTE, C. V.; FONTES, E. P. B.; GROSSI-DE-SA, M. F. Identification and characterization of the GmRD26 soybean promoter in response to abiotic stresses: potential tool for biotechnological application. BMC Biotechnology, v. 19, article 79, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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| 15. | | MOTA, A. P. Z.; FERNANDEZ, D.; ARRAES, F. B. M.; PETITOT, A.-S.; MELO, B. P. de; SA, M. E. L. de; GRYNBERG, P.; SARAIVA, M. A. P.; GUIMARAES, P. M.; BRASILEIRO, A. C. M.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; DANCHIN, E. G. J.; GROSSI-DE-SA, M. F. Evolutionarily conserved plant genes responsive to root-knot nematodes identified by comparative genomics. Molecular Genetics and Genomics, v. 295, p. 1063-1078, 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 16. | | MOREIRA, V. J. V.; LOURENCO, I. T.; BASSO, M. F.; LISEI-DE-SA, M. E.; MORGANTE, C. V.; PAES-DE-MELO, B.; ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D.; SILVA, M. C. M. da; ENGLER, J. de A.; SA, M. F. G. de. Minc03328 effector gene downregulation severely affects Meloidogyne incognita parasitism in transgenic Arabidopsis thaliana. Planta, v. 255,44, 2022. Na publicação: Isabela Tristan Lourenço-Tessutti; Maria Cristina Mattar Silva; Maria Fatima Grossi-de-Sa.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 17. | | MOREIRA, V. J. V; LOURENCO, I. T.; BASSO, M. F.; SÁ. M. E. L. de; MORGANTE, C. V.; MELO, B. P.; ARRAES, F. B. M.; SÁ, D. M. de; SILVA, M. C. M. da; ENGLER, J. de A.; SA, M. F. G. de. Minc03328 effector gene down regulation severely affects Meloidogyne incognita parasitism in transgenic Arabidopsis thaliana. Planta, v. 255, n. 2, 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 18. | | COSTA, L. S. de L.; ALVES, N. S. de F.; PINTO, C. E. M.; FLORENTINO, L. H.; MELO, B. P. de; MOREIRA, V. J. V.; SÁ, M. E. L. de; ARRAES, F. B. M.; RECH FILHO, E. L.; MORGANTE, C. V.; SA, M. F. G. de. Depleção do quadro de leitura upstream como nova estratégia para manipular a tradução de gmpr10 usando crispr/cas9 para aumentar a tolerância da soja a fitonematoides. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 8, 2023, Florianópolis, SC. Anais... Florianópolis: SBG, 2023. p. 131.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 19. | | COSTA, L. S. de L.; ALVES, N. S. de F.; PINTO, C. E. M.; FLORENTINO, L. H.; MELO, B. P. de; MOREIRA, V. J. V.; SÁ, M. E. L. de; ARRAES, F. B. M.; RECH FILHO, E. L.; MORGANTE, C. V.; SA, M. F. G. de. Depleção do quadro de leitura upstream como nova estratégia para manipular a tradução de gmpr10 usando crispr/cas9 para aumentar a tolerância da soja a fitonematoides. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE GENÉTICA MOLECULAR DE PLANTAS, 8, 2023, Florianópolis, SC. Anais... Florianópolis: SBG, 2023. p. 131.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 20. | | NORIEGA, D. D.; ARIAS, P. L.; BARBOSA, H. R.; ARRAES, F. B. M.; OSSA, G. A.; VILLEGAS, B.; COELHO, R. R.; ALBUQUERQUE, E. V. S.; TOGAWA, R. C.; GRYNBERG, P.; WANG, H.; VÉLEZ, A. M.; ARBOLEDA, J. W.; GROSSI-DE-SA, M. F.; SILVA, M. C. M.; VALENCIA-JIMÉNEZ, A. Transcriptome and gene expression analysis of three developmental stages of the coffee berry borer, Hypothenemus hampei. Scientific Reports, v.9, n. 1, article 12804, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| Registros recuperados : 34 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
19/02/2021 |
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Data da última atualização: |
07/02/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
ARRAES, F. B. M.; MARTINS-DE-SA, D; VASQUEZ, D. D. N.; MELO, B. P.; FAHEEM, M.; MACEDO, L. L. P. de; MORGANTE, C. V.; BARBOSA, J. A. R. G.; TOGAWA, R. C.; MOREIRA, V. J. V.; DANCHIN, E. G. J.; SA, M. F. G. de. |
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Afiliação: |
FABRICIO BARBOSA MONTEIRO ARRAES; DIOGO MARTINS-DE-SA; DANIEL D. NORIEGA VASQUEZ; BRUNO PAES MELO; MUHAMMAD FAHEEM; LEONARDO LIMA PEPINO DE MACEDO; CAROLINA VIANNA MORGANTE, CPATSA; JOÃO ALEXANDRE R. G. BARBOSA; ROBERTO COITI TOGAWA; VALDEIR JUNIO VAZ MOREIRA; ETIENNE G. J. DANCHIN; MARIA FATIMA GROSSI DE SA. |
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Título: |
Dissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
RNA Biology, v. 18, n. 11, p. 1653-1681, 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1080/15476286.2020.1861816 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
RNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plants and viruses. In conclusion, our results highlight several variability hotspots that deserve further investigation in order to improve the application of RNAi technology in the control of insect pests. MenosRNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plant... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Argonaute; DCR1; Dicer; Drosha; DsRBDs; Evolução da proteína; In silico analysis; Loquacious; Pasha; Protein evolution; R2D2; RIIID II; Sequência de proteínas inteira; Structure-function relationship. |
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Thesagro: |
Controle Genético; Genoma; Inseto; Praga; Proteína. |
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Thesaurus NAL: |
Insect control; Pest control; Protein structure; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230917/1/Dissecting-protein-domain-variability-2021.pdf
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Marc: |
LEADER 03184naa a2200541 a 4500
001 2130159
005 2022-02-07
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1080/15476286.2020.1861816$2DOI
100 1 $aARRAES, F. B. M.
245 $aDissecting protein domain variability in the core rna interference machinery of five insect orders.$h[electronic resource]
260 $c2021
520 $aRNA interference (RNAi)-mediated gene silencing can be used to control specific insect pest populations. Unfortunately, the variable efficiency in the knockdown levels of target genes has narrowed the applicability of this technology to a few species. Here, we examine the current state of knowledge regarding the miRNA (micro RNA) and siRNA (small interfering RNA) pathways in insects and investigate the structural variability at key protein domains of the RNAi machinery. Our goal was to correlate domain variability with mechanisms affecting the gene silencing efficiency. To this end, the protein domains of 168 insect species, encompassing the orders Coleoptera, Diptera, Hemiptera, Hymenoptera, and Lepidoptera, were analysed using our pipeline, which takes advantage of meticulous structure-based sequence alignments. We used phylogenetic inference and the evolutionary rate coefficient (K) to outline the variability across domain regions and surfaces. Our results show that four domains, namely dsrm, Helicase, PAZ and Ribonuclease III, are the main contributors of protein variability in the RNAi machinery across different insect orders. We discuss the potential roles of these domains in regulating RNAi-mediated gene silencing and the role of loop regions in fine-tuning RNAi efficiency. Additionally, we identified several order-specific singularities which indicate that lepidopterans have evolved differently from other insect orders, possibly due to constant coevolution with plants and viruses. In conclusion, our results highlight several variability hotspots that deserve further investigation in order to improve the application of RNAi technology in the control of insect pests.
650 $aInsect control
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700 1 $aVASQUEZ, D. D. N.
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700 1 $aTOGAWA, R. C.
700 1 $aMOREIRA, V. J. V.
700 1 $aDANCHIN, E. G. J.
700 1 $aSA, M. F. G. de
773 $tRNA Biology$gv. 18, n. 11, p. 1653-1681, 2021.
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Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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