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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
03/03/2017 |
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Data da última atualização: |
03/03/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SANTANA, M. H. de A.; OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CESAR, A. S. M.; FREUA, M. C.; GOMES, R. da C.; SILVA, S. da L.; LEME, P. R.; FUKUMASU, H.; CARVALHO, M. E.; VENTURA, R. V.; COUTINHO, L. L.; KADARMIDEEN, H. N.; FERRAZ, J. B. S. |
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Afiliação: |
MIGUEL HENRIQUE DE ALMEIDA SANTANA; GERSON ANTÔNIO OLIVEIRA JUNIOR; ALINE SILVA MELLO CESAR; MATEUS CASTELANI FREUA; RODRIGO DA COSTA GOMES, CNPGC; SAULO DA LUZ E SILVA; PAULO ROBERTO LEME; HEIDGE FUKUMASU; MINOS ESPERÂNDIO CARVALHO; RICARDO VIEIRA VENTURA; LUIZ LEHMANN COUTINHO; HAJA N. KADARMIDEEN; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ. |
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Título: |
Copy number variations and genome-wide associations reveal putative genes and metabolic pathways involved with the feed conversion ratio in beef cattle. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Gentics, v. 57, n. 4, p. 495-504, 2016 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV regions (CNVRs) were identified with CNVRuler and a linear regression was used to associate CNVRs and the FCR. Functional annotation of associated genomic regions was performed with the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) and the metabolic pathways were obtained from the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). We showed five genomic windows distributed over chromosomes 4, 6, 7, 8, and 24 that explain 12 % of the total genetic variance for FCR, and detected 12 CNVRs (chromosomes 1, 5, 7, 10, and 12) significantly associated [false discovery rate (FDR) < 0.05] with the FCR. Significant genomic regions (GWAS and CNV) harbor candidate genes involved in pathways related to energetic, lipid, and protein metabolism. The metabolic pathways found in this study are related to processes directly connected to feed efficiency in beef cattle. It was observed that, even though different genomic regions and genes were found between the two approaches (GWAS and CNV), the metabolic processes covered were related to each other. Therefore, a combination of the approaches complement each other and lead to a better understanding of the FCR. MenosThe use of genome-wide association results combined with other genomic approaches may uncover genes and metabolic pathways related to complex traits. In this study, the phenotypic and genotypic data of 1475 Nellore (Bos indicus) cattle and 941,033 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were used for genome-wide association study (GWAS) and copy number variations (CNVs) analysis in order to identify candidate genes and putative pathways involved with the feed conversion ratio (FCR). The GWAS was based on the Bayes B approach analyzing genomic windows with multiple regression models to estimate the proportion of genetic variance explained by each window. The CNVs were detected with PennCNV software using the log R ratio and B allele frequency data. CNV regions (CNVRs) were identified with CNVRuler and a linear regression was used to associate CNVRs and the FCR. Functional annotation of associated genomic regions was performed with the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) and the metabolic pathways were obtained from the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). We showed five genomic windows distributed over chromosomes 4, 6, 7, 8, and 24 that explain 12 % of the total genetic variance for FCR, and detected 12 CNVRs (chromosomes 1, 5, 7, 10, and 12) significantly associated [false discovery rate (FDR) < 0.05] with the FCR. Significant genomic regions (GWAS and CNV) harbor candidate genes involved in pathways related to energetic, lipid,... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
GWAS; Nellore cattle. |
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Thesaurus Nal: |
Cattle; Cucumber necrosis virus; Feed conversion; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/157039/1/Copy-number-variations-and-genome-wide.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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Biblioteca |
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Cutter |
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URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
13/07/2010 |
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Data da última atualização: |
12/08/2010 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
VIDAL, M. das G.; SILVA JÚNIOR, J. L. P. da; TAVARES FILHO, L. F. de Q.; ALVES, A. A. C.; LEDO, C. A. da S. |
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Afiliação: |
Maria das Graças Vidal, UFRB; Jorge Luiz Pinto da Silva Júnior, UFRB; Leônidas Francisco de Queiroz Tavares Filho, UFRB; Alfredo Augusto Cunha Alves, NCGRP/ARS/USDA; CARLOS ALBERTO DA SILVA LEDO, CNPMF. |
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Título: |
Levantamento da entomofauna em espécies silvestres de mandioca. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. 1 CD-ROM (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
pdf 387. |
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Conteúdo: |
A mandioca é uma planta cultivada em todas regiões tropicais do mundo, com grande importância para alimentação humana e animal. É uma espécie monóica com flores estaminadas e pistiladas na mesma inflorescência, com hábito de floração protígina, favorecendo a alogamia. Durante muitos anos a mandioca vem sendo propagada assexuadamente pela interferência humana. As espécies silvestres são fontes de gens importantes para trabalhos de melhoramento da mandioca. Essas espécies quando cruzadas manualmente com a mandioca, encontram barreiras interespecíficas que dificultam o trabalho de polinização. Conhecer os polinizadores da mandioca, é fundamental para assegurar o processo da polinização, dando subsídio a programas de melhoramento da mandioca. O objetivo desse trabalho foi fazer o levantamento dos insetos visitantes florais em espécies silvestres de mandioca, mantidos em condições de campo na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical (CNPMF), em Cruz das Almas, Bahia. Atualmente, esta coleção possui cerca de 560 acessos, com aprox. 20 espécies de Manihot. As avaliações e coleta dos insetos ocorreram no periodo de setembro de 2009 a fevereiro de 2010 nos horários das 8:00 às 16:00 horas. Avaliou-se a constância das espécies na coleta, a identificação e abundância dos insetos nas diferentes espécies de mandioca e o horário de visita dos polinizadores. Foram coletados 825 insetos, representados por 6 ordens: Hymenoptera (89,2 %), Diptera (5,3%), Coleoptera (3,3%), Hemiptera (1,7%), Orthoptera (0,2%) e Mantodea (0,2%). Os polinizadores observados, são da ordem Hymenoptera, pertencentes as famílias: Apidae (87%) e Vespidae (13%). A espécie Apis mellifera (abelha africanizada) foi o inseto mais frequente em todos os horários observados e mais abundante (72 %). Esta espécie apresentou comportamento consistente, colocando o seu corpo em contato com o estigma e a antera, o que a credencia como o principal polinizador, seguida da Trigona spinipes (abelha irapuá) que também visitava os orgãos reprodutores das flores, e algumas especies da familia Vespidae, que ao visitar as plantas, não apresentava fidelidade nas visitas, visitando tanto as flores como demais partes da planta (folhas e caule), o que diminuia sua eficiência como agente polinizador. MenosA mandioca é uma planta cultivada em todas regiões tropicais do mundo, com grande importância para alimentação humana e animal. É uma espécie monóica com flores estaminadas e pistiladas na mesma inflorescência, com hábito de floração protígina, favorecendo a alogamia. Durante muitos anos a mandioca vem sendo propagada assexuadamente pela interferência humana. As espécies silvestres são fontes de gens importantes para trabalhos de melhoramento da mandioca. Essas espécies quando cruzadas manualmente com a mandioca, encontram barreiras interespecíficas que dificultam o trabalho de polinização. Conhecer os polinizadores da mandioca, é fundamental para assegurar o processo da polinização, dando subsídio a programas de melhoramento da mandioca. O objetivo desse trabalho foi fazer o levantamento dos insetos visitantes florais em espécies silvestres de mandioca, mantidos em condições de campo na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical (CNPMF), em Cruz das Almas, Bahia. Atualmente, esta coleção possui cerca de 560 acessos, com aprox. 20 espécies de Manihot. As avaliações e coleta dos insetos ocorreram no periodo de setembro de 2009 a fevereiro de 2010 nos horários das 8:00 às 16:00 horas. Avaliou-se a constância das espécies na coleta, a identificação e abundância dos insetos nas diferentes espécies de mandioca e o horário de visita dos polinizadores. Foram coletados 825 insetos, representados por 6 ordens: Hymenoptera (89,2 %), Diptera (5,3%), Coleoptera (3,3%), Hemiptera (1,7%), O... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Abelhas; Polinizadores. |
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Thesagro: |
Mandioca; Polinização; Taxonomia. |
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Thesaurus NAL: |
cassava; Manihot. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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520 $aA mandioca é uma planta cultivada em todas regiões tropicais do mundo, com grande importância para alimentação humana e animal. É uma espécie monóica com flores estaminadas e pistiladas na mesma inflorescência, com hábito de floração protígina, favorecendo a alogamia. Durante muitos anos a mandioca vem sendo propagada assexuadamente pela interferência humana. As espécies silvestres são fontes de gens importantes para trabalhos de melhoramento da mandioca. Essas espécies quando cruzadas manualmente com a mandioca, encontram barreiras interespecíficas que dificultam o trabalho de polinização. Conhecer os polinizadores da mandioca, é fundamental para assegurar o processo da polinização, dando subsídio a programas de melhoramento da mandioca. O objetivo desse trabalho foi fazer o levantamento dos insetos visitantes florais em espécies silvestres de mandioca, mantidos em condições de campo na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical (CNPMF), em Cruz das Almas, Bahia. Atualmente, esta coleção possui cerca de 560 acessos, com aprox. 20 espécies de Manihot. As avaliações e coleta dos insetos ocorreram no periodo de setembro de 2009 a fevereiro de 2010 nos horários das 8:00 às 16:00 horas. Avaliou-se a constância das espécies na coleta, a identificação e abundância dos insetos nas diferentes espécies de mandioca e o horário de visita dos polinizadores. Foram coletados 825 insetos, representados por 6 ordens: Hymenoptera (89,2 %), Diptera (5,3%), Coleoptera (3,3%), Hemiptera (1,7%), Orthoptera (0,2%) e Mantodea (0,2%). Os polinizadores observados, são da ordem Hymenoptera, pertencentes as famílias: Apidae (87%) e Vespidae (13%). A espécie Apis mellifera (abelha africanizada) foi o inseto mais frequente em todos os horários observados e mais abundante (72 %). Esta espécie apresentou comportamento consistente, colocando o seu corpo em contato com o estigma e a antera, o que a credencia como o principal polinizador, seguida da Trigona spinipes (abelha irapuá) que também visitava os orgãos reprodutores das flores, e algumas especies da familia Vespidae, que ao visitar as plantas, não apresentava fidelidade nas visitas, visitando tanto as flores como demais partes da planta (folhas e caule), o que diminuia sua eficiência como agente polinizador.
650 $acassava
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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