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| Registros recuperados : 77 | |
| 4. |  | MENDONCA, C. L.; KOHAYAGAWA, A.; SCHENK, M. A. M.; MADRUGA, C. R. AFONSO, J. A. B. Avaliacao clinica e hematologica de bezerros nelores infectados experimentalmente com isolados de Babesia bigemina das regioes Sudeste, Nordeste e Norte do Brasil. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 11., SEMINARIO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA DOS PAISES DO MERCOSUL, 2; SIMPOSIO DE CONTROLE INTEGRADO DE PARASITOS DE BOVINOS, 1., 1999, Salvador. Anais... Ilheus: Colegio Brasileiro de Parasitolgia Veterinaria, [1999?]. p.202. CNPGC. Resumo TL-PB-346.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 6. | | MENDONCA, C. L.; KOHAYAGAWA, A.; SCHENK, M. A. M.; MADRUGA, C. R.; AFONSO, J. A. B. Avaliacao da medula ossea em bezerros nelores infectados experimentalmente com isolados de Babesia bigemina das regios Sudoeste, Nordeste e Norte do Brasil. In: SEMINARIO BRASILEIRO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA, 11., SEMINARIO DE PARASITOLOGIA VETERINARIA DOS PAISES DO MERCOSUL, 2; SIMPOSIO DE CONTROLE INTEGRADO DE PARASITOS DE BOVINOS, 1., 1999, Salvador. Anais... Ilheus: Colegio Brasileiro de Parasitolgia Veterinaria, [1999?]. p.202. CNPGC. Resumos TL-PB-347.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 9. | | ADRIÃO, M. G. F.; JIMÉNEZ, G. C.; MARIS, A. B.; WISCHRAL, A.; AFONSO, J. B. Variaciones circadianas de los niveles de P, CA++, y sericos y orinarios de NA+, K+, ureia y creatinina en los caprinos bajo ingestión de sipaúba (Thiloa glaucocarpa). In: CONGRESSO IBEROAMERICANO DE RAZAS CRIOLLAS Y AUTOCTONAS, 6.; SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACION Y UTILIZACION DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 4., 2003, Recife. [S.l.]: Federación Iberoamericana de Razas Criollas: CYTED, 2003. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 10. | | SILVA, A. A. da; ADRIÃO, M.; JIMENEZ, G. C.; SANTOS, M. C. da R.; WISCHRAL, A.; AFONSO, J. A. B. Estudo do polimorfismo genético da alpha S1-caseína em cabras, no Estado de Pernambuco, Brasil. Acta Scientiarum. Animal Sciences Maringá, v. 29, n. 3, p. 255-259, 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 11. | | VIEIRA, A. C. S.; AFONSO, J. A. B.; MENDONÇA, C. L.; COSTA, N. A.; SOUZA, M. I. Estudo retropectivo da acidose láctica em caprinos e ovinos atendidos na Clínica de Bovinos, Campus Garanhuns/UFRPE. Revista Brasileira de Ciência Agrárias, v. 1, n. 1, p. 97-101, out./dez. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 12. | | VIEIRA, A. C. S.; AFONSO, J. A. B.; MENDONÇA, C. L.; COSTA, N. A.; SOUZA, M. I. Estudo retrospectivo da acidose láctea em caprinos e ovinos atendidos na Clínica de Bovinos, Campus Garanhuns/UFRPE. Revista Brasileira de Ciências Agrárias, Recife, v. 1, p. 97-101, out./dez. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 13. | | VIEIRA, A. C. S.; AFONSO, J. A. B.; MENDONÇA, C. L.; COSTA, N. A.; SOUZA, M. I. Estudo retrospectivo da acidose láctica em caprinos e ovinos atendidos na Clínica de Bovinos, Campus Garanhuns/UFRPE. Revista Brasileira de Ciências Agrárias, Recife, v. 1, p. 97-101, out./dez. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão; Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | VIEIRA, A. C. S.; AFONSO, J. A. B.; MENDONÇA, C. L.; COSTA, N. A.; SOUZA, M. I. Estudo retrospectivo da acidose láctica em caprinos e ovinos atendidos na Clínica de Bovinos, Campus Garanhuns/UFRPE. Revista Brasileira de Ciências Agrárias, v.2, n.2, p.161-167, abr./jun., 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 16. | | ALMEIDA, M. Z. P. R. B. de; MENDONÇA, C. L. de; AFONSO, J. A. B.; MIRANDA NETO, E. G. de. Estudo clínico, hematológico e bioquímico em caprinos submetidos à acidose láctica ruminal induzida experimentlamente. Veterinária e Zootecnia, Botucatu, v. 15, n. 1, p. 100-113, abr. 2008.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 17. | | SANTOS, R. A.; CAMPOS, A. G. S. S.; AFONSO, J. A. B.; SOARES, P. C.; MENDONÇA, C. L. de. Efeito da administração de propileno glicol e cobalto associado à vitamina B12 sobre o perfil metabólico e a atividade enzimática de ovelhas da raça Santa Inês no periparto. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 32, Supl. 1, p. 60-66, dez. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 18. | | MIRANDA NETO, E. G.; AFONSO, J. A. B.; MENDONÇA, C. L.; ALMEIDA, M. Z. P. R. B. Avaliação do comportamento clínico e das características do suco ruminal em caprinos com acidose láctica induzida experimentalmente. In: CONGRESSO LATINOAMERICANO DE BUIATRIA, 11.; CONGRESSO BRASILEIRO DE BUIATRIA, 5.; CONGRESSO NORDESTINO DE BUIATRIA, 3., 2003, Salvador. Sanidade, base da economia pecuária: programa final: livro de resumos. Salvador: Associação Brasileira de Buiatria, 2003. p. 37. ref. 076.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 19. | | OLIVEIRA, K. S. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; MELO, A. L. de; REGITANO, L. C. de A. Variantes da região promotora do gene KCNJ11 em bovinos da raça Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA SÃO CARLOS, 10., 2018, São Carlos, SP. Anais... São Carlos, SP: Embrapa Instrumentação; Embrapa Pecuária Sudeste, 2018. p. 26. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 68). Editores técnicos: Daniel Souza Corrêa, Elaine Cristina Paris, Maria Alice Martins, Paulino Ribeiro Villas Boas, Wilson Tadeu Lopes da Silva.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 20. | | MIRANDA NETO, E. G. de; AFONSO, J. A. B.; SILVA, S. de T. G. da; MENDONÇA, C. L. Utilização da monensina sódica na prevenção da acidose láctica ruminal induzida em caprinos: resultados preliminares. Ciência Animal Brasileira, v. 10, n. 3, p. 128-133, 2009. Suplemento 1. Edição das palestras e resumos de trabalho apresentados durante o VIII CONGRESSO BRASILEIRO DE BUIATRIA, realizado em Belo Horizonte, outubro de 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| Registros recuperados : 77 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
31/08/2022 |
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Data da última atualização: |
17/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
VIGNATO, B. S.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PETRINI, J.; GARCIA, I. S.; CLEMENTE, L. G.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
BÁRBARA SILVA VIGNATO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ALINE SILVA MELLO CESAR, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JULIANA AFONSO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; MIRELE DAIANA POLETI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; INGRID SOARES GARCIA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUAN GASPAR CLEMENTE, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO. |
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Título: |
Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 13, 935238, aug. 2022. |
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Páginas: |
15 p. |
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DOI: |
10.3389/fgene.2022.935238 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Understanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways. These results helped us to improve our knowledge about the genetic architecture behind important traits in cattle. MenosUnderstanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Backfat thickness; Carcass and meat quality; Expression quantitative trait loci; Intramuscular fat content; Nellore cattle; RNA Seq; SNP. |
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Thesaurus NAL: |
Nellore. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1145918/1/IntegrativeAnalysisGenome.pdf
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Marc: |
LEADER 02780naa a2200361 a 4500
001 2145918
005 2022-11-17
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.3389/fgene.2022.935238$2DOI
100 1 $aVIGNATO, B. S.
245 $aIntegrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness.$h[electronic resource]
260 $c2022
300 $a15 p.
520 $aUnderstanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways. These results helped us to improve our knowledge about the genetic architecture behind important traits in cattle.
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Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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