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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
29/02/2016 |
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Data da última atualização: |
21/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
BELESINI, A. A.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. da S.; CARVALHO, F. M. de S.; CARLIN, S. R.; CAZETTA, J. O.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G. |
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Afiliação: |
ALINE ANDRUCIOLI BELESINI, FCAV/Unesp; BRUNA ROBIATI TELLES, FCAV/Unesp; GIOVANNI MARQUES DE CASTRO, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; JULIANA DA SILVA VANTINI, FCAV/Unesp; FLÁVIA MARIA DE SOUZA CARVALHO, FCAV/Unesp; SAMIRA RODRIGUES CARLIN, IAC/Apta; JAIRO OSWALDO CAZETTA, FCAV/Unesp; MARIA INES T. FERRO, FCAV/Unesp; DANIEL GUARIZ PINHEIRO, FCAV/Unesp. |
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Título: |
de novo assembly and transcriptome analysis of sugarcane leaves from contrasting varieties submited to prolonged water stress. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. |
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Páginas: |
Não paginado. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
PAG 2016. Pôster P0792. |
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Conteúdo: |
Sugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the tolerant and sensitive cultivars, respectively. These transcripts were aligned with Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana sequences and sugarcane sequences available in public databases. This analysis allowed the identification of a set of sugarcane genes shared with other species, as well as led to the identification of novel transcripts not cataloged yet. Differential expression analysis between genotypes and among days of water deficit were performed with EdgeR and DESeq. The differentially expressed genes were annotated and categorized using Blast2GO. The terms "enzyme regulator" and "transcription regulator" were highlighted within the differentially expressed genes between the contrasting cultivars, suggesting the importance of gene regulation during water deficit. This study found new molecular patterns, which provided hypotheses on plant response to drought and provided important information about genes involved in drought tolerance response. MenosSugarcane is an important crop, major source of sugar and alcohol, accounting for two-thirds of the world's sugar production. In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining its production. In order to identify genes and molecular process related to sugarcane drought tolerance, we performed de novo assembly and transcriptome analysis of two sugarcane genotypes, one tolerant and other sensitive to water stress, submitted to three water deficit condition (30, 60 and 90 days). The de novo assembly of leaves transcriptome was performed using short reads from Illumina RNA-Seq platform, which produced more than 1 billion reads, which were assembled into 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the tolerant and sensitive cultivars, respectively. These transcripts were aligned with Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana sequences and sugarcane sequences available in public databases. This analysis allowed the identification of a set of sugarcane genes shared with other species, as well as led to the identification of novel transcripts not cataloged yet. Differential expression analysis between genotypes and among days of water deficit were performed with EdgeR and DESeq. The differentially expressed genes were annotated and categorized using Blast2GO. The terms "enzyme regulator" and "transcription regulator" were highlighted within the differentially expressed genes between the contrasting cultiv... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Cana-de-açúcar; Tolerância à seca; Transcriptoma. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Drought tolerance; Sugarcane; Transcriptomics; Water stress. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140287/1/PAG-p0792.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amapá. |
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Data corrente: |
06/11/2014 |
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Data da última atualização: |
20/07/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
OTAKE, M. Y. F.; SOTTA, E. D. |
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Afiliação: |
MAYSA M. Y. F. OTAKE, PPGBT, UNIFAP; ELENEIDE DOFF SOTTA, CPAF-AP. |
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Título: |
Tratamento de imagens landsat para identificação de açaizal em floresta de várzea. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM, 1.; MEETING OF THE POST-GRADUATE PROGRAM IN TROPICAL BIODIVERSITY, 5., 2014, Macapá. Conservation conflicts: XXI century challenges and solutions: abstract book. Macapá: Unifap: Conservação Internacional: Embrapa, 2014. p. 68. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
GC102. |
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Conteúdo: |
O estuário amazônico é formado por um emaranhado de ilhas, onde existem as florestas de várzeas, áreas de especial importância devido aos elevados valores de produtividade e fertilidade dos solos. Entre os produtos não madeireiros mais importantes dessas áreas destaca-se o açaizeiro (Euterpe oleracea). Nos últimos anos verifica-se uma grande expansão dos açaizais como resultado do crescimento do mercado do açaí no estado do Amapá. Tal expansão pode ser explicada tanto pelo plantio de novas áreas como pelo manejo de açaizais nativos, resultando no aumento da densidade de indivíduos de açaí e redução dos indivíduos das espécies florestais. O mapeamento realizado por meio de imagens de sensoriamento remoto, ainda que com limitações, pode facilitar a avaliação mais aprofundada das áreas de várzeas, tendo em conta o potencial produtivo da mesma. O presente estudo tem como foco os açaizais, nativos e manejados, concentrados na foz do rio Mazagão Velho, uma área de várzea localizada no sudeste do município de Mazagão, estado do Amapá, no estuário do rio Amazonas, onde estão estabelecidos transectos para estudo de manejo florestal e ecologia em áreas de várzea por meio do projeto Florestam executado pela EMBRAPA-Amapá. Para o estudo utilizou-se imagens Landsat 5/TM, do ano 2004 e 2008, selecionadas considerando a menor cobertura de nuvens possível, e imagem Landsat 8/OLI para o ano 2013. O processamento digital das imagens incluiu correção geométrica, fusão entre imagens de 30 e 15m, transformação para imagens-fração de vegetação, solo e agua pura, seguido da aplicação de técnicas de segmentação e classificação por região, com a utilização dos softwares SPRING e ENVI. O mapa resultante da classificação foi organizado em classes de cobertura de solo: floresta de várzea, açaizal em várzea, solo exposto e água. A validação do mapa foi estimada a partir de informações coletadas em campo: pontos de descrição da classe de cobertura de açaizal em várzea. Esses pontos permitiram a geração da matriz de confusão para avaliar a qualidade da classificação. O trabalho apresenta o mapa resultante do processamento das imagens e os resultados mostram que a cobertura de açaizal em várzea sofreu aumento significativo nos últimos anos. MenosO estuário amazônico é formado por um emaranhado de ilhas, onde existem as florestas de várzeas, áreas de especial importância devido aos elevados valores de produtividade e fertilidade dos solos. Entre os produtos não madeireiros mais importantes dessas áreas destaca-se o açaizeiro (Euterpe oleracea). Nos últimos anos verifica-se uma grande expansão dos açaizais como resultado do crescimento do mercado do açaí no estado do Amapá. Tal expansão pode ser explicada tanto pelo plantio de novas áreas como pelo manejo de açaizais nativos, resultando no aumento da densidade de indivíduos de açaí e redução dos indivíduos das espécies florestais. O mapeamento realizado por meio de imagens de sensoriamento remoto, ainda que com limitações, pode facilitar a avaliação mais aprofundada das áreas de várzeas, tendo em conta o potencial produtivo da mesma. O presente estudo tem como foco os açaizais, nativos e manejados, concentrados na foz do rio Mazagão Velho, uma área de várzea localizada no sudeste do município de Mazagão, estado do Amapá, no estuário do rio Amazonas, onde estão estabelecidos transectos para estudo de manejo florestal e ecologia em áreas de várzea por meio do projeto Florestam executado pela EMBRAPA-Amapá. Para o estudo utilizou-se imagens Landsat 5/TM, do ano 2004 e 2008, selecionadas considerando a menor cobertura de nuvens possível, e imagem Landsat 8/OLI para o ano 2013. O processamento digital das imagens incluiu correção geométrica, fusão entre imagens de 30 e 15m... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Açaizal. |
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Thesagro: |
Sensoriamento remoto; Vegetação. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/111585/1/CPAF-AP-2014-Tratamento-de-imagens.pdf
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Marc: |
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500 $aGC102.
520 $aO estuário amazônico é formado por um emaranhado de ilhas, onde existem as florestas de várzeas, áreas de especial importância devido aos elevados valores de produtividade e fertilidade dos solos. Entre os produtos não madeireiros mais importantes dessas áreas destaca-se o açaizeiro (Euterpe oleracea). Nos últimos anos verifica-se uma grande expansão dos açaizais como resultado do crescimento do mercado do açaí no estado do Amapá. Tal expansão pode ser explicada tanto pelo plantio de novas áreas como pelo manejo de açaizais nativos, resultando no aumento da densidade de indivíduos de açaí e redução dos indivíduos das espécies florestais. O mapeamento realizado por meio de imagens de sensoriamento remoto, ainda que com limitações, pode facilitar a avaliação mais aprofundada das áreas de várzeas, tendo em conta o potencial produtivo da mesma. O presente estudo tem como foco os açaizais, nativos e manejados, concentrados na foz do rio Mazagão Velho, uma área de várzea localizada no sudeste do município de Mazagão, estado do Amapá, no estuário do rio Amazonas, onde estão estabelecidos transectos para estudo de manejo florestal e ecologia em áreas de várzea por meio do projeto Florestam executado pela EMBRAPA-Amapá. Para o estudo utilizou-se imagens Landsat 5/TM, do ano 2004 e 2008, selecionadas considerando a menor cobertura de nuvens possível, e imagem Landsat 8/OLI para o ano 2013. O processamento digital das imagens incluiu correção geométrica, fusão entre imagens de 30 e 15m, transformação para imagens-fração de vegetação, solo e agua pura, seguido da aplicação de técnicas de segmentação e classificação por região, com a utilização dos softwares SPRING e ENVI. O mapa resultante da classificação foi organizado em classes de cobertura de solo: floresta de várzea, açaizal em várzea, solo exposto e água. A validação do mapa foi estimada a partir de informações coletadas em campo: pontos de descrição da classe de cobertura de açaizal em várzea. Esses pontos permitiram a geração da matriz de confusão para avaliar a qualidade da classificação. O trabalho apresenta o mapa resultante do processamento das imagens e os resultados mostram que a cobertura de açaizal em várzea sofreu aumento significativo nos últimos anos.
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Registro original: |
Embrapa Amapá (CPAF-AP) |
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