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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
26/10/2019 |
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Data da última atualização: |
24/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BARRETO, F. Z.; ROSA, J. R. B. F.; BALSALOBRE, T. W. A.; PASTINA, M. M.; SILVA, R. R.; HOFFMANN, H. P.; SOUZA, A. P. de; GARCIA, A. A. F.; CARNEIRO, M. S. |
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Afiliação: |
Fernanda Zatti Barreto, Universidade Federal de São Carlos; João Ricardo Bachega Feijó Rosa, FTS Sementes; Thiago Willian Almeida Balsalobre, Universidade Federal de São Carlos; MARIA MARTA PASTINA, CNPMS; Renato Rodrigues Silva, Universidade Federal de Goiás; Hermann Paulo Hoffmann, Universidade Federal de São Carlos; Anete Pereira de Souza, Universidade Estadual de Campinas; Antonio Augusto Franco Garcia, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; Monalisa Sampaio Carneiro, Universidade Federal de São Carlos. |
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Título: |
A genome-wide association study identified loci for yield component traits in sugarcane (Saccharum spp.). |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos ONE, v. 14, n. 7, e0219843, July 2019. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0219843 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Sugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage disequilibrium (LD) and genetic diversity using simple sequence repeat (SSR) markers; (iii) perform GWAS analysis to identify marker-trait associations (MTAs); and iv) annotate the sequences giving rise to SSR markers that had fragments associated with target traits to search for putative candidate genes. The phenotypic data analysis showed that the broad-sense heritability values were above 0.48 and 0.49 for the first and second harvests, respectively. The set of 100 SSR markers produced 1,483 fragments, of which 99.5% were polymorphic. These SSR fragments were useful to estimate the most likely number of subpopulations, found to be four, and the LD in BPSG, which was stronger in the first 15 cM and present to a large extension (65 cM). Genetic diversity analysis showed that, in general, the clustering of accessions within the subpopulations was in accordance with the pedigree information. GWAS performed through a multilocus mixed model revealed 23 MTAs, six, three, seven, four and three for soluble solid content, stalk height, stalk number, stalk weight and cane yield traits, respectively. These MTAs may be validated in other populations to support sugarcane breeding programs with introgression of favorable alleles and marker-assisted selection MenosSugarcane (Saccharum spp.) has a complex genome with variable ploidy and frequent aneuploidy, which hampers the understanding of phenotype and genotype relations. Despite this complexity, genome-wide association studies (GWAS) may be used to identify favorable alleles for target traits in core collections and then assist breeders in better managing crosses and selecting superior genotypes in breeding populations. Therefore, in the present study, we used a diversity panel of sugarcane, called the Brazilian Panel of Sugarcane Genotypes (BPSG), with the following objectives: (i) estimate, through a mixed model, the adjusted means and genetic parameters of the five yield traits evaluated over two harvest years; (ii) detect population structure, linkage disequilibrium (LD) and genetic diversity using simple sequence repeat (SSR) markers; (iii) perform GWAS analysis to identify marker-trait associations (MTAs); and iv) annotate the sequences giving rise to SSR markers that had fragments associated with target traits to search for putative candidate genes. The phenotypic data analysis showed that the broad-sense heritability values were above 0.48 and 0.49 for the first and second harvests, respectively. The set of 100 SSR markers produced 1,483 fragments, of which 99.5% were polymorphic. These SSR fragments were useful to estimate the most likely number of subpopulations, found to be four, and the LD in BPSG, which was stronger in the first 15 cM and present to a large extension (... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Associação ampla do genoma; BPSG; GWAS; Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar. |
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Thesagro: |
Cana de Açúcar; Genoma. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/203793/1/Genome-wide.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Clima Temperado. |
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Data corrente: |
06/03/2012 |
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Data da última atualização: |
20/05/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
SOMAVILLA, L. |
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Afiliação: |
Lúcia Somavilla, Universidade Federal de Pelotas. |
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Título: |
Levantamento, caracterização do nematoide das galhas em videira nos Estados do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina e estudo da resistência de porta-enxertos a Meloidogyne spp. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
2011. |
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Páginas: |
81 f. |
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Descrição Física: |
Tese (Doutorado em Fitopatologia) - Programa de Pós-Graduação em Fitossanidade, da Universidade Federal de Pelotas, Pelotas. Orientador: Cesar Bauer Gomes. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Em levantamento do nematoide das galhas (Meloidogyne spp.) realizado em pomares de videira (Vitis spp.) dos estados do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina, foram obtidas 51 populações de Meloidogyne spp., as quais foram caracterizadas bioquimicamente através da isoenzima esterase (Est). Posteriormente, avaliou-se a reação de quatro porta-enxertos de videira de clima tropical, sete de clima temperado e duas cultivares de copa às espécies Meloidogyne incognita, M. arenaria, M. javanica e M. enterolobii, em casa de vegetação, avaliando-se a resistência com base nofator de reprodução de cada espécie de nematoide nos diferentes genótipos. Além disso, avaliou-se o efeito da temperatura sobre a eclosão in vitro de juvenis de segundo estádio (J2) de M. ethiopica. Foi estudado também o mecanismo de resistência de um porta-enxerto resistente (?1103 Paulsen?) e outro suscetível (?106-8 Ripária do Traviú?) a M. ethiopica através de observações histopatológicas de raízes provenientes de plantas inoculadas com esse nematóide. De uma forma geral, detectou-se a presença do nematoide das galhas em 54,76% das videiras coletadas, detectando-se cinco fenótipos esterásticos (Est),. Nas amostras provenientes do Rio Grande do Sul foram detectadas 46 populações., onde 34 foram identificadas como M. javanica, Est J3 (Rm: 1,00, 1,23, 1,40) e Est J2 (Rm: 1,00, 1,23), correspondendo a 66,66% e 3,92% das amostras, respectivamente. Ainda foram encontradas oito populações de M. arenaria Est. A2 (Rm: 1,20, 1,29), cinco populações de M. incognita Est. I2 (Rm: 1,05, 1,10), e duas populações com Est A3 (Rm: 1,14, 1,20, 1,29), típico de M. morocciensis, as quais corresponderam a 15,69%, 9,8% e 3,92% das amostras. Porém, nas amostras coletadas em Santa Catarina, foi observada apenas a ocorrência de M. javanica (Est. J3). Entre os porta-enxertos tropicais, ?IAC 313- Tropical? e ?IAC 572-Jales? foram resistente a todas espécies de Meloidogyne testadas. ?IAC 766-Campinas? foi resistente a M. arenaria, M. javanica e M. enterolobii e suscetível a M. incognita; porém ?106-8 Traviú? foi suscetível às quatro espécies de Meloidogyne testadas. Já os porta-enxertos de clima temperado ?SO4?, ?K5BB Kober?, ?Salt Creek?, e ?Harmonny? apresentaram reação de resistência à todas espécies testadas; ?420 A? e ?Rupestris Du lot? foram suscetíveis a M. incognita e M. arenaria e resistentes a M. javanica, sendo o último, também resistente a M. enterolobii. Apesar do porta-enxerto ?1103 Paulsen? ter se comportado como suscetível a M. arenaria, apresentou resistência às demais espécies testadas. As cultivares de copa ?Niagara Rosada? e Chardonnay? comportaram-se como suscetíveis a todas espécies de Meloidogyne avaliadas. Ao estudar a influência da temperatura na eclosão dos J2 de M. ethiopica, observou-se que a 25°C e 30°C ocorreu maior percentagem. Observações histológicas de radicelas do porta-enxerto suscetível ?106-8 Traviú? inoculado com M. ethiopica e coradas com fucsina ácida, mostraram que o nematoide conseguiu, penetrar, desenvolver-se, completando seu ciclo de vida aos 27 dias após a inoculação (DAI) a 26oC. Radicelas deste mesmo prota-enxertos coradas com azul de toluidina evidenciaram sítios de alimentação do nematoide contendo células gigantes com denso citoplasma a partir dos 10 DAI. Observações histológicas realizadas no porta-enxerto resistente, demostraram que o parasitismo pode ser bloqueado após a penetração. Analisando-se os corte em fluorescência e microscópia de luz, verificou-se que as células das raízes, nas proximidades do nematoide, exibiram reação de hipersensibilidade com acúmulo de compostos fenólicos e presença de células de aspecto necrótico, limitando o desenvolvimento dos J2 de M. ethiopica e a formação de células gigantes no porta-enxerto de videira resistente. MenosEm levantamento do nematoide das galhas (Meloidogyne spp.) realizado em pomares de videira (Vitis spp.) dos estados do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina, foram obtidas 51 populações de Meloidogyne spp., as quais foram caracterizadas bioquimicamente através da isoenzima esterase (Est). Posteriormente, avaliou-se a reação de quatro porta-enxertos de videira de clima tropical, sete de clima temperado e duas cultivares de copa às espécies Meloidogyne incognita, M. arenaria, M. javanica e M. enterolobii, em casa de vegetação, avaliando-se a resistência com base nofator de reprodução de cada espécie de nematoide nos diferentes genótipos. Além disso, avaliou-se o efeito da temperatura sobre a eclosão in vitro de juvenis de segundo estádio (J2) de M. ethiopica. Foi estudado também o mecanismo de resistência de um porta-enxerto resistente (?1103 Paulsen?) e outro suscetível (?106-8 Ripária do Traviú?) a M. ethiopica através de observações histopatológicas de raízes provenientes de plantas inoculadas com esse nematóide. De uma forma geral, detectou-se a presença do nematoide das galhas em 54,76% das videiras coletadas, detectando-se cinco fenótipos esterásticos (Est),. Nas amostras provenientes do Rio Grande do Sul foram detectadas 46 populações., onde 34 foram identificadas como M. javanica, Est J3 (Rm: 1,00, 1,23, 1,40) e Est J2 (Rm: 1,00, 1,23), correspondendo a 66,66% e 3,92% das amostras, respectivamente. Ainda foram encontradas oito populações de M. arenaria Est. A2 (Rm: 1,2... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Fitossanidade; Ocorrência; Reação de hipersensibilidade; Rio Grande do Sul; Santa Catarina; Videira; Vitis sp. |
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Thesagro: |
Meloidogyne spp; Nematóide. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/55174/1/lucia-somavilla-tese.pdf
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Marc: |
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520 $aEm levantamento do nematoide das galhas (Meloidogyne spp.) realizado em pomares de videira (Vitis spp.) dos estados do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina, foram obtidas 51 populações de Meloidogyne spp., as quais foram caracterizadas bioquimicamente através da isoenzima esterase (Est). Posteriormente, avaliou-se a reação de quatro porta-enxertos de videira de clima tropical, sete de clima temperado e duas cultivares de copa às espécies Meloidogyne incognita, M. arenaria, M. javanica e M. enterolobii, em casa de vegetação, avaliando-se a resistência com base nofator de reprodução de cada espécie de nematoide nos diferentes genótipos. Além disso, avaliou-se o efeito da temperatura sobre a eclosão in vitro de juvenis de segundo estádio (J2) de M. ethiopica. Foi estudado também o mecanismo de resistência de um porta-enxerto resistente (?1103 Paulsen?) e outro suscetível (?106-8 Ripária do Traviú?) a M. ethiopica através de observações histopatológicas de raízes provenientes de plantas inoculadas com esse nematóide. De uma forma geral, detectou-se a presença do nematoide das galhas em 54,76% das videiras coletadas, detectando-se cinco fenótipos esterásticos (Est),. Nas amostras provenientes do Rio Grande do Sul foram detectadas 46 populações., onde 34 foram identificadas como M. javanica, Est J3 (Rm: 1,00, 1,23, 1,40) e Est J2 (Rm: 1,00, 1,23), correspondendo a 66,66% e 3,92% das amostras, respectivamente. Ainda foram encontradas oito populações de M. arenaria Est. A2 (Rm: 1,20, 1,29), cinco populações de M. incognita Est. I2 (Rm: 1,05, 1,10), e duas populações com Est A3 (Rm: 1,14, 1,20, 1,29), típico de M. morocciensis, as quais corresponderam a 15,69%, 9,8% e 3,92% das amostras. Porém, nas amostras coletadas em Santa Catarina, foi observada apenas a ocorrência de M. javanica (Est. J3). Entre os porta-enxertos tropicais, ?IAC 313- Tropical? e ?IAC 572-Jales? foram resistente a todas espécies de Meloidogyne testadas. ?IAC 766-Campinas? foi resistente a M. arenaria, M. javanica e M. enterolobii e suscetível a M. incognita; porém ?106-8 Traviú? foi suscetível às quatro espécies de Meloidogyne testadas. Já os porta-enxertos de clima temperado ?SO4?, ?K5BB Kober?, ?Salt Creek?, e ?Harmonny? apresentaram reação de resistência à todas espécies testadas; ?420 A? e ?Rupestris Du lot? foram suscetíveis a M. incognita e M. arenaria e resistentes a M. javanica, sendo o último, também resistente a M. enterolobii. Apesar do porta-enxerto ?1103 Paulsen? ter se comportado como suscetível a M. arenaria, apresentou resistência às demais espécies testadas. As cultivares de copa ?Niagara Rosada? e Chardonnay? comportaram-se como suscetíveis a todas espécies de Meloidogyne avaliadas. Ao estudar a influência da temperatura na eclosão dos J2 de M. ethiopica, observou-se que a 25°C e 30°C ocorreu maior percentagem. Observações histológicas de radicelas do porta-enxerto suscetível ?106-8 Traviú? inoculado com M. ethiopica e coradas com fucsina ácida, mostraram que o nematoide conseguiu, penetrar, desenvolver-se, completando seu ciclo de vida aos 27 dias após a inoculação (DAI) a 26oC. Radicelas deste mesmo prota-enxertos coradas com azul de toluidina evidenciaram sítios de alimentação do nematoide contendo células gigantes com denso citoplasma a partir dos 10 DAI. Observações histológicas realizadas no porta-enxerto resistente, demostraram que o parasitismo pode ser bloqueado após a penetração. Analisando-se os corte em fluorescência e microscópia de luz, verificou-se que as células das raízes, nas proximidades do nematoide, exibiram reação de hipersensibilidade com acúmulo de compostos fenólicos e presença de células de aspecto necrótico, limitando o desenvolvimento dos J2 de M. ethiopica e a formação de células gigantes no porta-enxerto de videira resistente.
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653 $aReação de hipersensibilidade
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653 $aVitis sp
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