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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
27/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
HERAI, R. H.; COSTA, G. G. D. L.; R. JÚNIOR, O.; VIDAL, R. O.; NASCIMENTO, L. C.; PARIZZI, L. P.; PEREIRA, G. G. A.; CARAZZOLLE, M. F. |
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Afiliação: |
LGE/IB/UNICAMP, LBA/CNPTIA; LGE/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP, LNBio; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP, LNBio; LGE/IB/UNICAMP, CENAPAD. |
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Título: |
TORNADO: an automated pipeline for de novo hybrid genome assembly based on free software packages for sanger and next generation sequencing technologies (NGS). |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
p. 119. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2010. |
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Conteúdo: |
Next generation sequence technologies (NGS) made possible to sequence entirely genomes in a fast way and low cost, from unicellular to complex organisms, like plants and mammals. These sequences can be assembled (i ) using a reference genome or by some de novo bioinformatics method, such as Velvet, SOAPDenovo, Edena, ABYSS, GS Assembler 454, Mira and ZORRO. They are mainly based on de Bruijin graphs or, in a few softwares, reads overlapping to form contigs and scaffolds. The involved filtering and assembly step are very sensitive for each type of tool, and can be a key factor to generate the best assembly results. This way, when a set of sequences from distinct technologies exists, from Sanger to NGS, it is necessary the use of distinct assembly strategies for each type of data. Actually, at our knowledge, there is no automated hybrid strategies based on in-use of distinct assembly softwares that can be applied to assembly hybrid data generated by NGS or Sanger platforms. This works presents TORNADO, and automated pipeline for hybrid genome assembly based on free software packages. TORNADO did not proposed new methods for genome assembly. It just uses the best described software strategies for each type of genomic data to perform the hybrid assembly. It was organized in two main modules that are configured by XML file. In the first module, input data are filtered for trimming and experimental artifacts clipping. In the second module, based on sequence type, TORNADO automatically performs the assembly task using Mira for 454 and Sanger reads, Velvet for Illumina/Solexa or Solid/Life Tech reads. Finally, each assembled data are merged in a single assembly using ZORRO. If there are paired-end (mate pairs data) reads, an additional step involves CloseGaps software, which closes the gaps between assembled scaffolds. TORNADO was already applied to assembly hybrid genomic reads from Moniliophthora perniciosa fungi, Witche's broom causal in plant cacao. Results showed that our strategy can works like an useful method to automatically assembly hybrid genome data. TORNADO's was implemented using Java and PERL programming language technologies. MenosNext generation sequence technologies (NGS) made possible to sequence entirely genomes in a fast way and low cost, from unicellular to complex organisms, like plants and mammals. These sequences can be assembled (i ) using a reference genome or by some de novo bioinformatics method, such as Velvet, SOAPDenovo, Edena, ABYSS, GS Assembler 454, Mira and ZORRO. They are mainly based on de Bruijin graphs or, in a few softwares, reads overlapping to form contigs and scaffolds. The involved filtering and assembly step are very sensitive for each type of tool, and can be a key factor to generate the best assembly results. This way, when a set of sequences from distinct technologies exists, from Sanger to NGS, it is necessary the use of distinct assembly strategies for each type of data. Actually, at our knowledge, there is no automated hybrid strategies based on in-use of distinct assembly softwares that can be applied to assembly hybrid data generated by NGS or Sanger platforms. This works presents TORNADO, and automated pipeline for hybrid genome assembly based on free software packages. TORNADO did not proposed new methods for genome assembly. It just uses the best described software strategies for each type of genomic data to perform the hybrid assembly. It was organized in two main modules that are configured by XML file. In the first module, input data are filtered for trimming and experimental artifacts clipping. In the second module, based on sequence type, TORNADO automatic... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bases de dados; Bioinformática. |
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Thesagro: |
Genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Computer software; Databases; Genome; Moniliophthora perniciosa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/23820/1/p119.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
15/04/2015 |
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Data da última atualização: |
17/10/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
OLIVEIRA, J. B. de; DIAS, R. de C. S.; LUBARINO, P. C. da C.; SILVA, J. R.; SANTOS, J. S. dos. |
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Afiliação: |
JANDERSON BRITO DE OLIVEIRA, Estagiário da Embrapa Semiárido; RITA DE CASSIA SOUZA DIAS, CPATSA; PALOMA CLEMENTINO DA CRUZ LUBARINO, CPATSA; JOYCE REIS SILVA, Doutoranda da UFERSA; JOICE SIMONE DOS SANTOS, Doutoranda da UFERSA. |
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Título: |
Correlação entre características de frutos de melancia e resistência a Meloidogyne enterolobii. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 9., 2014, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2014. |
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Páginas: |
p. 275-280. |
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Série: |
(Embrapa Semiárido. Documentos, 261). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O melhoramento de melancia (Citrullus lanatus) objetivando esistência a Meloidogyne enterolobii pretende transferir os genes de resistência de linhas de melancia forrageira para genitores com características de frutos adequados ao consumo humano, como também utilizá-las na seleção de porta-enxertos para melancia de mesa. O objetivo deste trabalho foi correlacionar características dos frutos da linha BGCIA 240 com seus graus de resistência a M. enterolobii. O experimento foi conduzido em telado, no Campo Experimental de Bebedouro, pertencente à Embrapa Semiárido. Após 9 dias de semeio em vasos de 0,5 L, as plantas foram inoculadas com suspensão contendo 500 ovos do nematoide. Aos 30 dias após a inoculação, as plantas foram avaliadas quanto ao índice global da parte aérea (IGPA) e aquelas selecionadas foram submetidas à polinização manual controlada e avaliadas ao final do ciclo. Os frutos foram colhidos e avaliados quanto à massa, comprimento e diâmetro, bem como diâmetros da cicatriz estilar e da inserção do pedúnculo, espessura lateral da casca, sólidos solúveis totais e firmeza da polpa. Verificou-se que há correlação significativa entre os graus de resistência ao nematoide da linha BGCIA 240 e os caracteres de frutos diâmetro da inserção do pedúnculo e espessura lateral da casca. |
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Palavras-Chave: |
Disease; Meloidogyne enterolobii; Nematóide-das-galhas; Watermelon. |
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Thesagro: |
Citrullus Lanatus; Doença; Melancia; Pós-colheita; Resistência. |
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Categoria do assunto: |
H Saúde e Patologia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/122386/1/Resumo-39.pdf
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Marc: |
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700 1 $aSILVA, J. R.
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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