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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Caprinos e Ovinos; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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Data corrente: |
21/01/2025 |
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Data da última atualização: |
21/01/2025 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
RODRIGUES, C. S.; FARIA, D. A. de; SILVA, K. de M.; FACO, O.; AZEVEDO, H. C.; MORAES, J. C. F.; SOUZA, C. J. H. de; CAETANO, A. R.; MCMANUS, C.; PAIVA, S. R. |
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Afiliação: |
CAMILA SOUZA RODRIGUES, UNIVERSIDADE DE BRASÍLIA; DANIELLE ASSIS DE FARIA, UNIVERSIDADE DE BRASÍLIA; KLEIBE DE MORAES SILVA, CNPC; OLIVARDO FACO, CNPC; HYMERSON COSTA AZEVEDO, CPATC; JOSE CARLOS FERRUGEM MORAES, CPPSUL; CARLOS JOSE HOFF DE SOUZA, CPPSUL; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; CONCEPTA MCMANUS, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; SAMUEL REZENDE PAIVA, CENARGEN. |
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Título: |
Rapid genotyping of PRNP gene polymorphisms to assess scrapie susceptibility in brazilian sheep. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista de Gestão Social e Ambiental, v. 18, n. 12, e010511, 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.24857/rgsa.v18n12-180 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Título em português: Genotipagem rápida de polimorfismos no gene PRNP para avaliar a susceptibilidade ao scrapie em ovinos brasileiros. |
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Conteúdo: |
Objective: Our study aimed to develop and validate a low-density SNP panel for 15 PRNP genepolymorphisms for genotyping sheep from 15 breeds in Brazil, incorporating samples from the Brazilian Animal Germplasm Biobank (BBGA). It was estimated both allelic, genotypic and haplotypic frequencies for the selected markers. Theoretical Framework: The study hypothesis centers on the need to validate a cost-effective reduced SNP panel, enhance genotyping accuracy, and support selective breeding against scrapie in Brazilian sheep. Method: The methodology adopted comprises a reduced SNP panel, with markers associated with scrapie, designed to genotype DNA samples of Brazilian sheep breeds. Results and Discussion: The panel achieved a success rate of 73%, as out of the 15 genotyped markers, only four were excluded by the call rate. Moreover, 73% (845) of the initial 1,152 samples were successfully genotyped. Analyzing the three most important PRNPpolymorphisms, we found that genotype ARQ/ARQ, associated with susceptibility to scrapie, was the most frequent in all breeds. In contrast, genotype ARR/ARR (resistance) was found only in the BBGA (4%). Research Implications: Overall, the low-density SNP panel can be a rapid, dependable, and cost-effective tool for enhancing genetic selection in Brazilian sheep. However, further technology optimization is necessary, which can be achieved by excluding and replacing non-functional markers. Originality/Value: This study presents valuable insights by providing a cost-effective, validated genotyping tool tailored to SNP markers associated with scrapie in Brazilian sheep, which can streamline genetic selection in breeding programs. Genotipagem rápida de polimorfismos no gene prnp para avaliar a susceptibilidade ao scrapie em ovinos brasileiros Objetivo: Nosso estudo teve como objetivo desenvolver e validar um painel de marcadores moleculares do tipo SNPs de baixa densidade para a genotipagem de ovelhas de 15 raças no Brasil, incorporando amostras do Banco Brasileiro de Germoplasma Animal (BBGA) para 15 polimorfismos do gene PRNP. Estimamos as frequências alélicas, genotípicas e haplotípicas para os marcadores selecionados. Referencial Teórico: A hipótese se concentra na validação de um painel reduzido de SNPs, que seja rápido e econômico, para melhorar a precisão da genotipagem e auxiliar no controle do scrapie em ovinos brasileiros. Método: A metodologia adotada para esta pesquisa compreende o desenvolvimento e a validação de um painel de SNPs, com marcadores moleculares associados ao scrapie, projetado para genotipar amostras de DNA de raças ovinas brasileiras. Resultados e Discussão: O painel alcançou uma taxa de sucesso de 73%, pois dos 15 marcadores genotipados, apenas quatro foram excluídos por taxa de chamada. Além disso, 73% (845) das 1.152 amostras iniciais foram genotipadas com sucesso. Analisando os três polimorfismos mais importantes do PRNP, observamos que o genótipo ARQ/ARQ, associado à susceptibilidade ao scrapie, foi o mais frequente em todas as raças, enquanto o genótipo ARR/ARR (resistência) foi encontrado apenas na BBGA (4%). Implicações da Pesquisa: No geral, o painel de SNPs de baixa densidade apresentado pode servir como uma ferramenta rápida, confiável e econômica para melhorar a seleção genética de ovinos brasileiros. No entanto, é necessário otimizar a tecnologia, substituindo marcadores não-funcionais. Originalidade/Valor: Este estudo contribui ao fornecer uma ferramenta de genotipagem rápida e econômica, adaptada especificamente para marcadores SNPs associados ao scrapie em ovinos brasileiros, o que pode agilizar a seleção genética em programas de melhoramento. MenosObjective: Our study aimed to develop and validate a low-density SNP panel for 15 PRNP genepolymorphisms for genotyping sheep from 15 breeds in Brazil, incorporating samples from the Brazilian Animal Germplasm Biobank (BBGA). It was estimated both allelic, genotypic and haplotypic frequencies for the selected markers. Theoretical Framework: The study hypothesis centers on the need to validate a cost-effective reduced SNP panel, enhance genotyping accuracy, and support selective breeding against scrapie in Brazilian sheep. Method: The methodology adopted comprises a reduced SNP panel, with markers associated with scrapie, designed to genotype DNA samples of Brazilian sheep breeds. Results and Discussion: The panel achieved a success rate of 73%, as out of the 15 genotyped markers, only four were excluded by the call rate. Moreover, 73% (845) of the initial 1,152 samples were successfully genotyped. Analyzing the three most important PRNPpolymorphisms, we found that genotype ARQ/ARQ, associated with susceptibility to scrapie, was the most frequent in all breeds. In contrast, genotype ARR/ARR (resistance) was found only in the BBGA (4%). Research Implications: Overall, the low-density SNP panel can be a rapid, dependable, and cost-effective tool for enhancing genetic selection in Brazilian sheep. However, further technology optimization is necessary, which can be achieved by excluding and replacing non-functional markers. Originality/Value: This study presents valuable insights... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
EET; Encefalopatia espongiforme. |
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Thesagro: |
Citogenética Animal; Doença Animal; Ovino; Ovis Aries; Polimorfismo; Recurso Genético. |
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Thesaurus Nal: |
Animal genetic resources; Animal genetics; Scrapie; Sheep; Sheep diseases. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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520 $aObjective: Our study aimed to develop and validate a low-density SNP panel for 15 PRNP genepolymorphisms for genotyping sheep from 15 breeds in Brazil, incorporating samples from the Brazilian Animal Germplasm Biobank (BBGA). It was estimated both allelic, genotypic and haplotypic frequencies for the selected markers. Theoretical Framework: The study hypothesis centers on the need to validate a cost-effective reduced SNP panel, enhance genotyping accuracy, and support selective breeding against scrapie in Brazilian sheep. Method: The methodology adopted comprises a reduced SNP panel, with markers associated with scrapie, designed to genotype DNA samples of Brazilian sheep breeds. Results and Discussion: The panel achieved a success rate of 73%, as out of the 15 genotyped markers, only four were excluded by the call rate. Moreover, 73% (845) of the initial 1,152 samples were successfully genotyped. Analyzing the three most important PRNPpolymorphisms, we found that genotype ARQ/ARQ, associated with susceptibility to scrapie, was the most frequent in all breeds. In contrast, genotype ARR/ARR (resistance) was found only in the BBGA (4%). Research Implications: Overall, the low-density SNP panel can be a rapid, dependable, and cost-effective tool for enhancing genetic selection in Brazilian sheep. However, further technology optimization is necessary, which can be achieved by excluding and replacing non-functional markers. Originality/Value: This study presents valuable insights by providing a cost-effective, validated genotyping tool tailored to SNP markers associated with scrapie in Brazilian sheep, which can streamline genetic selection in breeding programs. Genotipagem rápida de polimorfismos no gene prnp para avaliar a susceptibilidade ao scrapie em ovinos brasileiros Objetivo: Nosso estudo teve como objetivo desenvolver e validar um painel de marcadores moleculares do tipo SNPs de baixa densidade para a genotipagem de ovelhas de 15 raças no Brasil, incorporando amostras do Banco Brasileiro de Germoplasma Animal (BBGA) para 15 polimorfismos do gene PRNP. Estimamos as frequências alélicas, genotípicas e haplotípicas para os marcadores selecionados. Referencial Teórico: A hipótese se concentra na validação de um painel reduzido de SNPs, que seja rápido e econômico, para melhorar a precisão da genotipagem e auxiliar no controle do scrapie em ovinos brasileiros. Método: A metodologia adotada para esta pesquisa compreende o desenvolvimento e a validação de um painel de SNPs, com marcadores moleculares associados ao scrapie, projetado para genotipar amostras de DNA de raças ovinas brasileiras. Resultados e Discussão: O painel alcançou uma taxa de sucesso de 73%, pois dos 15 marcadores genotipados, apenas quatro foram excluídos por taxa de chamada. Além disso, 73% (845) das 1.152 amostras iniciais foram genotipadas com sucesso. Analisando os três polimorfismos mais importantes do PRNP, observamos que o genótipo ARQ/ARQ, associado à susceptibilidade ao scrapie, foi o mais frequente em todas as raças, enquanto o genótipo ARR/ARR (resistência) foi encontrado apenas na BBGA (4%). Implicações da Pesquisa: No geral, o painel de SNPs de baixa densidade apresentado pode servir como uma ferramenta rápida, confiável e econômica para melhorar a seleção genética de ovinos brasileiros. No entanto, é necessário otimizar a tecnologia, substituindo marcadores não-funcionais. Originalidade/Valor: Este estudo contribui ao fornecer uma ferramenta de genotipagem rápida e econômica, adaptada especificamente para marcadores SNPs associados ao scrapie em ovinos brasileiros, o que pode agilizar a seleção genética em programas de melhoramento.
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Registro original: |
Embrapa Caprinos e Ovinos (CNPC) |
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| 1. |  | CASARIN, V. J.; GOMES, C. B.; ROSSETTO, E. A.; MAY DE MIO, L. L. Inibição in vitro de isolados de Monilinia fructicola por fungos antagônicos. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 44., 2011, Bento Gonçalves. Anais... Lavras, MG: SBF, 2011. v. 36, p. 788.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
|    |
| 2. | | CERBARO, L.; LOPES, R. A.; MARQUES, M. W.; NAUE, C. R.; RIFFEL, C. T.; NUNES, C. D.; ROSSETTO, E. A. Ocorrência de patogenos manchadores em sementes de arroz irrigado, sob a cultivar BRS atalanta, na safra de 2006/2007, proveniente de diferentes regiões. In: JORNADA DE PÓS-GRADUAÇÃO E PESQUISA, 5., 2007, Caçapava do Sul. Revista CONGREGA URCAMP, v. 3, n. 3, p. 42, 2007. p. 42| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 3. | | CERBARO, L.; LOPES, R. A. M.; MARQUES, M. W.; NAUE, C. R.; NUNES, C. D.; ROSSETTO, E. A. Incidência de patógenos de armazenamentos em sementes de arroz irrigado, da safra 2006/2007, proveniente da cidade de Pelotas/RS. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FITOPATOLOGIA, 40.; Maringá, 2007. [Resumos]. Brasília, DF: SBF, 2007. Fitopatologia Brasileira, Brasília, DF, v. 32, Supl., p.259, ago. 2007.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 4. | | CERBARO, L.; LOPES, R. A. M.; MARQUES, M.; NAUE, C. R.; ROSSETTO, E. A.; NUNES, C. D. Sanidade de sementes de arroz irrigado no sul do estado do Rio Grande do Sul, safra 2006/2007. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 5.; REUNIÃO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 27., 2007, Pelotas. Anais... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2007. v. 1, p. 726-727| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
| |
| 5. | | LOPES, R. A. M.; ANTUNES, I. F.; CASA COILA, V. H.; CERBARO, L.; MARQUES, M. W.; SOUZA, E. B.; ALVES, C. X.; ROSSETTO, E. A. Reação de genótipos crioulos de feijão à oídio (Erysiphe polygoni DC) em casa de vegetação. In: CONGRESSO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16.; ENCONTRO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 9., 2007, Pelotas. Pesquisa e responsabilidade ambiental: resumos expandidos ... Pelotas: UFPel: Faculdade de Agronomia Eliseu Maciel, 2007. 01 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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