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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Florestas. Para informações adicionais entre em contato com cnpf.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
08/11/2019 |
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Data da última atualização: |
08/11/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ALMEIDA FILHO, J. E. de A.; GUIMARÃES, J. F. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; MUÑOZ, P.; KIRST, M.; RESENDE JÚNIOR, M. F. R. de. |
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Afiliação: |
Janeo Eustáquio de Almeida Filho, Universidade Esatdual do Norte Fluminense e "Darcy Ribeiro"; João Filipi Rodrigues Guimarães, Futuragene Ltda; Fabyano Fonsceca e Silva, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Patricio Muñoz, University of Florida; Matias Kirst, University of Florida; Marcio Fernando Ribeiro de Resende Júnior, University of Florida. |
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Título: |
Genomic prediction of additive and non-additive effects using genetic markers and pedigrees. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
G3: Genes, Genomes, Genetics, v. 9, p. 2739-2748, Aug. 2019. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The genetic merit of individuals can be estimated using models with dense markers and pedigree information. Early genomic models accounted only for additive effects. However, the prediction of non-additive effects is important for different forest breeding systems where the whole genotypic value can be captured through clonal propagation. In this study, we evaluated the integration of marker data with pedigree information, in models that included or ignored non-additive effects. We tested the models Reproducing Kernel Hilbert Spaces (RKHS) and BayesA, with additive and additive-dominance frameworks. Model performance was assessed for the traits tree height, diameter at breast height and rust resistance, measured in 923 pine individuals from a structured population of 71 full-sib families. We have also simulated a population with similar genetic properties and evaluated the performance of models for six simulated traits with distinct genetic architectures. Different cross validation strategies were evaluated, and highest accuracies were achieved using within family cross validation. The inclusion of pedigree information in genomic prediction models did not yield higher accuracies. The different RKHS models resulted in similar predictions accuracies, and RKHS and BayesA generated substantially better predictions than pedigree-only models. The additive-BayesA resulted in higher accuracies than RKHS for rust incidence and in simulated additive-oligogenic traits. For DBH, HT and additive dominance polygenic traits, the RKHS- based models showed slightly higher accuracies than BayesA. Our results indicate that BayesA performs the best for traits with few genes with major effects, while RKHS based models can best predict genotypic effects for clonal selection of complex traits MenosThe genetic merit of individuals can be estimated using models with dense markers and pedigree information. Early genomic models accounted only for additive effects. However, the prediction of non-additive effects is important for different forest breeding systems where the whole genotypic value can be captured through clonal propagation. In this study, we evaluated the integration of marker data with pedigree information, in models that included or ignored non-additive effects. We tested the models Reproducing Kernel Hilbert Spaces (RKHS) and BayesA, with additive and additive-dominance frameworks. Model performance was assessed for the traits tree height, diameter at breast height and rust resistance, measured in 923 pine individuals from a structured population of 71 full-sib families. We have also simulated a population with similar genetic properties and evaluated the performance of models for six simulated traits with distinct genetic architectures. Different cross validation strategies were evaluated, and highest accuracies were achieved using within family cross validation. The inclusion of pedigree information in genomic prediction models did not yield higher accuracies. The different RKHS models resulted in similar predictions accuracies, and RKHS and BayesA generated substantially better predictions than pedigree-only models. The additive-BayesA resulted in higher accuracies than RKHS for rust incidence and in simulated additive-oligogenic traits. For DBH, HT and ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
BayesA; Genomic Prediction; Genotypic Value; GenPred; Oligogenic; Polygenic; Predição genòmica; RKHS; Shared Data Resources. |
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Thesagro: |
Genótipo. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
30/10/2008 |
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Data da última atualização: |
26/11/2008 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ALMEIDA, A. M. T.; FONSECA, N.; SANTOS, R. P. |
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Afiliação: |
Antonio Marcos Trindade Almeida, UFRB; Nelson Fonseca, CNPMF; Rafael Purificação Santos, UFRB. |
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Título: |
Análise de crescimento de mudas de umbuzeiro (Spondia tuberosa Arr. Cam). |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA MANDIOCA E FRUTICULTURA TROPICAL, 2., 2008, Cruz das Almas. Anais... Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, 2008. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
RESUMO_0133. |
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Conteúdo: |
O umbuzeiro é uma planta nativa do semi-árido nordestino. Sua propagação pode ser feita pelo método de enxertia por garfagem, que é viável para produção de mudas selecionadas dessa espécie. O objetivo deste trabalho foi avaliar o crescimento de mudas de umbuzeiro desde a repicagem até o momento ideal para a enxertia por
garfagem em fenda cheia ao topo. O ensaio foi conduzido em telado com 50% de luminosidade, sendo a semeadura realizada em canteiros de madeira, contendo areia lavada. Após a germinação das sementes, procedeu-se a repicagem das plântulas para sacos de polietileno, contendo terra vegetal, esterco na proporção 3:1 e 2 kg de superfosfato simples por metro cúbico da mistura. O delineamento utilizado foi o
inteiramente casualizado e as repetições foram de seis plantas por parcela (avaliação). As avaliações do crescimento das mudas foram efetuadas no dia da repicagem e aos 60, 120, 180 e 240 dias após. As características da planta avaliadas foram: altura da planta a partir do colo (cm), número de folhas, diâmetro do caule (cm) a 5, 10 e 15 cm do colo da planta, matéria fresca da parte aérea e raízes, matéria seca da parte aérea e raízes. As plantas foram retiradas dos sacos e postas em água corrente para retirar o substrato das raízes. As variáveis estudadas foram submetidas à análise de variância e as médias pela análise de regressão linear. De acordo com os resultados apresentados pela análise, a partir dos seis meses após a repicagem, as mudas estavam em condições de serem enxertadas, tendo um pegamento acima de 80%. Nesse momento as plantas apresentaram em média 62 cm de altura; 24 folhas, 0,7; 0,6 e 0,53 cm de diâmetro do caule, respectivamente a 5; 10 e 15 cm de altura do colo da planta; 144 g; 121 g e 23 g de matéria fresca, respectivamente da planta, parte aérea e raízes e 20,47 g; 14,24 g e 6,22 g de matéria seca, respectivamente da planta, parte aérea e raízes. MenosO umbuzeiro é uma planta nativa do semi-árido nordestino. Sua propagação pode ser feita pelo método de enxertia por garfagem, que é viável para produção de mudas selecionadas dessa espécie. O objetivo deste trabalho foi avaliar o crescimento de mudas de umbuzeiro desde a repicagem até o momento ideal para a enxertia por
garfagem em fenda cheia ao topo. O ensaio foi conduzido em telado com 50% de luminosidade, sendo a semeadura realizada em canteiros de madeira, contendo areia lavada. Após a germinação das sementes, procedeu-se a repicagem das plântulas para sacos de polietileno, contendo terra vegetal, esterco na proporção 3:1 e 2 kg de superfosfato simples por metro cúbico da mistura. O delineamento utilizado foi o
inteiramente casualizado e as repetições foram de seis plantas por parcela (avaliação). As avaliações do crescimento das mudas foram efetuadas no dia da repicagem e aos 60, 120, 180 e 240 dias após. As características da planta avaliadas foram: altura da planta a partir do colo (cm), número de folhas, diâmetro do caule (cm) a 5, 10 e 15 cm do colo da planta, matéria fresca da parte aérea e raízes, matéria seca da parte aérea e raízes. As plantas foram retiradas dos sacos e postas em água corrente para retirar o substrato das raízes. As variáveis estudadas foram submetidas à análise de variância e as médias pela análise de regressão linear. De acordo com os resultados apresentados pela análise, a partir dos seis meses após a repicagem, as mudas estavam em condiçõe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Enxertia; Propagação. |
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Thesagro: |
Umbu. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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100 1 $aALMEIDA, A. M. T.
245 $aAnálise de crescimento de mudas de umbuzeiro (Spondia tuberosa Arr. Cam).
260 $c2008
500 $aRESUMO_0133.
520 $aO umbuzeiro é uma planta nativa do semi-árido nordestino. Sua propagação pode ser feita pelo método de enxertia por garfagem, que é viável para produção de mudas selecionadas dessa espécie. O objetivo deste trabalho foi avaliar o crescimento de mudas de umbuzeiro desde a repicagem até o momento ideal para a enxertia por garfagem em fenda cheia ao topo. O ensaio foi conduzido em telado com 50% de luminosidade, sendo a semeadura realizada em canteiros de madeira, contendo areia lavada. Após a germinação das sementes, procedeu-se a repicagem das plântulas para sacos de polietileno, contendo terra vegetal, esterco na proporção 3:1 e 2 kg de superfosfato simples por metro cúbico da mistura. O delineamento utilizado foi o inteiramente casualizado e as repetições foram de seis plantas por parcela (avaliação). As avaliações do crescimento das mudas foram efetuadas no dia da repicagem e aos 60, 120, 180 e 240 dias após. As características da planta avaliadas foram: altura da planta a partir do colo (cm), número de folhas, diâmetro do caule (cm) a 5, 10 e 15 cm do colo da planta, matéria fresca da parte aérea e raízes, matéria seca da parte aérea e raízes. As plantas foram retiradas dos sacos e postas em água corrente para retirar o substrato das raízes. As variáveis estudadas foram submetidas à análise de variância e as médias pela análise de regressão linear. De acordo com os resultados apresentados pela análise, a partir dos seis meses após a repicagem, as mudas estavam em condições de serem enxertadas, tendo um pegamento acima de 80%. Nesse momento as plantas apresentaram em média 62 cm de altura; 24 folhas, 0,7; 0,6 e 0,53 cm de diâmetro do caule, respectivamente a 5; 10 e 15 cm de altura do colo da planta; 144 g; 121 g e 23 g de matéria fresca, respectivamente da planta, parte aérea e raízes e 20,47 g; 14,24 g e 6,22 g de matéria seca, respectivamente da planta, parte aérea e raízes.
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