| |
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Suínos e Aves. Para informações adicionais entre em contato com cnpsa.biblioteca@embrapa.br. |
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
|
Data corrente: |
17/12/2020 |
|
Data da última atualização: |
17/12/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
|
Autoria: |
RODRIGUES, A. F. G. |
|
Afiliação: |
ARIENE FERNANDA GRANDO RODRIGUES, UDESC/Chapecó. |
|
Título: |
Comparação dos transcriptomas de suínos afetados com hérnia escrotal e hérnia umbilical. 2020. 101 f. |
|
Ano de publicação: |
2020 |
|
Fonte/Imprenta: |
2020. |
|
Páginas: |
101 f. |
|
Descrição Física: |
Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade do Estado de Santa Catarina, Chapecó, SC. |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
Orientação Mônica Corrêa Ledur e Coorientação Jane de Oliveira Peixoto. |
|
Conteúdo: |
Resumo: A hérnia é considerada um dos defeitos congênitos mais comuns encontrados em suínos. As mais observadas são escrotais (HE), inguinais (HI) e umbilicais (HU). As hérnias causam prejuízo para a suinocultura mundial devido a redução da eficiência produtiva, além de afetar negativamente o bem-estar do animal. Vários estudos genômicos já foram conduzidos, porém, ainda não foi possível identificar os genes responsáveis pela formação das hérnias em suínos, dificultando a seleção contra essas características. Dessa forma, buscou-se comparar o perfil de expressão dos transcriptomas relacionados às hérnias escrotal e umbilical e identificar genes candidatos aos dois tipos de hérnia, utilizando análises de RNA-Seq. Coletaram-se amostras biológicas de anel inguinal e umbilical de suínos com HE, HU e livres destes defeitos, as quais passaram pela extração do RNA. Após, foram preparadas bibliotecas de cDNA e estas sequenciadas na plataforma Illumina. As sequências passaram por análise de controle de qualidade e foram alinhadas e mapeadas contra o genoma de referência do suíno (Sus scrofa, v11.1). Posteriormente, foram identificados os genes expressos nos tecidos e os genes diferencialmente expressos (DE) quando comparados os grupos controle e afetados. O perfil de expressão dos transcriptomas relacionados à HE e HU foi comparado para identificar genes DE nos dois tipos de hérnia. Realizaram-se análises para a descoberta de polimorfismos nesses genes com posterior anotação daqueles encontrados para as duas hérnias estudadas. Em cada grupo, compararam-se os genes DE e foi verificado se estes estavam em regiões de QTL (Quantitative trait loci) já relatadas para suínos. Após comparação dos dois transcriptomas (HE e HU), observou-se que 94,91% dos genes encontrados estavam contidos em ambos os grupos. Quando comparadas amostras de animais afetados com aquelas de seus respectivos grupos controle, identificaram-se 627 genes DE para HE e 199 para HU, dos quais 35 genes estavam DE em ambos os grupos. Estes genes participam de 108 processos biológicos que envolvem desde o sistema imunológico até a organização celular. Dos genes DE em ambos os grupos, dois (ACAN e BCHE) estão em regiões de QTL já relatadas para hérnia escrotal. Considerou-se os genes MAP1LC3C, VIT, ACAN, ACER2, KCNMA1 e SYNPO2 candidatos ao surgimento dos dois tipos de defeito por apresentarem expressão equivalente em ambas as hérnias e participarem nos processos de adesão celular, organização do citoesqueleto, produção de colágeno, relaxamento muscular e autofagia. Identificaram-se 67 polimorfismos no tecido do anel inguinal e 76 no anel umbilical dos quais 11 e 14 são novos, respectivamente. Além disso, foi observada uma variante com função deletéria localizada no gene ITGAM, que participa do processo biológico de diferenciação celular ectodérmica. Considera-se que o perfil da expressão desses genes possa interferir no desenvolvimento normal do tecido, causar enfraquecimento e diminuir a resistência do local, podendo levar a formação de ambas as hérnias em suínos. Assim, avançou-se no conhecimento dos genes relacionados ao surgimento da HE e HU, contribuindo para a compreensão do mecanismo genético relacionado aos dois tipos de hérnia em suínos. MenosResumo: A hérnia é considerada um dos defeitos congênitos mais comuns encontrados em suínos. As mais observadas são escrotais (HE), inguinais (HI) e umbilicais (HU). As hérnias causam prejuízo para a suinocultura mundial devido a redução da eficiência produtiva, além de afetar negativamente o bem-estar do animal. Vários estudos genômicos já foram conduzidos, porém, ainda não foi possível identificar os genes responsáveis pela formação das hérnias em suínos, dificultando a seleção contra essas características. Dessa forma, buscou-se comparar o perfil de expressão dos transcriptomas relacionados às hérnias escrotal e umbilical e identificar genes candidatos aos dois tipos de hérnia, utilizando análises de RNA-Seq. Coletaram-se amostras biológicas de anel inguinal e umbilical de suínos com HE, HU e livres destes defeitos, as quais passaram pela extração do RNA. Após, foram preparadas bibliotecas de cDNA e estas sequenciadas na plataforma Illumina. As sequências passaram por análise de controle de qualidade e foram alinhadas e mapeadas contra o genoma de referência do suíno (Sus scrofa, v11.1). Posteriormente, foram identificados os genes expressos nos tecidos e os genes diferencialmente expressos (DE) quando comparados os grupos controle e afetados. O perfil de expressão dos transcriptomas relacionados à HE e HU foi comparado para identificar genes DE nos dois tipos de hérnia. Realizaram-se análises para a descoberta de polimorfismos nesses genes com posterior anotação daqueles... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Expressão gênica; RNA-Seq; Sequenciamento. |
|
Thesagro: |
Genética Animal; Melhoramento Genético Animal; Suinocultura. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 04106nam a2200205 a 4500
001 2128353
005 2020-12-17
008 2020 bl uuuu m 00u1 u #d
100 1 $aRODRIGUES, A. F. G.
245 $aComparação dos transcriptomas de suínos afetados com hérnia escrotal e hérnia umbilical. 2020. 101 f.$h[electronic resource]
260 $a2020.$c2020
300 $a101 f.$cDissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade do Estado de Santa Catarina, Chapecó, SC.
500 $aOrientação Mônica Corrêa Ledur e Coorientação Jane de Oliveira Peixoto.
520 $aResumo: A hérnia é considerada um dos defeitos congênitos mais comuns encontrados em suínos. As mais observadas são escrotais (HE), inguinais (HI) e umbilicais (HU). As hérnias causam prejuízo para a suinocultura mundial devido a redução da eficiência produtiva, além de afetar negativamente o bem-estar do animal. Vários estudos genômicos já foram conduzidos, porém, ainda não foi possível identificar os genes responsáveis pela formação das hérnias em suínos, dificultando a seleção contra essas características. Dessa forma, buscou-se comparar o perfil de expressão dos transcriptomas relacionados às hérnias escrotal e umbilical e identificar genes candidatos aos dois tipos de hérnia, utilizando análises de RNA-Seq. Coletaram-se amostras biológicas de anel inguinal e umbilical de suínos com HE, HU e livres destes defeitos, as quais passaram pela extração do RNA. Após, foram preparadas bibliotecas de cDNA e estas sequenciadas na plataforma Illumina. As sequências passaram por análise de controle de qualidade e foram alinhadas e mapeadas contra o genoma de referência do suíno (Sus scrofa, v11.1). Posteriormente, foram identificados os genes expressos nos tecidos e os genes diferencialmente expressos (DE) quando comparados os grupos controle e afetados. O perfil de expressão dos transcriptomas relacionados à HE e HU foi comparado para identificar genes DE nos dois tipos de hérnia. Realizaram-se análises para a descoberta de polimorfismos nesses genes com posterior anotação daqueles encontrados para as duas hérnias estudadas. Em cada grupo, compararam-se os genes DE e foi verificado se estes estavam em regiões de QTL (Quantitative trait loci) já relatadas para suínos. Após comparação dos dois transcriptomas (HE e HU), observou-se que 94,91% dos genes encontrados estavam contidos em ambos os grupos. Quando comparadas amostras de animais afetados com aquelas de seus respectivos grupos controle, identificaram-se 627 genes DE para HE e 199 para HU, dos quais 35 genes estavam DE em ambos os grupos. Estes genes participam de 108 processos biológicos que envolvem desde o sistema imunológico até a organização celular. Dos genes DE em ambos os grupos, dois (ACAN e BCHE) estão em regiões de QTL já relatadas para hérnia escrotal. Considerou-se os genes MAP1LC3C, VIT, ACAN, ACER2, KCNMA1 e SYNPO2 candidatos ao surgimento dos dois tipos de defeito por apresentarem expressão equivalente em ambas as hérnias e participarem nos processos de adesão celular, organização do citoesqueleto, produção de colágeno, relaxamento muscular e autofagia. Identificaram-se 67 polimorfismos no tecido do anel inguinal e 76 no anel umbilical dos quais 11 e 14 são novos, respectivamente. Além disso, foi observada uma variante com função deletéria localizada no gene ITGAM, que participa do processo biológico de diferenciação celular ectodérmica. Considera-se que o perfil da expressão desses genes possa interferir no desenvolvimento normal do tecido, causar enfraquecimento e diminuir a resistência do local, podendo levar a formação de ambas as hérnias em suínos. Assim, avançou-se no conhecimento dos genes relacionados ao surgimento da HE e HU, contribuindo para a compreensão do mecanismo genético relacionado aos dois tipos de hérnia em suínos.
650 $aGenética Animal
650 $aMelhoramento Genético Animal
650 $aSuinocultura
653 $aExpressão gênica
653 $aRNA-Seq
653 $aSequenciamento
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 1 | |
| 1. |  | TURNER, D.; ADRIAENSSENS, E. M.; AMANN, R. I.; BARDY, P.; BARTLAU, N.; BARYLSKI, J.; BŁAŻEJAK, S.; BOUZARI, M.; BRIEGEL, A.; BRIERS, Y.; CARRILLO, D.; CHEN, X.; CLAESSEN, D.; COOK, R.; CRISCI, M. A.; DECHESNE, A.; DEPTULA, P.; DUTILH, B. E.; ELY, B.; FIESELER, L.; FOGG, P. C.; FUKUDOME, A.; GANJOOR, M. S.; GIENTKA, I.; HOLMFELDT, K.; KALATZIS, P. G.; KAUFFMAN, K. M.; KEMPFF, A.; KNEZEVIC, P.; KOONIN, E. V.; KROPINSKI, A. M.; KRUPOVIC, M.; KURTBÖKE, I.; LAMBON, K.; LAVIGNE, R.; LEHMAN, S. M.; LIU, H.; LOOD, C.; LURZ, R.; MÄNTYNEN, S.; MATRISHIN, C. B.; MIDDELBOE, M.; MILLARD, A. D.; MORARU, C.; NIELSEN, D. S.; NOBREGA, F. L.; NUNOURA, T.; OKSANEN, H. M.; ONGENAE, V.; PARRA, B.; PAS, C.; POGLIANO, J.; PORANEN, M. M.; POTIPIMPANON, S.; PRICHARD, A.; PYE, H. V.; ROTHSCHILD-RODRIGUEZ, D.; ROZEN, D. E.; SANTINI, J. M.; SHA, Y.; SHYMIALEVICH, D.; SOKOŁOWSKA, B.; SOLEIMANI-DELFAN, A.; ŚREDNICKA, P.; TAVARES, P.; TELATIN, A.; TOLSTOY, I.; URAYAMA, S.; NEER, V. V.; VOGENSEN, F. K.; WEN, Q.; WICHELS, A.; WÓJCICKI, M. Summary of taxonomy changes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) from the Bacterial Viruses Subcommittee, 2025. Journal of General Virology, v.106, n.7, p., 2025 0022-1317, Microbiology Society, 2025.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
|    |
| Registros recuperados : 1 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
