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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
30/10/2019 |
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Data da última atualização: |
30/10/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
JOAQUIM, L. B.; CHUD, T. C. S.; MARCHESI, J. A. P.; SAVEGNAGO, R. P.; BUZANKAS, M. E.; ZANELLA, R.; CANTAO, M. E.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; IRGANG, R.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
LETÍCIA BORGES JOAQUIM, UNESP/Jaboticabal; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, UNESP/Jaboticabal; JORGE AUGUSTO PETROLLI MARCHESI, UNESP/Jaboticabal; RODRIGO PELICIONI SAVEGNAGO, UNESP/Jaboticabal; MARCOS ELI BUZANSKAS, UFPB; RICARDO ZANELLA, UPF; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA; RENATO IRGANG, UFSC; DANÍSIO PRADO MUNARI, UNESP/Jaboticabal. |
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Título: |
Genomic structure of a crossbred landrace pig population. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 14, n.2, e0212266, 2019. |
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DOI: |
10.1371/journal.pone.0212266 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the genetic structure of swine populations and may assist breeding companies to avoid a high level of inbreeding coefficients to maintain genetic diversity, showing the effectiveness of using genomewide SNP information for quantifying inbreeding when the pedigree was incomplete or incorrect. MenosAbstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) markers are used to study population structure and conservation genetics, which permits assessing similarities regarding the linkage disequilibrium and information about the relationship among individuals. To investigate the population genomic structure of 300 females and 25 males from a commercial maternal pig line we analyzed linkage disequilibrium extent, inbreeding coefficients using genomic and conventional pedigree data, and population stratification. The average linkage disequilibrium (r2 ) was 0.291 ± 0.312 for all adjacent SNPs, distancing less than 100 Kb (kilobase) between markers. The average inbreeding coefficients obtained from runs of homozygosity (ROH) and pedigree analyses were 0.119 and 0.0001, respectively. Low correlation was observed between the inbreeding coefficients possibly as a result of genetic recombination effect accounted for the ROH estimates or caused by pedigree identification errors. A large number of long ROHs might indicate recent inbreeding events in the studied population. A total of 36 homozygous segments were found in more than 30% of the population and these ROH harbor genes associated with reproductive traits. The population stratification analysis indicated that this population was possibly originated from two distinct populations, which is a result from crossings between the eastern and western breeds used in the formation of the line. Our findings provide support to understand the gen... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
SNP. |
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Thesagro: |
Genética; Marcador Genético; Polimorfismo Genético; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
Genetic markers; Genomics; Polymorphism; Swine. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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Biblioteca |
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Status |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 1. |  | MARQUES, M. J.; BEZERRA, C.; TOMAZ, J.; LOPES, R.; WREGE, M. S.; AGUIAR, A. V. de; RAMOS, S.; MENESES, C. H.; FRAXE, T. de J.; LOPES, M. T. Predição da distribuição geográfica das palmeiras Euterpe precatoria e Euterpe oleracea (Arecaceae). In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 2. | | MORAIS, I. L. L. de; LIMA, A. A. de; SANTOS, I. N. L. dos; MENESES, C.; SILVA, R. F. da; LOPES, R.; FERREYRA RAMOS, S. L.; AGUIAR, A. V. de; WREGE, M. S.; LOPES, M. T. G. Climate change impact on the distribution of forest species in the Brazilian Amazon. Sustainability, v. 16, n. 8, art. 3458, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 3. | | SOUZA, D. A. T. de; LIMA, A. A. de; WREGE, M. S.; AGUIAR, A. V. de; BEZERRA, C. de S.; MENESES, C. H. S. G.; LOPES, R.; FERREYRA RAMOS, S. L.; PARANATINGA, I. L. D.; LOPES, M. T. G. Impacts of climate change on the natural distribution of species of lowland high and low in the Amazon. Revista Árvore, v. 48, n. 1, e4808, 2024. Título em Português: Impactos das mudanças climáticas na distribuição natural de espécies de várzea alta e baixa na Amazônia.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 4. | | PARANATINGA, I. L. D.; SOUZA, D. A. T.; SOUZA, S. F. de; TOKUSATO, T. T.; WREGE, M. S.; AGUIAR, A. V. de; LOPES, R.; FERREYRA RAMOS, S. L.; MENESES, C. H. S. G.; LOPES, M. T. G. Modelagem da distribuição potencial de angelim pedra aplicada a conservação e uso dos recursos genéticos. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 5. | | SANTOS, I. N. L. dos; MORAIS, I. L. L. de; LIMA, A. A. de; AGUIAR, A. V. de; WREGE, M. S.; LOPES, R.; FERREYRA RAMOS, S. L.; MENESES, C. H. S. G.; LOPES, M. T. G. Modelagem ecológica da espécie Cedrelinga cateniformis (Ducke) Ducke para cenários futuros considerando as mudanças climáticas. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 6. | | BORGES, C. K. G. D.; BEZERRA, C. de S.; TOMAZ, J. S.; WREGE, M. S.; LOPES, R.; MENESES, C. H. S. G.; FERREYRA RAMOS, S. L.; LOPES, M. T. G. Modelagem de nicho ecológico e projeções futuras para a distribuição de Xanthosoma taioba E. G. Gonç. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 7. | | ALMEIDA, D. P. de; SOUZA, S. F. de; FERREYRA RAMOS, S. L.; LOPES, R.; MENESES, C. H. S. G.; AGUIAR, A. V. de; WREGE, M. S.; LOPES, M. T. G. Projeção futura da distribuição natural e conservação de Catharanthus roseus. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 8. | | BORGES, C. K. G. D.; TOMAZ, J. S.; BEZERRA, C. de S.; WREGE, M. S.; LOPES, R.; MENESES, C. H. S. G.; FERREYRA RAMOS, S. L.; LOPES, M. T. G. Projeções futuras e modelagem ecológica para a distribuição de planta alimentícia não convencional. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 9. | | SANTOS, I. N. L. dos; MORAIS, I. L. L. de; LIMA, A. A. de; AGUIAR, A. V. de; WREGE, M. S.; LOPES, R.; FERREYRA RAMOS, S. L.; MENESES, C. H. S. G.; LOPES, M. T. G. Predição da distribuição ecológica da espécie Qualea paraensis (Ducke) sob as mudanças climáticas. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 10. | | TOMAZ, J. S.; BEZERRA, C. de S.; AGUIAR, A. V. de; WREGE, M. S.; LOPES, R.; MENESES, C. H. S. G.; FERREYRA RAMOS, S. L.; LOPES, M. T. G. Predição da distribuição natural, habitat e conservação de Srtyphnodendron pulcherrimum (Willd.) Hochr. frente às mudanças climáticas globais. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 11. | | CAPUCHO, H. L. V.; MORAIS, I. L. L. de; AGUIAR, A. V. de; WREGE, M. S.; LOPES, R.; FERREYRA RAMOS, S. L.; MENESES, C. H. S. G.; MORAES, M. L. T. de; FRITZSONS, E.; LOPES, M. T. G. Predição da distribuição potencial adequada da árvore Manilkara huberi na Amazônia Legal. In: SIMPÓSIO DE MUDANÇA CLIMÁTICA E CONSERVAÇÃO DE RECURSOS GENÉTICOS NA AMAZÔNIA, 2024, Manaus. Anais... Manaus: UFAM, 2024.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 12. | | CORDEIRO, A. L.; TOMAZ, J. S.; BEZERRA, C. de S.; MENESES, C. H. S. G.; AGUIAR, A. V. de; WREGE, M. S.; FERREYRA RAMOS, S. L.; LOPES, R.; FRAXE, T. de J. P.; LOPES, M. T. G. Prediction of the geographic distribution and conservation of Amazonian palm trees Astrocaryum acaule Mart. and Astrocaryum aculeatum Mart. Revista Árvore, v. 47, e4719, 2023. Título em Português: Predição da distribuição geográfica e conservação das palmeiras amazônicas Astrocaryum acaule Mart. e Astrocaryum aculeatum Mart.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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| 13. | | MARQUES, M. J.; BEZERRA, C. de S.; TOMAZ, J. S.; LOPES, R.; WREGE, M. S.; AGUIAR, A. V. de; FERREYRA RAMOS, S. L.; MENESES, C. H. S. G.; FRAXE, T. de J. P.; LOPES, M. T. G. Prediction of geographic distribution and ecological niche modeling of açaí palm trees in the Amazon. Pesquisa Agropecuária Tropical, Goiânia, v. 54, e78108, 2024.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Florestas. |
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