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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
25/02/2013 |
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Data da última atualização: |
25/02/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MOREIRA, E. C. O.; GORDO, S. M. da C.; DARNET, S.; RODRIGUES, S. M.; SAMPAIO, I. da C. |
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Afiliação: |
EDITH CIBELLE DE OLIVEIRA MOREIRA, UFPA; SHEILA MAYSA DA CUNHA GORDO, UFPA; SYLVAIN DARNET, UFPA; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; IRACILDA DA CUNHA SAMPAIO, UFPA. |
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Título: |
Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Neste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Piper nigrum L; Sequenciamento de nova geração. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/951009/1/273.pdf
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Marc: |
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520 $aNeste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno.
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 6 | |
| 3. |  | FLORES, P. S.; OTONI, W. C.; DHINGRA, O. D.; DINIZ, S. P. S. de S.; SANTOS, T. M. dos; BRUCKNER, C. H. In vitro selection of yellow passion fruit genotypes for resistance to Fusarium vascular wilt. Plant Cell, Tissue and Organ Culture, Heidelberg, v. 108, n. 1, p. 37-45, Jan. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 5. | | ROMA, R. C. C.; RODRIGUES, F. A.; PRABHU, A. S.; DIAS, D. C. F. S.; DHINGRA, O. D.; DUARTE, H. S. S.; PEREIRA, O. L. Diversidade de fungos associados a manchas em sementes de arroz irrigado com aplicação de silicato de cálcio e de cinza de casca de arroz. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 35, p. S264, ago. 2010. Suplemento, ref. 10.070. Edição dos resumos do XLIII Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Cuiabá, ago. 2010.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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| Registros recuperados : 6 | |
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| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
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