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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Amazônia Oriental. |
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Data corrente: |
25/02/2013 |
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Data da última atualização: |
25/02/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MOREIRA, E. C. O.; GORDO, S. M. da C.; DARNET, S.; RODRIGUES, S. M.; SAMPAIO, I. da C. |
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Afiliação: |
EDITH CIBELLE DE OLIVEIRA MOREIRA, UFPA; SHEILA MAYSA DA CUNHA GORDO, UFPA; SYLVAIN DARNET, UFPA; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; IRACILDA DA CUNHA SAMPAIO, UFPA. |
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Título: |
Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 2., 2012, Belém, PA. Anais... Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2012. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Neste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Piper nigrum L; Sequenciamento de nova geração. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/951009/1/273.pdf
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Marc: |
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300 $c1 CD-ROM.
520 $aNeste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno.
653 $aBioinformática
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Oriental (CPATU) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 8 | |
| 1. |  | ROUWS, L. F. M.; FISCHER, D.; ARAUJO, J. L. S. de; SCHMID, M.; SCHLOTER, M.; REIS, V. M.; BALDANI, J. I.; HARTMANN, A. Bradyrhizobium spp. are part of the nitrogen-fixing bacterial community associated with the field grown sugar cane Seropédica/ Rio de Janeiro, Brasil. EUROPEAN NITROGEN FIXATION CONFERENCE, 10., 2012, Munich. Abstract.... Munich: German Research Center for Environmental Health, 2012. 72 p. PP3-30| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 3. | | LEITE, J.; FISCHER, D.; ROUWS, L. F. M.; FERNANDES JUNIOR, P. I.; HOFMANN, A.; KUBLIK, S.; SCHLOTER, M.; XAVIER, G. R.; RADL, V. Cowpea nodules harbor non-rhizobial bacterial communities that are shaped by soil type rather than plant genotype. Frontiers in Plant Science, v. 7, p. 1-11, jan. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 4. | | LEITE, J.; FISCHER, D.; ROUWS, L. F. M.; FERNANDES JUNIOR, P. I.; HOFMANN, A.; KUBLIK, S.; SCHLOTER, M.; XAVIER, G. R.; RADL, V. Cowpea nodules harbor non-rhizobial bacterial communities that are shaped by soil type rather than plant genotype. Frontiers in Plant Science v. 7, p. 1-11, jan. 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 5. | | FERREIRA, P. S.; FABRÍCIO, A. C.; SILVA, V. B.; SCHLOTER, M.; LANGENBACH, T. Influence of crop rotation on microbial activity and yield in Cerrado agroecosystem. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON LAND DEGRADATION , 3.; MEETING OFTHE IUSS SUBCOMMISSION C-SOIL AND WATER CONSERVATION, 3., 2001, Rio de Janeiro. Land degradation: new trends towards global sustainability: conference guide, program and book abstracts. [Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2001?]. p.115.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 6. | | FERREIRA, P. S.; FABRICIO, A. C.; SILVA, V. B.; SALTON, J. C.; SCHLOTER, M.; LANGENBACH, T. Influência de diferentes manejos agrícolas na diversidade bacteriana e na produtividade em agroecossistema tropical. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIENCIA DO SOLO, 28., 2001, Londrina. Ciência do solo: fator de produtividade competitiva com sustentabilidade. Londrina: Sociedade Brasileira d Ciência do Solo, 2001. Londrina: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2001. p. 97| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste. |
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| 7. | | FISCHER, D.; PFITZNER, B.; SCHIMID, M.; SIMÕES-ARAUJO J. L.; REIS, V. M.; PEREIRA, W.; ORMEÑO-ORRILHO, E.; HAI, B.; HOFMANN, A.; SCHLOTER, M.; MARTINEZ-ROMERO, E.; BALDANI, J. I.; HARTMANN, A. Molecular characterisation of the diazotrophic bacterial community in uninoculated and inoculated field-grown sugarcane (Saccharum sp.). Plant and Soil Online, 27 may 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 8. | | FISCHER, D.; PFITZNER, B.; SCHMID, M; ARAUJO, J. L. S. de; REIS, V. M.; PEREIRA, W.; ORMEÑO-ORRILO; HAI, B.; HOFMANN, A.; SCHLOTER, M.; MARTINEZ-ROMERO, E.; BALDANI, J. I.; HARTMANN, A. Molecular characterization of the diazotrophic bacterial community in uninoculated and inoculate field-grown sugarcane (Saccharum sp.). Plant and Soil, v. 356, p. 83-99, 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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